PDB-6fac: CRYSTAL STRUCTURE OF THE DEAH-BOX HELICASE PRP2 IN COMPLEX WITH ADP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fac

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF THE DEAH-BOX HELICASE PRP2 IN COMPLEX WITH ADP

要素

Putative mRNA splicing factor

キーワード

HYDROLASE / SPLICING / ATPASE / HELICASE / G-PATCH

機能・相同性

機能・相同性情報

catalytic step 2 spliceosome / RNA splicing / helicase activity / mRNA processing / hydrolase activity / RNA helicase / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Chaetomium thermophilum (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Schmitt, A. / Hamann, F. / Neumann, P. / Ficner, R.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of the spliceosomal DEAH-box ATPase Prp2.
著者: Schmitt, A. / Hamann, F. / Neumann, P. / Ficner, R.

履歴

登録	2017年12月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年7月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月25日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fac.cif.gz	282.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fac.ent.gz	225.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fac.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6fac_validation.pdf.gz	794.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6fac_full_validation.pdf.gz	811.4 KB	表示
XML形式データ	6fac_validation.xml.gz	33 KB	表示
CIF形式データ	6fac_validation.cif.gz	44.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/6fac ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/6fac	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fa5C 6fa9C 6faaSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6sh7-d 6sh6-d 5qqv-d 1zyz-2 2v40-1 6rmc-2 3ksq-d 5qqy-d 5qr5-d 1mf1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Putative mRNA splicing factor

ヘテロ分子

73.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	122.740, 67.320, 95.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.460, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Putative mRNA splicing factor / Prp2 分子量: 72920.586 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 3- 610 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal His6-tag / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0063660 / プラスミド: pASG-IBA25 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SEG4
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.65 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.06 M MgCl2/CaCl2, 0.1 M HEPES/MOPS pH 7.5, 20% (w/v) Etylene glycol, 10% (w/v) PEG 8000 PH範囲: 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.976 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月8日 / 詳細: mirrors

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.976 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.05→46.41 Å / Num. obs: 46873 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.08 % / B_iso Wilson estimate: 44.79 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.039 / R_rim(I) all: 0.045 / Χ²: 0.996 / Net I/σ(I): 20.31

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.05-2.15	0.794	2.19	6177	0.834	0.909	99.6
2.15-2.25	0.529	3.12	5148	0.897	0.613	99
2.25-2.45	0.336	5.6	7965	0.95	0.385	99.8
2.45-3.29	0.086	16.83	16099	0.995	0.1	99.6
3.29-3.71	0.026	39.95	3438	0.999	0.03	98.9
3.71-4.13	0.02	51.97	2205	0.999	0.023	99.6
4.13-4.55	0.018	58.01	1463	0.999	0.021	99.7
4.55-14	0.017	61.37	4221	0.999	0.02	99.1
14-17	0.019	71.08	73	0.999	0.022	100
17-50	0.02	66.61	84	0.998	0.024	95.5
50-50

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6FAA

6faa

解像度: 2.05→46.41 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.8

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2441	2343	5 %
R_work	0.216	-	-
obs	0.2174	46832	99.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 170.27 Å² / B_iso mean: 62.6302 Å² / B_iso min: 21.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.05→46.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5104	0	32	222	5358
B_iso mean	-	-	61.82	58.65	-
残基数	-	-	-	-	653

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	5266
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.476	7163
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.09	821
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.014	924
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.599	5559

