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- PDB-6fcp: Crystal structure of 14-3-3 sigma in complex with Shroom3 P1244L -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fcp
タイトルCrystal structure of 14-3-3 sigma in complex with Shroom3 P1244L
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • Protein Shroom3
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular pigment accumulation / pattern specification process / apical protein localization / apical junction complex / cortical actin cytoskeleton / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / epithelial cell development ...cellular pigment accumulation / pattern specification process / apical protein localization / apical junction complex / cortical actin cytoskeleton / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / epithelial cell development / keratinization / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of stem cell proliferation / RHO GTPases activate PKNs / protein kinase A signaling / protein sequestering activity / negative regulation of innate immune response / protein export from nucleus / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / positive regulation of protein export from nucleus / release of cytochrome c from mitochondria / stem cell proliferation / neural tube closure / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / actin filament organization / adherens junction / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / cell morphogenesis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / actin filament binding / regulation of cell shape / positive regulation of cell growth / microtubule / cytoskeleton / regulation of cell cycle / cadherin binding / apical plasma membrane / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Shroom3 / Apx/Shrm Domain 1 / Apx/Shroom domain ASD1 / ASD1 domain profile. / Apx/Shrm Domain 2 / Shroom family / Apx/Shroom domain ASD2 / ASD2 domain profile. / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 ...Shroom3 / Apx/Shrm Domain 1 / Apx/Shroom domain ASD1 / ASD1 domain profile. / Apx/Shrm Domain 2 / Shroom family / Apx/Shroom domain ASD2 / ASD2 domain profile. / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
14-3-3 protein sigma / Protein Shroom3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Leysen, S. / Meijer, F.A. / Milroy, L.G. / Ottmann, C.
引用ジャーナル: J. Am. Soc. Nephrol. / 年: 2018
タイトル: Characterization of Coding/Noncoding Variants forSHROOM3in Patients with CKD.
著者: Prokop, J.W. / Yeo, N.C. / Ottmann, C. / Chhetri, S.B. / Florus, K.L. / Ross, E.J. / Sosonkina, N. / Link, B.A. / Freedman, B.I. / Coppola, C.J. / McDermott-Roe, C. / Leysen, S. / Milroy, L.G. ...著者: Prokop, J.W. / Yeo, N.C. / Ottmann, C. / Chhetri, S.B. / Florus, K.L. / Ross, E.J. / Sosonkina, N. / Link, B.A. / Freedman, B.I. / Coppola, C.J. / McDermott-Roe, C. / Leysen, S. / Milroy, L.G. / Meijer, F.A. / Geurts, A.M. / Rauscher, F.J. / Ramaker, R. / Flister, M.J. / Jacob, H.J. / Mendenhall, E.M. / Lazar, J.
履歴
登録2017年12月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 2.02024年1月17日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
P: Protein Shroom3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2546
ポリマ－28,1352
非ポリマー1204
水7,206400
1
A: 14-3-3 protein sigma
P: Protein Shroom3
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
P: Protein Shroom3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,50812
ポリマ－56,2694
非ポリマー2398
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area4950 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area23700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.533, 112.185, 62.529
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

MG

21A-441-

HOH

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要素

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 26542.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Nico21(DE3) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド Protein Shroom3 / Shroom-related protein / hShrmL


分子量: 1591.685 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TF72
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.18 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.095 M HEPES pH7.3 0.19M CaCl2 26% v/v PEG400 5% v/v glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→45.55 Å / Num. obs: 51510 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 12.6 Å2 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 21.1
反射 シェル解像度: 1.45→1.48 Å / 冗長度: 12.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique obs: 2541 / Rrim(I) all: 0.712

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LW1

3lw1


解像度: 1.45→45.548 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1584 2554 4.96 %
Rwork0.1306 --
obs0.132 51484 99.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→45.548 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1892 0 4 400 2296
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082074
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8852822
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.612839
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06315
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006368
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.47790.21891450.15562600X-RAY DIFFRACTION97
1.4779-1.50810.17151490.13042651X-RAY DIFFRACTION98
1.5081-1.54090.17261250.12172664X-RAY DIFFRACTION98
1.5409-1.57670.14621400.11112672X-RAY DIFFRACTION99
1.5767-1.61610.13511330.1062713X-RAY DIFFRACTION99
1.6161-1.65980.14241470.10662680X-RAY DIFFRACTION100
1.6598-1.70870.14571360.10682700X-RAY DIFFRACTION100
1.7087-1.76380.1491430.11652706X-RAY DIFFRACTION100
1.7638-1.82690.17431610.11722705X-RAY DIFFRACTION100
1.8269-1.90.16671390.12662714X-RAY DIFFRACTION100
1.9-1.98650.14751320.12192733X-RAY DIFFRACTION100
1.9865-2.09120.16971400.12122724X-RAY DIFFRACTION100
2.0912-2.22220.14751500.11912723X-RAY DIFFRACTION100
2.2222-2.39380.14571340.11642749X-RAY DIFFRACTION100
2.3938-2.63470.13631480.12342735X-RAY DIFFRACTION100
2.6347-3.01590.16881500.1352764X-RAY DIFFRACTION100
3.0159-3.79940.15151480.13152774X-RAY DIFFRACTION100
3.7994-45.570.17741340.16452923X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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