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- PDB-6f6d: The catalytic domain of KDM6B in complex with H3(17-33)K18IA21M p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f6d
タイトルThe catalytic domain of KDM6B in complex with H3(17-33)K18IA21M peptide
要素
  • Histone 3 peptide H3(17-33)K18IA21M
  • Lysine-specific demethylase 6B
キーワードOXIDOREDUCTASE / Epigenetics / Histone demethylase / substrate based inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


[histone H3]-trimethyl-L-lysine27 demethylase / histone H3K27me2/H3K27me3 demethylase activity / endothelial cell differentiation / cardiac muscle cell differentiation / MLL3/4 complex / inflammatory response to antigenic stimulus / mesodermal cell differentiation / histone demethylase activity / cell fate commitment / Chromatin modifying enzymes ...[histone H3]-trimethyl-L-lysine27 demethylase / histone H3K27me2/H3K27me3 demethylase activity / endothelial cell differentiation / cardiac muscle cell differentiation / MLL3/4 complex / inflammatory response to antigenic stimulus / mesodermal cell differentiation / histone demethylase activity / cell fate commitment / Chromatin modifying enzymes / response to fungicide / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / epigenetic regulation of gene expression / hippocampus development / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / response to activity / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / NoRC negatively regulates rRNA expression / beta-catenin binding / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / chromatin DNA binding / Pre-NOTCH Transcription and Translation / cellular response to hydrogen peroxide / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / HCMV Early Events / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / HATs acetylate histones / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / heart development / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / regulation of gene expression / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / gene expression / Estrogen-dependent gene expression / cadherin binding / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1370 / Cysteine Rich Protein - #20 / : / : / : / : / Lysine-specific demethylase 6/UTY, C-terminal helical domain / KDM6, GATA-like / Cysteine Rich Protein / Cupin ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1370 / Cysteine Rich Protein - #20 / : / : / : / : / Lysine-specific demethylase 6/UTY, C-terminal helical domain / KDM6, GATA-like / Cysteine Rich Protein / Cupin / JmjC domain, hydroxylase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Ribbon / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Jelly Rolls / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / : / TERTIARY-BUTYL ALCOHOL / Lysine-specific demethylase 6B / Histone H3.1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81810675209 Å
データ登録者Jones, S.E. / Olsen, L. / Gajhede, M.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Danish Council for Independent Research4004-00075B デンマーク
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Structural Basis of Histone Demethylase KDM6B Histone 3 Lysine 27 Specificity.
著者: Jones, S.E. / Olsen, L. / Gajhede, M.
履歴
登録2017年12月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific demethylase 6B
B: Histone 3 peptide H3(17-33)K18IA21M
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3448
ポリマ－59,8542
非ポリマー4906
水8,161453
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3710 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area20950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.480, 68.480, 230.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Lysine-specific demethylase 6B / JmjC domain-containing protein 3 / Jumonji domain-containing protein 3 / Lysine demethylase 6B


分子量: 58050.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM6B, JMJD3, KIAA0346
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O15054, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: O15054, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: タンパク質・ペプチド Histone 3 peptide H3(17-33)K18IA21M


分子量: 1804.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68431*PLUS

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非ポリマー , 5種, 459分子

#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#6: 化合物 ChemComp-TBU / TERTIARY-BUTYL ALCOHOL / 2-METHYL-2-PROPANOL / tert-ブタノ-ル


分子量: 74.122 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 453 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.44 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M TRIS pH 8.0, 15%(v/v) Tert-butanol,

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.072 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.818→65.633 Å / Num. obs: 49999 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 12.3 % / Biso Wilson estimate: 25.2613075966 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.131 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 1.818→1.85 Å / 冗長度: 13.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2490 / CC1/2: 0.73 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
autoPROC1.1.7データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OY3

5oy3


解像度: 1.81810675209→57.5 Å / SU ML: 0.208963891217 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.8996379797
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.213586891495 1946 3.9823189948 %
Rwork0.165095998862 46920 -
obs0.166994950638 48866 96.9371156517 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.2566323525 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81810675209→57.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3733 0 27 453 4213
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01023875065683880
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.032919913385285
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0592793064018577
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00698714723375680
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.73701578012329
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8181-1.86360.3475525411071270.240179509743110X-RAY DIFFRACTION91.4923685698
1.8636-1.9140.3421020186791060.2679902034742655X-RAY DIFFRACTION78.7282577702
1.914-1.97030.3065585123781320.2197057210273220X-RAY DIFFRACTION94.8231966054
1.9703-2.03390.2793945392481360.1919944506343285X-RAY DIFFRACTION97.022121384
2.0339-2.10660.2440427514721410.1809239468473321X-RAY DIFFRACTION97.1653101319
2.1066-2.19090.2224452486591380.1750965463073365X-RAY DIFFRACTION98.7873660462
2.1909-2.29060.2054201464921410.1605559259043392X-RAY DIFFRACTION99.1858506457
2.2906-2.41140.2234036768811430.1517725863883406X-RAY DIFFRACTION99.6630160067
2.4114-2.56250.2355693670441420.1600574810453423X-RAY DIFFRACTION99.7481813095
2.5625-2.76030.1877862004591440.1607140599733454X-RAY DIFFRACTION99.8612267555
2.7603-3.03810.2052143919281460.1671579313433471X-RAY DIFFRACTION99.9723604201
3.0381-3.47770.2023957344621450.1625880579963506X-RAY DIFFRACTION99.9726177437
3.4777-4.38130.1931905389821480.14493932333544X-RAY DIFFRACTION99.9729217438
4.3813-57.52870.1938864214171570.1573125034343768X-RAY DIFFRACTION99.8727735369

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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