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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6fb0 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a Tailored I-CreI Homing Endonuclease Protein (3115 variant) in complex with its target DNA (Haemoglobin beta subunit gene) in the presence of Calcium | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN / Chlamydomonas reinhardtii | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 intron homing / chloroplast / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / identical protein binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | Molina, R. / Prieto, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018 タイトル: Understanding the indirect DNA read-out specificity of I-CreI Meganuclease. 著者: Prieto, J. / Redondo, P. / Lopez-Mendez, B. / D'Abramo, M. / Merino, N. / Blanco, F.J. / Duchateau, P. / Montoya, G. / Molina, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6fb0.cif.gz | 203.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6fb0.ent.gz | 157.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6fb0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6fb0_validation.pdf.gz | 479.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6fb0_full_validation.pdf.gz | 490.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6fb0_validation.xml.gz | 18.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6fb0_validation.cif.gz | 25.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/6fb0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/6fb0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-DNA endonuclease I- ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 17528.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P05725*PLUS, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 17583.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P05725*PLUS, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 DF
#3: DNA鎖 | 分子量: 7338.757 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#4: DNA鎖 | 分子量: 7400.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 4種, 175分子
#5: 化合物 | ChemComp-CA / #6: 化合物 | ChemComp-ACT / #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.92 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M Calcium Acetate 0.1M Sodium Acetate pH=4.6 35% 1,2-propanediol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.87 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年3月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→37.81 Å / Num. obs: 26697 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 10.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.27 Å / Rmerge(I) obs: 0.46 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1G9Y 解像度: 2.15→33.837 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.68 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.779 Å2 / ksol: 0.322 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→33.837 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 11.6627 Å / Origin y: 16.0044 Å / Origin z: 20.2017 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |