PDB-6f6s: CRYSTAL STRUCTURE OF EBOLAVIRUS GLYCOPROTEIN IN COMPLEX WITH benz...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6f6s

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF EBOLAVIRUS GLYCOPROTEIN IN COMPLEX WITH benztropine

要素

Envelope glycoprotein
Envelope glycoprotein,Envelope glycoprotein,GP1

キーワード

VIRAL PROTEIN / EBOLA VIRUS / FILOVIRIDAE / ENVELOPE GLYCOPROTEIN / PROTEIN INHIBITOR COMPLEX / IBUPROFEN / benztropine / bepridil / paroxetine / sertraline / TOREMIFENE

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated killing of host cell / host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / host cell cytoplasm / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / membrane raft / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Zaire ebolavirus (エボラウイルス)

Ebola virus (エボラウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.29 Å

データ登録者

Ren, J. / Zhao, Y. / Fry, E.E. / Stuart, D.I.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Target Identification and Mode of Action of Four Chemically Divergent Drugs against Ebolavirus Infection.
著者: Ren, J. / Zhao, Y. / Fry, E.E. / Stuart, D.I.

履歴

登録	2017年12月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年1月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年2月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb6f6s.ent.gz	142.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6f6s_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6f6s_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
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CIF形式データ	6f6s_validation.cif.gz	23.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/6f6s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/6f6s	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6f5uC 6f6iC 6f6nC 5jq3S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6f6i-1 6f6n-1 6g9b-1 6f5u-1 6hs4-1 6g9i-1 6hro-1 5jq7-1 5jqb-1 6g95-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#178 - 2014年10月エボラウイルスタンパク質 (Ebola Virus Proteins) 類似性 (5) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Envelope glycoprotein,Envelope glycoprotein,GP1

B: Envelope glycoprotein

ヘテロ分子

58.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Envelope glycoprotein,Envelope glycoprotein,GP1

B: Envelope glycoprotein

ヘテロ分子

A: Envelope glycoprotein,Envelope glycoprotein,GP1

B: Envelope glycoprotein

ヘテロ分子

A: Envelope glycoprotein,Envelope glycoprotein,GP1

B: Envelope glycoprotein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
175 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.379, 114.379, 305.749
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-710- DMS

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Envelope glycoprotein,Envelope glycoprotein,GP1 / GP1 / 2 / GP 分子量: 36217.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: mutation T42A,mutation T42A,mutation T42A 由来: (組換発現) Zaire ebolavirus (strain Mayinga-76) (エボラウイルス), (組換発現) Ebola virus (エボラウイルス) 株: Mayinga-76 / 遺伝子: GP / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q05320
#2: タンパク質	Envelope glycoprotein 分子量: 18922.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: mutation, H613A / 由来: (組換発現) Ebola virus (エボラウイルス) 遺伝子: GP, DF49_53415gpGP, DF49_53416gpGP, DF49_53417gpGP, DF49_53418gpGP, DF49_53419gpGP, DF49_53420gpGP, DF49_53421gpGP, DF49_53422gpGP, DF49_53423gpGP, DF49_53424gpGP, DF49_53425gpGP, DF49_53426gpGP 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0U3BWW0, UniProt: Q05320*PLUS

#1: タンパク質

Envelope glycoprotein,Envelope glycoprotein,GP1 / GP1 / 2 / GP

分子量: 36217.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: mutation T42A,mutation T42A,mutation T42A
由来: (組換発現)

Zaire ebolavirus (strain Mayinga-76) (エボラウイルス), (組換発現)

Ebola virus (エボラウイルス)
株: Mayinga-76 / 遺伝子: GP / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q05320

#2: タンパク質

Envelope glycoprotein

分子量: 18922.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: mutation, H613A / 由来: (組換発現)

Ebola virus (エボラウイルス)
遺伝子: GP, DF49_53415gpGP, DF49_53416gpGP, DF49_53417gpGP, DF49_53418gpGP, DF49_53419gpGP, DF49_53420gpGP, DF49_53421gpGP, DF49_53422gpGP, DF49_53423gpGP, DF49_53424gpGP, DF49_53425gpGP, DF49_53426gpGP
細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0U3BWW0, UniProt: Q05320*PLUS

-
糖 , 1種, 5分子

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 90分子

#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-CXQ / benztropine / ベンズトロピン分子量: 307.429 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₅NO
#6: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 9% (W/V) PEG 6000 AND 0.1 M SODIUM CITRATE TRIBASIC DIHYDRATE

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.29→60.515 Å / Num. obs: 35081 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.4 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 21.9
反射シェル	解像度: 2.29→2.33 Å / 冗長度: 10.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1727 / CC_1/2: 0.795 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2940: ???)	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5jq3

5jq3

解像度: 2.29→60.515 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.28

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2328	1755	5.06 %
R_work	0.2069	-	-
obs	0.2083	34650	98.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.29→60.515 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2973	0	198	70	3241

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	3243
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.557	4401
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.998	1843
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	494
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	547

