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- PDB-6f6j: Crystal structure of the Fe(II)/alpha-ketoglutarate dependent dio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f6j
タイトルCrystal structure of the Fe(II)/alpha-ketoglutarate dependent dioxygenase KDO1 with Fe(II)/succinate/(3S)-3-hydroxy-L-lysine
要素L-lysine 3-hydroxylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Fe(II)/alpha-ketoglutarate / dioxygenases / enzyme / FeII alphaKG form / oxydoreductase
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Clavaminate synthase-like / Taurine catabolism dioxygenase TauD, TfdA family / Taurine dioxygenase TauD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-CUW / : / SUCCINIC ACID / L-lysine 3-hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Catenulispora acidiphila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Isabet, T. / Stura, E.A. / Legrand, P. / Zaparucha, A. / Bastard, K.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Structural Studies based on two Lysine Dioxygenases with Distinct Regioselectivity Brings Insights Into Enzyme Specificity within the Clavaminate Synthase-Like Family.
著者: Bastard, K. / Isabet, T. / Stura, E.A. / Legrand, P. / Zaparucha, A.
履歴
登録2017年12月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-lysine 3-hydroxylase
B: L-lysine 3-hydroxylase
C: L-lysine 3-hydroxylase
D: L-lysine 3-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,40718
ポリマ－156,9454
非ポリマー1,46314
水22,8791270
1
A: L-lysine 3-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6315
ポリマ－39,2361
非ポリマー3954
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: L-lysine 3-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5724
ポリマ－39,2361
非ポリマー3363
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: L-lysine 3-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5724
ポリマ－39,2361
非ポリマー3363
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: L-lysine 3-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6315
ポリマ－39,2361
非ポリマー3954
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.950, 67.390, 110.650
Angle α, β, γ (deg.)107.55, 102.87, 93.58
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
L-lysine 3-hydroxylase / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase / KDO1 / L-lysine hydroxylase


分子量: 39236.211 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Catenulispora acidiphila (strain DSM 44928 / NRRL B-24433 / NBRC 102108 / JCM 14897) (バクテリア)
株: DSM 44928 / NRRL B-24433 / NBRC 102108 / JCM 14897 / 遺伝子: Caci_0231 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: C7QJ42, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: C7QJ42, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

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非ポリマー , 5種, 1284分子

#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID


分子量: 118.088 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#4: 化合物
ChemComp-CUW / (2~{S},3~{R})-2,6-bis(azanyl)-3-oxidanyl-hexanoic acid / 3-hydroxy-L-lysine


分子量: 162.187 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14N2O3
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: KDO1: 9.3 mg/ml in 0.2 M NaCl, .001 M DTT, 0.05 M Tris-HCl, pH 8 Precipitant: 18% PEG3350, 0.15 M Tris pH 7.5, 0.3 M Na Acetate. Soaking/cryo : 20% PEG3350, 0.15 M Tris pH 7.5, 0.2 M NaCl, 0. ...詳細: KDO1: 9.3 mg/ml in 0.2 M NaCl, .001 M DTT, 0.05 M Tris-HCl, pH 8 Precipitant: 18% PEG3350, 0.15 M Tris pH 7.5, 0.3 M Na Acetate. Soaking/cryo : 20% PEG3350, 0.15 M Tris pH 7.5, 0.2 M NaCl, 0.02 M Na Succinate, 0.001 M FeIISO4 (0.5 M stock solution prepared in 0.050 M dithionite), 0.05 M alpha-KG, 0.05 M L-Lysine, 20% glycerol
PH範囲: 7.5-8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 101680 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.85 % / Biso Wilson estimate: 42.26 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.0083 / Net I/σ(I): 13.63
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 2.985 % / Mean I/σ(I) obs: 1.38 / Num. unique obs: 7144 / CC1/2: 0.738 / Rrim(I) all: 0.833 / % possible all: 93.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
Cootモデル構築
MOLREP位相決定
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU R Cruickshank DPI: 0.177 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.187 / SU Rfree Blow DPI: 0.155 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.152
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 5025 4.94 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.196 101618 99.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 52.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.6515 Å20.7416 Å21.1629 Å2
2---1.7552 Å20.9926 Å2
3---12.4066 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10024 0 88 1270 11382
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0110511HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0214287HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3619SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes223HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1611HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10511HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.36
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.49
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1384SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact13196SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 349 4.78 %
Rwork0.2178 6945 -
all0.2193 7294 -
obs--95.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.76950.2036-0.17652.0617-0.35881.4920.0540.08050.1011-0.11790.03420.0730.0554-0.0019-0.0882-0.1541-0.00010.0250.0241-0.0355-0.0269-46.7093-60.4475-13.3869
20.52960.12090.11191.71440.30031.77120.098-0.1047-0.02730.4524-0.01710.23340.3373-0.2479-0.08090.1058-0.06730.04070.1128-0.0238-0.0261-56.5633-77.412813.7337
30.89260.2835-0.16562.3347-0.5371.66430.0704-0.1452-0.07080.2211-0.1172-0.033-0.13470.2030.0468-0.0996-0.0497-0.01140.0402-0.0323-0.0426-18.4046-93.0804-31.029
40.7573-0.2674-0.39161.6350.45111.5490.19120.16650.0238-0.5192-0.13330.1504-0.3459-0.1714-0.05790.16440.0398-0.00940.0918-0.0319-0.0616-27.5916-75.9734-58.5472
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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