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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6f7p | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Human ARS2 residues 147-270 + 408-763 | ||||||
![]() | (Serrate RNA effector molecule homolog) x 2 | ||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() mRNA cap binding complex binding / neuronal stem cell population maintenance / primary miRNA processing / response to arsenic-containing substance / positive regulation of neurogenesis / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA processing / protein-macromolecule adaptor activity / nuclear body ...mRNA cap binding complex binding / neuronal stem cell population maintenance / primary miRNA processing / response to arsenic-containing substance / positive regulation of neurogenesis / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA processing / protein-macromolecule adaptor activity / nuclear body / ribonucleoprotein complex / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cusack, S. / Schulze, W.M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural analysis of human ARS2 as a platform for co-transcriptional RNA sorting. 著者: Schulze, W.M. / Stein, F. / Rettel, M. / Nanao, M. / Cusack, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 190.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 152.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14754.771 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Residues 147-270 and 408-763 were co-expressed.Residues 271-407 were deleted 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 41169.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Residues 147-270 and 408-763 were co-expressed.Residues 271-407 were deleted 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.86 % |
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結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: Crystals were obtained at 4 C in 2 microlitre hanging drops with a 1:1 ratio of protein solution at 6 mg per ml in 20 mM HEPES, 300 mM NaCl, 2 mM tris(2-carboxyethyl)phosphine pH 7.8) to ...詳細: Crystals were obtained at 4 C in 2 microlitre hanging drops with a 1:1 ratio of protein solution at 6 mg per ml in 20 mM HEPES, 300 mM NaCl, 2 mM tris(2-carboxyethyl)phosphine pH 7.8) to crystallisation solution. The crystallisation solution was 0.2 M lithium sulphate and 20% (w/v) PEG 3550. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.966 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.7→118.33 Å / Num. obs: 18658 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.33 % / CC1/2: 1 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 12.11 |
反射 シェル | 解像度: 3.7→3.8 Å / 冗長度: 6.16 % / Mean I/σ(I) obs: 1.44 / CC1/2: 0.763 / Rsym value: 1.158 / % possible all: 98.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6F7J 解像度: 3.7→118.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 60.019 / SU ML: 0.767 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.748 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 202.198 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 3.7→118.33 Å
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拘束条件 |
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