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.29-2.3519	0.4235	151	0.4085	2365	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3519-2.4211	0.3914	120	0.3764	2466	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4211-2.4993	0.3951	115	0.3536	2483	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4993-2.5886	0.3861	154	0.3172	2476	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5886-2.6923	0.3137	127	0.2861	2496	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6923-2.8148	0.318	147	0.2548	2494	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8148-2.9632	0.2825	131	0.2221	2536	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9632-3.1488	0.2565	138	0.2165	2536	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1488-3.3919	0.2179	109	0.1973	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3919-3.7332	0.2116	135	0.1741	2557	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7332-4.2733	0.1913	120	0.1685	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2733-5.3834	0.2065	135	0.1678	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3834-60.5359	0.2076	173	0.213	2692	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.1913	-1.8161	3.8845	9.0336	-1.5347	7.9086	-0.0319	-1.1441	-0.5258	1.125	0.2214	0.2229	1.0764	-0.7804	-0.3064	0.7543	-0.0308	0.1667	0.5319	0.0154	0.4338	-60.2785	13.4975	0.6927
2	2.025	0.1208	-0.4554	7.8975	6.5263	8.4812	-0.1934	-0.3446	-0.0719	0.3186	0.3875	-0.4392	0.7271	0.8839	-0.0236	0.5202	0.0724	-0.0046	0.4547	0.0682	0.468	-52.7275	16.2369	-3.242
3	3.3851	-0.5062	-0.1118	3.2953	1.0313	4.6119	-0.039	0.4357	-0.1647	-0.6582	-0.1769	0.1542	0.3625	-0.2254	0.2121	0.7428	-0.0428	0.0507	0.3927	-0.0025	0.4261	-56.6332	12.539	-29.0349
4	1.9617	-0.902	-0.9078	6.6085	4.2036	7.5325	-0.1988	0.2976	-0.0923	-0.2568	0.1623	-0.5322	0.5057	0.5368	-0.0564	0.5766	0.0633	0.0901	0.3622	0.0352	0.4894	-48.7171	9.4732	-21.9165
5	2.7028	-4.1465	0.1031	6.8049	0.2542	4.6455	-0.2868	0.2494	-0.6863	-0.7417	-0.0687	0.2623	1.3759	-0.2684	0.2417	1.4417	-0.1332	0.1151	0.7461	-0.1227	0.6466	-54.1867	-1.7484	-40.5239
6	2.874	0.6592	1.0696	5.8199	-0.6812	5.3563	-0.3868	0.1779	-0.5655	-0.6635	0.0065	-0.5416	1.3906	0.1286	0.3851	1.572	0.1214	0.3249	0.7166	-0.1181	0.8509	-44.6256	-7.8346	-38.3066
7	1.0045	0.2718	-1.2692	1.6117	0.3561	2.1888	-1.1688	-0.0959	-0.2102	1.1038	0.1137	1.2131	0.5977	0.5041	0.8571	1.9962	0.1561	-0.0299	1.0258	-0.1259	1.4319	-46.7161	-14.2031	-47.8982
8	3.2985	4.2121	-3.5843	6.7357	-4.9518	5.8955	0.3701	-0.1758	-0.224	0.8055	-0.4042	-0.1468	0.3601	-0.2061	-0.0272	0.7624	0.0365	0.0374	0.4138	-0.0533	0.5499	-49.3385	7.6824	-10.4952
9	4.7107	3.7939	-5.2344	5.0991	-1.3446	2.0088	0.0891	0.2864	-0.6588	-0.116	-0.0339	-0.3626	0.476	0.9351	-0.2201	0.7995	0.1318	0.0805	0.8931	-0.0267	0.9696	-32.1366	28.0837	-21.6812
10	1.1105	-0.0121	0.1821	2.7628	-0.2159	3.9304	-0.0969	-0.1309	-0.1113	0.2671	-0.1123	-0.2939	0.6268	0.0182	0.1552	0.5777	-0.0409	0.0476	0.2995	-0.0199	0.4985	-54.9162	10.6677	-10.5743
11	2.2216	-1.5363	0.6022	4.6174	-5.1987	6.7303	-0.5169	0.1043	0.8072	-0.5611	-1.3874	0.7552	-0.5685	1.0942	2.0595	0.9753	-0.2004	-0.0958	0.7109	0.0195	0.971	-62.9629	29.4028	-16.7117
12	5.8296	0.1459	-0.3427	7.4755	3.5979	7.2291	-0.3065	-1.0461	-0.3269	1.1126	-0.3538	0.7622	0.7202	-1.3194	0.4944	0.6175	-0.0092	0.0672	0.5704	0.0738	0.5127	-60.933	27.4915	8.7912
13	8.7188	-6.2653	-7.036	8.836	1.5591	8.6251	-0.7449	-1.9371	1.3581	1.2017	2.2265	-1.693	-1.415	-3.0772	-0.5628	2.0979	0.8043	-0.1321	2.2944	-0.1641	1.6345	-50.2481	30.0055	33.3394
14	1.9736	3.7298	3.0701	7.0298	5.7845	4.7554	-0.6563	-0.4649	0.3013	-2.2161	0.0967	1.3862	-2.3096	1.9365	0.8999	2.2037	-0.5516	-0.1563	1.8366	0.1198	2.0281	-49.8072	35.704	48.7607

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 31 through 50 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 51 through 73 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 74 through 176 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 177 through 223 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 224 through 249 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 250 through 305 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 306 through 477 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 502 through 526 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 527 through 541 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 542 through 575 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 576 through 583 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 584 through 612 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 613 through 625 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 626 through 632 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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