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- PDB-6f6r: Crystal structure of human Caspase-1 with N-{3-[1-((S)-2-Hydroxy-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f6r
タイトルCrystal structure of human Caspase-1 with N-{3-[1-((S)-2-Hydroxy-5-oxo-tetrahydro-furan-3-ylcarbamoyl)-ethyl]-1-methyl-2,4-dioxo-1,2,3,4-tetrahydro-pyrimidin-5-yl}-4-(quinoxalin-2-ylamino)-benzamide
要素(Caspase-1) x 2
キーワードHYDROLASE / caspase-1 / nanomolar inhibitor / inflammatory diseases / sp3 hybridization
機能・相同性
機能・相同性情報


aldose 1-epimerase activity / galactose catabolic process via UDP-galactose / glucose metabolic process / carbohydrate binding / DNA damage response
類似検索 - 分子機能
Aldose 1-/Glucose-6-phosphate 1-epimerase / Aldose 1-epimerase / Caspase-like / Rossmann fold - #1460 / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CVE / Uncharacterized protein YphB
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Fournier, J.F. / Clary, L. / Chambon, S. / Dumais, L. / Harris, C.S. / Millois-Barbuis, C. / Pierre, R. / Talano, S. / Thoreau, E. / Aubert, J. ...Fournier, J.F. / Clary, L. / Chambon, S. / Dumais, L. / Harris, C.S. / Millois-Barbuis, C. / Pierre, R. / Talano, S. / Thoreau, E. / Aubert, J. / Aurelly, M. / Bouix-Peter, C. / Brethon, A. / Chantalat, L. / Christin, O. / Comino, C. / El-Bazbouz, G. / Ghilini, A.L. / Isabet, T. / Lardy, C. / Luzy, A.P. / Mathieu, C. / Mebrouk, K. / Orfila, D. / Pascau, J. / Reverse, K. / Roche, D. / Rodeschini, V. / Hennequin, L.F.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Rational Drug Design of Topically Administered Caspase 1 Inhibitors for the Treatment of Inflammatory Acne.
著者: Fournier, J.F. / Clary, L. / Chambon, S. / Dumais, L. / Harris, C.S. / Millois, C. / Pierre, R. / Talano, S. / Thoreau, E. / Aubert, J. / Aurelly, M. / Bouix-Peter, C. / Brethon, A. / ...著者: Fournier, J.F. / Clary, L. / Chambon, S. / Dumais, L. / Harris, C.S. / Millois, C. / Pierre, R. / Talano, S. / Thoreau, E. / Aubert, J. / Aurelly, M. / Bouix-Peter, C. / Brethon, A. / Chantalat, L. / Christin, O. / Comino, C. / El-Bazbouz, G. / Ghilini, A.L. / Isabet, T. / Lardy, C. / Luzy, A.P. / Mathieu, C. / Mebrouk, K. / Orfila, D. / Pascau, J. / Reverse, K. / Roche, D. / Rodeschini, V. / Hennequin, L.F.
履歴
登録2017年12月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Caspase-1
B: Caspase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0294
ポリマ－30,3722
非ポリマー6582
水4,558253
1
A: Caspase-1
B: Caspase-1
ヘテロ分子

A: Caspase-1
B: Caspase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0598
ポリマ－60,7444
非ポリマー1,3154
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area18230 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area22290 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6230 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area14030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.140, 64.140, 165.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-501-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Caspase-1 / CASP-1 / Interleukin-1 beta convertase / IL-1BC / Interleukin-1 beta-converting enzyme / IL-1 beta- ...CASP-1 / Interleukin-1 beta convertase / IL-1BC / Interleukin-1 beta-converting enzyme / IL-1 beta-converting enzyme / p45


分子量: 20113.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP1, IL1BC, IL1BCE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29466, EC: 3.4.22.36
#2: タンパク質 Caspase-1 / CASP-1 / Interleukin-1 beta convertase / IL-1BC / Interleukin-1 beta-converting enzyme / IL-1 beta- ...CASP-1 / Interleukin-1 beta convertase / IL-1BC / Interleukin-1 beta-converting enzyme / IL-1 beta-converting enzyme / p45


分子量: 10258.755 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP1, IL1BC, IL1BCE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29466, EC: 3.4.22.36
#3: 化合物 ChemComp-CVE / (3~{S})-3-[[(2~{R})-2-[3-methyl-2,6-bis(oxidanylidene)-5-[[4-(quinoxalin-2-ylamino)phenyl]carbonylamino]pyrimidin-1-yl]propanoyl]amino]-4-oxidanyl-butanoic acid


分子量: 561.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H27N7O7
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.43 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES (pH7.4), 2 M (NH4)2SO4 and 25 mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 32900 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.14 % / Biso Wilson estimate: 31.25 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.61
反射 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / 冗長度: 7.25 % / Mean I/σ(I) obs: 1.46 / Num. unique obs: 5188 / CC1/2: 0.749 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSdata processing
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→43.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU R Cruickshank DPI: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.111 / SU Rfree Blow DPI: 0.107 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.101
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.205 1644 5 %RANDOM
Rwork0.173 ---
obs0.174 32881 99.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 41.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.8437 Å20 Å20 Å2
2---4.8437 Å20 Å2
3---9.6874 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→43.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2114 0 46 253 2413
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012263HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.053064HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d816SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes54HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes359HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2263HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.71
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.81
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion300SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2908SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2573 147 4.97 %
Rwork0.2402 2810 -
all0.241 2957 -
obs--99.2 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.2517 Å / Origin y: 30.1142 Å / Origin z: -6.9184 Å
111213212223313233
T0.1569 Å2-0.0058 Å2-0.0118 Å2-0.2003 Å20.0167 Å2--0.1469 Å2
L0.6824 °2-0.4036 °20.5372 °2-1.0359 °2-0.5502 °2--1.6209 °2
S-0.0381 Å °0.0667 Å °0.002 Å °0.0718 Å °0.045 Å °0.0554 Å °-0.1314 Å °-0.1662 Å °-0.0069 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* },{ B|* },

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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