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- PDB-6f7b: Crystal structure of the human Bub1 kinase domain in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f7b
タイトルCrystal structure of the human Bub1 kinase domain in complex with BAY 1816032
要素Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1
キーワードTRANSFERASE / BUB1 / kinase inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H2A kinase activity / positive regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion, centromeric / regulation of sister chromatid cohesion / regulation of chromosome segregation / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / outer kinetochore / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation ...histone H2A kinase activity / positive regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion, centromeric / regulation of sister chromatid cohesion / regulation of chromosome segregation / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / outer kinetochore / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / chromosome segregation / RHO GTPases Activate Formins / kinetochore / Separation of Sister Chromatids / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / cell division / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
GTP Cyclohydrolase I; Chain A, domain 1 - #20 / GTP Cyclohydrolase I; Chain A, domain 1 / Mad3/Bub1 homology region 1 / Mitotic spindle checkpoint protein Bub1/Mad3 / Mad3/BUB1 homology region 1 / BUB1 N-terminal domain profile. / Mad3/BUB1 hoMad3/BUB1 homology region 1 / Helix non-globular / Special / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 ...GTP Cyclohydrolase I; Chain A, domain 1 - #20 / GTP Cyclohydrolase I; Chain A, domain 1 / Mad3/Bub1 homology region 1 / Mitotic spindle checkpoint protein Bub1/Mad3 / Mad3/BUB1 homology region 1 / BUB1 N-terminal domain profile. / Mad3/BUB1 hoMad3/BUB1 homology region 1 / Helix non-globular / Special / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CVQ / Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Holton, S.J. / Siemeister, G. / Mengel, A. / Bone, W. / Schroeder, J. / Zitzmann-Kolbe, S. / Briem, H. / Fernandez-Montalvan, A. / Prechtl, S. / Moenning, U. ...Holton, S.J. / Siemeister, G. / Mengel, A. / Bone, W. / Schroeder, J. / Zitzmann-Kolbe, S. / Briem, H. / Fernandez-Montalvan, A. / Prechtl, S. / Moenning, U. / von Ahsen, O. / Johanssen, J. / Cleve, A. / Puetter, V. / Hitchcock, M. / von Nussbaum, F. / Brands, M. / Mumberg, D. / Ziegelbauer, K.
引用ジャーナル: Clin.Cancer Res. / 年: 2019
タイトル: Inhibition of BUB1 Kinase by BAY 1816032 Sensitizes Tumor Cells toward Taxanes, ATR, and PARP InhibitorsIn VitroandIn Vivo.
著者: Siemeister, G. / Mengel, A. / Fernandez-Montalvan, A.E. / Bone, W. / Schroder, J. / Zitzmann-Kolbe, S. / Briem, H. / Prechtl, S. / Holton, S.J. / Monning, U. / von Ahsen, O. / Johanssen, S. / ...著者: Siemeister, G. / Mengel, A. / Fernandez-Montalvan, A.E. / Bone, W. / Schroder, J. / Zitzmann-Kolbe, S. / Briem, H. / Prechtl, S. / Holton, S.J. / Monning, U. / von Ahsen, O. / Johanssen, S. / Cleve, A. / Putter, V. / Hitchcock, M. / von Nussbaum, F. / Brands, M. / Ziegelbauer, K. / Mumberg, D.
履歴
登録2017年12月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月24日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年5月5日Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_conn / struct_conn_type
Item: _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id ..._struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0433
ポリマ－41,4841
非ポリマー5592
水3,045169
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area16750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.497, 60.093, 124.469
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1253-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1 / hBUB1 / BUB1A


分子量: 41484.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BUB1, BUB1L / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: O43683, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-CVQ / 2-[3,5-bis(fluoranyl)-4-[[3-[5-methoxy-4-[(3-methoxypyridin-4-yl)amino]pyrimidin-2-yl]indazol-1-yl]methyl]phenoxy]ethanol


分子量: 534.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H24F2N6O4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.96 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.26
詳細: 200mM MgCl2, 100mM Tris-HCl pH 7.26, 5% glycerol, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→46.79 Å / Num. obs: 26378 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / Rrim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 21.6
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→46.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 4.338 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.18 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25374 1298 4.9 %RANDOM
Rwork0.19831 ---
obs0.201 25037 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 40.779 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å2-0 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→46.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2789 0 40 169 2998
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0192968
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022746
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4971.9814020
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9373.0016375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0035354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.58724.627134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.92515529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.9761510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2424
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213253
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02595
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7023.9491404
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7023.9471403
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1255.8941762
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.1255.8971763
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7134.271564
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.7114.271564
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.4666.2632258
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.59844.0783335
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.58643.9583310
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 87 -
Rwork0.256 1805 -
obs--99.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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