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.05-2.0918	0.3763	137	0.3553	2592	2729	99
2.0918-2.1373	0.3717	136	0.3439	2581	2717	100
2.1373-2.1871	0.3679	137	0.3426	2606	2743	99
2.1871-2.2417	0.3304	135	0.3283	2562	2697	99
2.2417-2.3024	0.384	138	0.3189	2619	2757	100
2.3024-2.3701	0.3115	137	0.3001	2599	2736	100
2.3701-2.4466	0.3139	137	0.2883	2607	2744	100
2.4466-2.534	0.3184	138	0.2722	2620	2758	100
2.534-2.6355	0.2922	137	0.265	2611	2748	100
2.6355-2.7554	0.2843	138	0.2607	2617	2755	99
2.7554-2.9007	0.3006	138	0.2577	2625	2763	100
2.9007-3.0824	0.2842	139	0.2486	2648	2787	100
3.0824-3.3203	0.2761	138	0.2432	2613	2751	100
3.3203-3.6543	0.2434	137	0.2055	2611	2748	99
3.6543-4.1828	0.2187	139	0.1745	2631	2770	100
4.1828-5.2687	0.1755	139	0.1601	2648	2787	99
5.2687-46.422	0.1837	143	0.1732	2699	2842	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8671	0.0993	0.8327	1.6017	-0.6266	1.6917	-0.0785	0.1717	-0.0081	-0.5621	0.0598	-0.048	0.5052	0.3361	-0.0247	0.3639	0.081	0.0687	0.3548	-0.042	0.261	46.2201	-14.8495	6.1968
2	1.7889	-0.0083	0.297	0.6882	-0.6183	1.6413	0.0698	-0.0944	-0.203	-0.0007	0.0299	-0.2926	0.3304	0.3802	0.0009	0.3415	0.1268	0.0125	0.3465	-0.0183	0.3412	51.0675	-21.5062	22.4794
3	1.2801	-0.2739	0.7701	0.6792	0.1202	2.3973	-0.1808	0.108	0.4162	0.3409	0.0261	-0.242	-0.5218	0.4614	-0.0024	0.3954	-0.1311	-0.0251	0.5091	0.039	0.5564	52.9294	0.0939	25.1204
4	1.1966	-0.2319	-0.2365	1.7437	0.2461	1.0326	-0.1761	0.0514	0.277	-0.0044	0.0929	0.4417	-0.4939	-0.176	-0.0062	0.6264	0.1628	-0.0935	0.357	-0.0218	0.5061	29.3813	11.8385	17.6459
5	1.2827	-0.3479	0.5241	2.9358	-0.3281	1.6836	-0.0661	-0.1946	0.1477	0.2546	-0.0005	-0.1602	-0.3259	-0.0208	-0.0001	0.3666	0.0518	-0.0319	0.3988	-0.0404	0.3462	39.6529	-4.4058	27.7508
6	2.0072	0.9372	-0.5391	1.289	0.6117	1.1761	0.24	-0.3731	-0.3104	-0.0431	-0.1113	0.3467	0.4943	-0.3083	-0.0001	0.4917	0.0144	-0.0323	0.438	0.0335	0.4158	24.7571	-27.8634	32.6271
7	3.405	0.636	0.2941	2.5034	0.0984	3.2732	0.409	0.3796	0.7293	-0.518	-0.2893	0.5813	-0.1594	-0.6781	0.1081	0.3393	0.1708	-0.028	0.6018	0.0135	0.7032	12.8993	-12.6884	21.6098
8	2.3805	-0.3492	1.1469	1.9011	-0.7691	2.7522	-0.0858	-1.0581	-0.1255	0.763	0.0223	0.5435	0.4112	-0.5936	0.0378	0.4283	0.0361	0.1255	0.8541	-0.0981	0.5245	15.9606	-17.4124	41.047
9	0.9753	0.0136	0.3187	0.8211	-0.1118	0.8143	-0.0738	-0.5362	0.0039	-0.0267	-0.1618	0.4518	-0.1689	-0.5457	-0.1009	0.4693	0.1199	0.1412	0.8636	-0.161	0.7212	15.4511	-13.2654	42.492

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 268 through 405 )	A	268 - 405
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 406 through 451 )	A	406 - 451
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 452 through 488 )	A	452 - 488
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 489 through 536 )	A	489 - 536
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 537 through 698 )	A	537 - 698
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 699 through 749 )	A	699 - 749
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 750 through 826 )	A	750 - 826
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 827 through 880 )	A	827 - 880
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 881 through 920 )	A	881 - 920

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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