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万見
- PDB-2vbo: Molecular basis of human XPC gene recognition and cleavage by eng... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vbo
タイトルMolecular basis of human XPC gene recognition and cleavage by engineered homing endonuclease heterodimers
要素
  • (DNA ENDONUCLEASE I- ...) x 2
  • 5'-D(*TP*CP*TP*GP*CP*CP*TP*TP*TP*TP *TP*TP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*AP*A)-3'
  • 5'-D(*TP*TP*AP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*TP *TP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*CP*AP*GP*A)-3'
キーワードHYDROLASE / UV-INDUCED DNA DAMAGE / CUTTING DNA ENDONUCLEASES / PLASTID / NUCLEASE / CHLOROPLAST / ENDONUCLEASE / INTRON HOMING / INI3-4-CALCIUM / DOUBLE STRAND BREAK (DSB) / HOMING ENDONUCLEASES (HES)
機能・相同性
機能・相同性情報


intron homing / chloroplast / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
LAGLIDADG endonuclease / Homing endonucleases / Endonuclease I-creI / Homing endonuclease, LAGLIDADG / Homing endonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA endonuclease I-CreI
類似検索 - 構成要素
生物種CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Redondo, P. / Prieto, J. / Munoz, I.G. / Alibes, A. / Stricher, F. / Serrano, L. / Arnould, S. / Perez, C. / Cabaniols, J.P. / Duchateau, P. ...Redondo, P. / Prieto, J. / Munoz, I.G. / Alibes, A. / Stricher, F. / Serrano, L. / Arnould, S. / Perez, C. / Cabaniols, J.P. / Duchateau, P. / Paques, F. / Blanco, F.J. / Montoya, G.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: Molecular Basis of Xeroderma Pigmentosum Group C DNA Recognition by Engineered Meganucleases
著者: Redondo, P. / Prieto, J. / Munoz, I.G. / Alibes, A. / Stricher, F. / Serrano, L. / Cabaniols, J.P. / Daboussi, F. / Arnould, S. / Perez, C. / Duchateau, P. / Paques, F. / Blanco, F.J. / Montoya, G.
履歴
登録2007年9月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月20日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA ENDONUCLEASE I-CREI
B: DNA ENDONUCLEASE I-CREI
C: 5'-D(*TP*CP*TP*GP*CP*CP*TP*TP*TP*TP *TP*TP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*AP*A)-3'
E: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*TP *TP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*CP*AP*GP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0048
ポリマ－49,8444
非ポリマー1604
水6,287349
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10920 Å2
ΔGint-108.4 kcal/mol
Surface area17950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.993, 67.950, 76.629
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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DNA ENDONUCLEASE I- ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA ENDONUCLEASE I-CREI / 23S RRNA INTRON PROTEIN / INI3-4-CA


分子量: 17529.184 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-153 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス)
解説: INI3 STREP-TAG C-TERM INI4 HIS-TAG C-TERM / プラスミド: CDFDUET-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA / Variant (発現宿主): D3PLYSS
参照: UniProt: P05725, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質 DNA ENDONUCLEASE I-CREI / 23S RRNA INTRON PROTEIN / INI3-4-CA


分子量: 17578.250 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-153 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス)
解説: INI3 STREP-TAG C-TERM INI4 HIS-TAG C-TERM / プラスミド: CDFDUET-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA / Variant (発現宿主): D3PLYSS
参照: UniProt: P05725, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CE

#3: DNA鎖 5'-D(*TP*CP*TP*GP*CP*CP*TP*TP*TP*TP *TP*TP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*AP*A)-3'


分子量: 7410.833 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: DNA鎖 5'-D(*TP*TP*AP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*TP *TP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*CP*AP*GP*A)-3'


分子量: 7325.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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非ポリマー , 2種, 353分子

#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.87 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.5 / 詳細: pH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.872
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→39.46 Å / Num. obs: 41668 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.07

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1G9Z

1g9z


解像度: 1.8→39.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 5.302 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 2206 5 %RANDOM
Rwork0.15 ---
obs0.153 41668 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å20 Å2-0.12 Å2
2--0.18 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2457 978 4 349 3788
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223598
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0772.3125069
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8995303
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.47725.045111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.41415475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.8931511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2581
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022335
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2650.21624
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3230.22327
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.3080.2367
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1020.210
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1810.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.5390.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1511.51563
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.34422475
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.87432634
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.1894.52594
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 172 -
Rwork0.136 3096 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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