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万見
- PDB-6fbx: Crystal Structure of a Zebra-fish pro-survival protein NRZ:Bad BH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fbx
タイトルCrystal Structure of a Zebra-fish pro-survival protein NRZ:Bad BH3 complex
要素
  • BCL2-antagonist of cell death
  • BCL2-like 10
キーワードAPOPTOSIS / Bcl-2 family / pro-survival protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of BAD and translocation to mitochondria / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / epiboly / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / somitogenesis / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / gastrulation / release of cytochrome c from mitochondria / cellular response to ionizing radiation / calcium-mediated signaling ...Activation of BAD and translocation to mitochondria / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / epiboly / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / somitogenesis / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / gastrulation / release of cytochrome c from mitochondria / cellular response to ionizing radiation / calcium-mediated signaling / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / channel activity / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bcl2-associated agonist of cell death / Pro-apoptotic Bcl-2 protein, BAD / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BCL2-antagonist of cell death / BCL2-like 10
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.639 Å
データ登録者Suraweera, C.D. / Hinds, M.G. / Kvansakul, M.
引用ジャーナル: Cell Death Dis / 年: 2018
タイトル: A structural investigation of NRZ mediated apoptosis regulation in zebrafish.
著者: Suraweera, C.D. / Caria, S. / Jarva, M. / Hinds, M.G. / Kvansakul, M.
履歴
登録2017年12月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all / _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BCL2-like 10
B: BCL2-antagonist of cell death


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3382
ポリマ－20,3382
非ポリマー00
水1,892105
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry, 1:1 heterodimer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1910 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area8750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.619, 87.619, 36.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-295-

HOH

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要素

#1: タンパク質 BCL2-like 10 / BCL2-like 10 (Apoptosis facilitator) / Nr13 / Pro-survival protein NRZ


分子量: 17188.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: bcl2l10, mcl1l, nr13 / プラスミド: pCoofy4 / 細胞株 (発現宿主): Codon plus / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8UWD5
#2: タンパク質・ペプチド BCL2-antagonist of cell death / BCL2-associated agonist of cell death b / Bad protein


分子量: 3149.671 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q4V925
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG3350, 0.2M Sodium fluoride, 0.1M Bis-Tris propane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.639→43.81 Å / Num. obs: 20018 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.6 % / Biso Wilson estimate: 26.53 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 1.64→1.68 Å / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 1.92 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1467 / CC1/2: 1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ku9

5ku9


解像度: 1.639→43.81 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2067 1007 5.06 %
Rwork0.1879 --
obs0.1889 19885 99.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.639→43.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1355 0 0 105 1460
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031391
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5061870
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.971836
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029191
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002244
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6394-1.72590.36631300.33792630X-RAY DIFFRACTION97
1.7259-1.8340.32561390.28442667X-RAY DIFFRACTION99
1.834-1.97560.28761690.25442655X-RAY DIFFRACTION100
1.9756-2.17440.24121300.19872700X-RAY DIFFRACTION100
2.1744-2.4890.19291420.18222716X-RAY DIFFRACTION100
2.489-3.13580.18681470.18852717X-RAY DIFFRACTION100
3.1358-43.82520.18431500.16022793X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.99510.0797-0.23383.8314-1.17221.9325-0.0312-0.0073-0.1095-0.16690.06010.09070.0339-0.0105-0.00730.1665-0.0138-0.00790.17410.00750.131712.838171.3083-1.9765
23.19484.1975-0.97316.79970.19313.10650.5428-1.51420.34990.5351-0.43940.0132-0.21280.5256-0.1320.2682-0.02380.00250.5456-0.03730.265313.870870.644712.5815
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 166 through 313)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 3 through 24)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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