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- PDB-6fb9: Crystal Structure of the I-CreI Homing Endonuclease D75N variant ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fb9
タイトルCrystal Structure of the I-CreI Homing Endonuclease D75N variant in complex with an altered version of its target DNA at 5NNN region in the presence of Manganese
要素
  • DNA (5'-D(*TP*CP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*AP*AP*AP*AP*CP*TP*GP*CP*GP*TP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*AP*CP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*CP*AP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*A)-3')
  • DNA endonuclease I-CreI
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Chlamydomonas reinhardtii
機能・相同性
機能・相同性情報


intron homing / chloroplast / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
LAGLIDADG endonuclease / Homing endonucleases / Endonuclease I-creI / Homing endonuclease, LAGLIDADG / Homing endonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / S-1,2-PROPANEDIOL / DNA / DNA (> 10) / DNA endonuclease I-CreI
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Molina, R. / Prieto, J.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Understanding the indirect DNA read-out specificity of I-CreI Meganuclease.
著者: Prieto, J. / Redondo, P. / Lopez-Mendez, B. / D'Abramo, M. / Merino, N. / Blanco, F.J. / Duchateau, P. / Montoya, G. / Molina, R.
履歴
登録2017年12月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*AP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*AP*AP*AP*CP*TP*GP*CP*GP*TP*AP*C)-3')
A: DNA endonuclease I-CreI
B: DNA endonuclease I-CreI
F: DNA (5'-D(P*GP*CP*AP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*A)-3')
D: DNA (5'-D(P*GP*AP*CP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,54115
ポリマ－49,9626
非ポリマー5799
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13440 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area17420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.729, 79.729, 126.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

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DNA鎖 , 4種, 4分子 ECFD

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*AP*C)-3')


分子量: 4248.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*AP*AP*AP*AP*CP*TP*GP*CP*GP*TP*AP*C)-3')


分子量: 4248.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*CP*AP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*A)-3')


分子量: 3075.026 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*AP*CP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*A)-3')


分子量: 3075.026 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#3: タンパク質 DNA endonuclease I-CreI / 23S rRNA intron protein


分子量: 17657.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P05725, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

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非ポリマー , 3種, 31分子

#6: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#7: 化合物
ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL / (S)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.41 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M calcium acetate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6-5.4, 33-40% (v/v) 1,2-propanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.8 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→49.49 Å / Num. obs: 32279 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.95→3.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.56

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1G9Z

1g9z


解像度: 2.95→42.049 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.32 / 位相誤差: 22.45
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2033 3248 10.06 %
Rwork0.1676 --
obs0.1712 32279 98.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→42.049 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2487 980 25 22 3514
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013645
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2945123
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.7991421
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05587
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006479
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.95-2.99410.36651380.32111242X-RAY DIFFRACTION98
2.9941-3.04080.3311420.29851279X-RAY DIFFRACTION97
3.0408-3.09070.31891300.27181229X-RAY DIFFRACTION98
3.0907-3.14390.3131400.26731254X-RAY DIFFRACTION97
3.1439-3.20110.29931380.23671243X-RAY DIFFRACTION98
3.2011-3.26260.35761460.21881260X-RAY DIFFRACTION98
3.2626-3.32920.21651520.19641270X-RAY DIFFRACTION98
3.3292-3.40160.22661400.17631230X-RAY DIFFRACTION98
3.4016-3.48070.22681360.18361275X-RAY DIFFRACTION99
3.4807-3.56770.21481480.19111237X-RAY DIFFRACTION99
3.5677-3.66410.26131380.18131263X-RAY DIFFRACTION99
3.6641-3.77180.21271360.18051307X-RAY DIFFRACTION99
3.7718-3.89350.24191420.16781223X-RAY DIFFRACTION99
3.8935-4.03250.20751480.16751302X-RAY DIFFRACTION99
4.0325-4.19380.20641400.15231240X-RAY DIFFRACTION97
4.1938-4.38450.14721420.13631238X-RAY DIFFRACTION99
4.3845-4.61540.151380.13291277X-RAY DIFFRACTION99
4.6154-4.90420.17241360.12921292X-RAY DIFFRACTION99
4.9042-5.28220.14851400.13791262X-RAY DIFFRACTION99
5.2822-5.81250.16421410.13791282X-RAY DIFFRACTION100
5.8125-6.65070.17591380.14621298X-RAY DIFFRACTION100
6.6507-8.36840.20111520.14691254X-RAY DIFFRACTION100
8.3684-42.05280.15171470.15571274X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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