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万見
- PDB-4kjz: Crystal Structure of Thermus Thermophilus IF2, Apo and GDP-bound ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kjz
タイトルCrystal Structure of Thermus Thermophilus IF2, Apo and GDP-bound Forms (2-474)
要素Translation initiation factor IF-2
キーワードTRANSLATION / Translation Initiation Factor/IF2 Superfamily / GTPase / GTP
機能・相同性
機能・相同性情報


translation initiation factor activity / GTPase activity / GTP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2720 / Arc Repressor Mutant, subunit A - #2480 / Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation initiation factor IF-2, N-terminal / Translation initiation factor IF-2, N-terminal region / Translation initiation factor IF-2, domain II / Initiation factor 2 signature. / Translation initiation factor IF-2, bacterial-like / Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2720 / Arc Repressor Mutant, subunit A - #2480 / Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation initiation factor IF-2, N-terminal / Translation initiation factor IF-2, N-terminal region / Translation initiation factor IF-2, domain II / Initiation factor 2 signature. / Translation initiation factor IF-2, bacterial-like / Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 / : / Elongation factor G domain 2 / Translation initiation factor IF- 2 / Translation initiation factor IF-2, domain 3 superfamily / Translation factors / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Helix non-globular / Special / Small GTP-binding protein domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Translation initiation factor IF-2
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Eiler, D.R. / Lin, J. / Steitz, T.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Initiation factor 2 crystal structure reveals a different domain organization from eukaryotic initiation factor 5B and mechanism among translational GTPases.
著者: Eiler, D. / Lin, J. / Simonetti, A. / Klaholz, B.P. / Steitz, T.A.
履歴
登録2013年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月25日Group: Database references
改定 1.22013年10月9日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Translation initiation factor IF-2
D: Translation initiation factor IF-2
B: Translation initiation factor IF-2
C: Translation initiation factor IF-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,1506
ポリマ－209,2634
非ポリマー8862
水27015
1
A: Translation initiation factor IF-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7592
ポリマ－52,3161
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Translation initiation factor IF-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3161
ポリマ－52,3161
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Translation initiation factor IF-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3161
ポリマ－52,3161
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
C: Translation initiation factor IF-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7592
ポリマ－52,3161
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.830, 177.816, 61.793
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.87, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Translation initiation factor IF-2 / GTP-binding protein Prokaryotic Translation Initiation Factor 2


分子量: 52315.824 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 2-474 / 変異: T17C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: infB, TTHA0699 / プラスミド: pET30b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P48515
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細P319A IS A NATURAL VARIANT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.9 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 40 mM sodium cacodylate, pH 5.4, 100 mM calcium acetate, 10 mM glycyl-glycine, 10 mM taurine, 8% PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97923 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月18日
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.506
11h,-k,-l20.494
反射解像度: 2.8→50.01 Å / Num. all: 63086 / Num. obs: 63086 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0.38 / Observed criterion σ(I): 0.38
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.8-2.91100
2.9-3.021100
3.02-3.151100
3.15-3.321100
3.32-3.531100
3.53-50.011100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4B3X

4b3x


解像度: 2.8→46.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.846 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.784 / SU B: 9.77 / SU ML: 0.215 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.081 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27564 3077 5 %RANDOM
Rwork0.2396 ---
obs0.24138 58831 97.32 %-
all-58831 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-28.5 Å20 Å22.85 Å2
2---7.77 Å2-0 Å2
3----20.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→46.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13637 0 56 15 13708
LS精密化 シェル解像度: 2.799→2.871 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 144 -
Rwork0.27 3017 -
obs--67.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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