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- PDB-6fae: The Sec7 domain of IQSEC2 (Brag1) in complex with the small GTPas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fae
タイトルThe Sec7 domain of IQSEC2 (Brag1) in complex with the small GTPase Arf1
要素
  • ADP-ribosylation factor 1
  • IQ motif and SEC7 domain-containing protein 2
キーワードHYDROLASE / GTPase GEF
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic cleavage furrow ingression / trans-Golgi Network Vesicle Budding / regulation of receptor internalization / Glycosphingolipid transport / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / Intra-Golgi traffic / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / regulation of ARF protein signal transduction / Nef Mediated CD4 Down-regulation / dendritic spine organization ...mitotic cleavage furrow ingression / trans-Golgi Network Vesicle Budding / regulation of receptor internalization / Glycosphingolipid transport / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / Intra-Golgi traffic / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / regulation of ARF protein signal transduction / Nef Mediated CD4 Down-regulation / dendritic spine organization / long-term synaptic depression / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Lysosome Vesicle Biogenesis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / cell leading edge / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / intracellular copper ion homeostasis / COPI-mediated anterograde transport / vesicle-mediated transport / MHC class II antigen presentation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / sarcomere / guanyl-nucleotide exchange factor activity / small monomeric GTPase / intracellular protein transport / Schaffer collateral - CA1 synapse / modulation of chemical synaptic transmission / cellular response to virus / actin cytoskeleton organization / postsynaptic density / neuron projection / protein domain specific binding / Golgi membrane / focal adhesion / GTPase activity / GTP binding / magnesium ion binding / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
IQ motif and SEC7 domain-containing protein, PH domain / PH domain / Sec7 domain / Sec7, C-terminal domain superfamily / Sec7 domain superfamily / Sec7 domain / SEC7 domain profile. / Sec7 domain / ADP-ribosylation factor 1-5 / small GTPase Arf family profile. ...IQ motif and SEC7 domain-containing protein, PH domain / PH domain / Sec7 domain / Sec7, C-terminal domain superfamily / Sec7 domain superfamily / Sec7 domain / SEC7 domain profile. / Sec7 domain / ADP-ribosylation factor 1-5 / small GTPase Arf family profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / IQ motif profile. / IQ motif, EF-hand binding site / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADP-ribosylation factor 1 / IQ motif and SEC7 domain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Gray, J. / Krojer, T. / Fairhead, M. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Brennan, P. / von Delft, F.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Nuffield Department of Medicine, University of Oxford 英国
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2019
タイトル: Targeting the Small GTPase Superfamily through their Regulatory Proteins.
著者: Gray, J.L. / von Delft, F. / Brennan, P.
履歴
登録2017年12月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月24日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IQ motif and SEC7 domain-containing protein 2
B: ADP-ribosylation factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,4483
ポリマ－67,3862
非ポリマー621
水2,468137
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3300 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area21700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.995, 92.744, 66.895
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.53, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 IQ motif and SEC7 domain-containing protein 2


分子量: 43601.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IQSEC2, KIAA0522 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5JU85
#2: タンパク質 ADP-ribosylation factor 1


分子量: 23784.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84077
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M tris 16% PEG 8K 0.1M Potassium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→49.14 Å / Num. obs: 25045 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.3 % / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.35→2.41 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.35→49.134 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.91
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2851 1161 4.73 %
Rwork0.2405 --
obs0.2426 24553 97.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→49.134 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3864 0 4 137 4005
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0013949
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.3925342
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6572374
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039604
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002696
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3499-2.45680.43341530.38262805X-RAY DIFFRACTION95
2.4568-2.58630.39131410.33532915X-RAY DIFFRACTION98
2.5863-2.74830.38471390.29822879X-RAY DIFFRACTION98
2.7483-2.96050.32311490.28142931X-RAY DIFFRACTION99
2.9605-3.25840.31451520.2622971X-RAY DIFFRACTION99
3.2584-3.72980.27641390.24732912X-RAY DIFFRACTION97
3.7298-4.69850.25111350.18562968X-RAY DIFFRACTION99
4.6985-49.14450.21181530.19363011X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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