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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6f6h | ||||||
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タイトル | R2-like ligand-binding oxidase V72L mutant with aerobically reconstituted Mn/Fe cofactor | ||||||
![]() | Ribonucleotide reductase small subunit | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / R2-LIKE LIGAND-BINDING OXIDASE / MN/FE COFACTOR / RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2 SUBUNIT FOLD / METALLOPROTEIN OXIDOREDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Griese, J.J. / Hogbom, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Ether cross-link formation in the R2-like ligand-binding oxidase. 著者: Griese, J.J. / Branca, R.M.M. / Srinivas, V. / Hogbom, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 230.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 187.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 770.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 786.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 36976.832 Da / 分子数: 2 / 変異: V72L / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: HTA426 / 遺伝子: GK2771 / プラスミド: pET-46 Ek/LIC / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q5KW80, ribonucleoside-diphosphate reductase |
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-非ポリマー , 5種, 156分子 ![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/MN3.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/PLM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MN3.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/PLM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.19 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% (W/V) PEG 1500, 0.1 M HEPES-NA PH 7.0, streak-seeded with crystals of wild-type protein PH範囲: 7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.76→50 Å / Num. obs: 52983 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 34.3 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rrim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 1.76→1.87 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.798 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 6957 / CC1/2: 0.674 / Rrim(I) all: 0.96 / % possible all: 76.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4HR0 解像度: 1.764→43.526 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.12
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.764→43.526 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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