[日本語] English
万見
- PDB-6f8g: Co-crystal structure of SPOP MATH domain and hamster Pdx1 fragment -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f8g
タイトルCo-crystal structure of SPOP MATH domain and hamster Pdx1 fragment
要素
  • Pancreas/duodenum homeobox protein 1
  • Speckle-type POZ protein
キーワードLIGASE / Nuclear / Diabetes
機能・相同性
機能・相同性情報


type B pancreatic cell differentiation / molecular function inhibitor activity / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / regulation of proteolysis / Hedgehog 'on' state / positive regulation of insulin secretion / protein polyubiquitination / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck ...type B pancreatic cell differentiation / molecular function inhibitor activity / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / regulation of proteolysis / Hedgehog 'on' state / positive regulation of insulin secretion / protein polyubiquitination / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Homeobox protein, antennapedia type / SPOP, C-terminal BACK domain / : / MATH domain / BPM/SPOP, BACK domain / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Homeobox domain, metazoa / MATH domain / MATH/TRAF domain ...Homeobox protein, antennapedia type / SPOP, C-terminal BACK domain / : / MATH domain / BPM/SPOP, BACK domain / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Homeobox domain, metazoa / MATH domain / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Homeobox-like domain superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Speckle-type POZ protein / Pancreas/duodenum homeobox protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mesocricetus auratus (ネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Ostertag, M.S. / Popowicz, G.M. / Sattler, M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: The Structure of the SPOP-Pdx1 Interface Reveals Insights into the Phosphorylation-Dependent Binding Regulation.
著者: Ostertag, M.S. / Messias, A.C. / Sattler, M. / Popowicz, G.M.
履歴
登録2017年12月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_high

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Speckle-type POZ protein
B: Speckle-type POZ protein
C: Speckle-type POZ protein
D: Speckle-type POZ protein
E: Pancreas/duodenum homeobox protein 1
F: Pancreas/duodenum homeobox protein 1
G: Pancreas/duodenum homeobox protein 1
H: Pancreas/duodenum homeobox protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,4578
ポリマ－71,4578
非ポリマー00
水6,359353
1
A: Speckle-type POZ protein
B: Speckle-type POZ protein
E: Pancreas/duodenum homeobox protein 1
H: Pancreas/duodenum homeobox protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7294
ポリマ－35,7294
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4240 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area14060 Å2
手法PISA
2
D: Speckle-type POZ protein
G: Pancreas/duodenum homeobox protein 1

C: Speckle-type POZ protein
F: Pancreas/duodenum homeobox protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7294
ポリマ－35,7294
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
手法PISA
3
C: Speckle-type POZ protein
F: Pancreas/duodenum homeobox protein 1

D: Speckle-type POZ protein
G: Pancreas/duodenum homeobox protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7294
ポリマ－35,7294
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
Buried area4210 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area14190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.400, 55.170, 58.070
Angle α, β, γ (deg.)89.25, 89.89, 86.76
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Speckle-type POZ protein / HIB homolog 1 / Roadkill homolog 1


分子量: 16616.137 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPOP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43791
#2: タンパク質・ペプチド
Pancreas/duodenum homeobox protein 1 / Homeodomain protein PDX1 / Insulin promoter factor 1 / IPF-1


分子量: 1248.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mesocricetus auratus (ネズミ) / 参照: UniProt: P70118
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.47 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Imidazole-HCl pH 8.0, 30% (w/v) MPD, 10% (w/v) PEG-4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月11日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→100 Å / Num. all: 124076 / Num. obs: 32906 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.54 % / Rrim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 8.62
反射 シェル解像度: 2.05→2.102 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IVV

3ivv


解像度: 2.03→19.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 7.358 / SU ML: 0.192 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.25 / ESU R Free: 0.217 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26169 1650 4.8 %RANDOM
Rwork0.18414 ---
obs0.18806 32906 97.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 38.798 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20.01 Å2-0.01 Å2
2--0 Å20.02 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.03→19.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4760 0 0 353 5113
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.024892
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024566
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6931.9596575
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.003310589
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7175609
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.65824.151212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.88115891
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6191525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2717
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025387
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021058
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1663.8062430
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1673.8052429
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.7155.6873026
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.7145.6883027
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4214.0472462
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.424.0482463
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.2845.9313545
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.89344.8415379
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.84944.6475335
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.102 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 119 -
Rwork0.309 2359 -
obs--97.33 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る