PDB-6f5u: CRYSTAL STRUCTURE OF EBOLAVIRUS GLYCOPROTEIN IN COMPLEX WITH BEPRIDIL

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6f5u

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF EBOLAVIRUS GLYCOPROTEIN IN COMPLEX WITH BEPRIDIL

要素

Envelope glycoprotein
Envelope glycoprotein,Envelope glycoprotein,GP1

キーワード

VIRAL PROTEIN / EBOLA VIRUS / FILOVIRIDAE / ENVELOPE GLYCOPROTEIN / PROTEIN INHIBITOR COMPLEX / IBUPROFEN / benztropine / bepridil / paroxetine and sertraline / TOREMIFENE

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / suppression by virus of host tetherin activity / host cell cytoplasm / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / membrane raft / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Zaire ebolavirus (エボラウイルス)

Ebola virus (エボラウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.07 Å

データ登録者

Ren, J. / Zhao, Y. / Fry, E.E. / Stuart, D.I.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Target Identification and Mode of Action of Four Chemically Divergent Drugs against Ebolavirus Infection.
著者: Ren, J. / Zhao, Y. / Fry, E.E. / Stuart, D.I.

履歴

登録	2017年12月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年1月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年2月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6f5u.cif.gz	179 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6f5u.ent.gz	138.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6f5u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6f5u_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6f5u_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6f5u_validation.xml.gz	19.1 KB	表示
CIF形式データ	6f5u_validation.cif.gz	25.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/6f5u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/6f5u	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6f6iC 6f6nC 6f6sC 5jq7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6f6n-1 5jq7-1 6g9b-1 6g9i-1 6hs4-1 6f6i-1 5jq3-1 6g95-1 6f6s-1 6hro-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#178 - 2014年10月エボラウイルスタンパク質 (Ebola Virus Proteins) 類似性 (5) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Envelope glycoprotein,Envelope glycoprotein,GP1

B: Envelope glycoprotein

ヘテロ分子

57.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Envelope glycoprotein,Envelope glycoprotein,GP1

B: Envelope glycoprotein

ヘテロ分子

A: Envelope glycoprotein,Envelope glycoprotein,GP1

B: Envelope glycoprotein

ヘテロ分子

A: Envelope glycoprotein,Envelope glycoprotein,GP1

B: Envelope glycoprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
172 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	114.050, 114.050, 307.180
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Envelope glycoprotein,Envelope glycoprotein,GP1 / GP1 / 2 / GP 分子量: 35628.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Zaire ebolavirus (strain Mayinga-76) (エボラウイルス), (組換発現) Ebola virus (エボラウイルス) 株: Mayinga-76, MAYINGA, ZAIRE, 1976 / 遺伝子: GP / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q05320
#2: タンパク質	Envelope glycoprotein / GP1 / 2 / GP 分子量: 18922.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Zaire ebolavirus (strain Mayinga-76) (エボラウイルス) 株: Mayinga-76 / 遺伝子: GP / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q05320

#1: タンパク質

Envelope glycoprotein,Envelope glycoprotein,GP1 / GP1 / 2 / GP

分子量: 35628.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Zaire ebolavirus (strain Mayinga-76) (エボラウイルス), (組換発現)

Ebola virus (エボラウイルス)
株: Mayinga-76, MAYINGA, ZAIRE, 1976 / 遺伝子: GP / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q05320

#2: タンパク質

Envelope glycoprotein / GP1 / 2 / GP

分子量: 18922.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Zaire ebolavirus (strain Mayinga-76) (エボラウイルス)
株: Mayinga-76 / 遺伝子: GP / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q05320

-
糖 , 2種, 5分子

#3: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 157分子

#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-CQN / Bepridil / (R)-ベプリジル分子量: 366.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₃₄N₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: チャネルブロッカー*YM
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.67 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 9% (w/v) PEG 6000 and 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.07→83.08 Å / Num. obs: 47246 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 33.6 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 21.2
反射シェル	解像度: 2.07→2.11 Å / 冗長度: 20.4 % / Num. unique obs: 2339 / CC_1/2: 0.53 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2940: ???)	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5jq7

5jq7

解像度: 2.07→52.168 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2002	2350	4.98 %
R_work	0.1867	-	-
obs	0.1874	47232	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.07→52.168 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2974	0	175	148	3297

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3226
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.725	4390
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.61	1872
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	502
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	548

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.07-2.1123	0.3549	131	0.3374	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1123-2.1582	0.3127	135	0.2959	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1582-2.2084	0.2768	143	0.2747	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2084-2.2636	0.3138	136	0.2478	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2636-2.3248	0.252	143	0.2329	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3248-2.3932	0.2315	127	0.2184	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3932-2.4705	0.2405	131	0.2208	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4705-2.5588	0.2836	123	0.219	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5588-2.6612	0.2169	134	0.2008	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6612-2.7823	0.2139	143	0.2048	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7823-2.929	0.1814	147	0.1907	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.929-3.1125	0.2238	139	0.1932	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1125-3.3528	0.2084	132	0.1963	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3528-3.6901	0.1859	146	0.1795	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6901-4.2239	0.1951	158	0.1592	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2239-5.3208	0.1354	135	0.147	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3208-52.1842	0.2098	147	0.1926	2804	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0595	0.0817	0.0664	0.0813	0.0439	0.0251	0.1179	-0.868	-0.5608	0.839	0.2793	0.1549	0.5083	-0.6848	-0.0008	0.8429	-0.0387	0.0531	0.5759	0.0448	0.5511	-57.1141	11.4894	0.7645
2	0.1776	-0.2065	0.2414	0.6345	0.0929	0.3956	-0.1021	-0.1703	0.0207	0.3563	0.1795	-0.1822	0.5528	0.207	-0	0.612	-0.0088	0.0201	0.476	0.0276	0.4805	-54.6905	16.3795	-1.9051
3	1.1452	-0.6693	-0.6834	1.5664	0.2453	0.9252	-0.0304	0.1337	0.0045	-0.186	-0.1248	0.0057	0.2074	-0.111	0	0.5556	-0.0248	0.0393	0.4099	-0.0174	0.4535	-56.092	12.2831	-29.1198
4	0.1796	-0.2399	-0.1572	1.1234	-0.2577	0.3854	-0.0753	0.0946	0.0558	-0.0649	0.0622	-0.3675	0.3682	0.465	-0	0.5359	0.0594	0.0483	0.5356	-0.0332	0.5465	-47.8849	9.5443	-21.418
5	0.1392	-0.1469	0.1297	0.2998	-0.0489	0.1264	-0.0285	0.0756	-0.1019	-0.5432	-0.1535	0.1921	0.5099	0.0073	-0.0002	0.9418	-0.078	-0.0032	0.6412	-0.1208	0.6751	-56.6812	0.2449	-40.7214
6	0.4671	-0.0068	0.0455	0.76	0.3845	0.4348	-0.3844	0.159	-0.3463	-0.4113	0.092	-0.0437	0.9798	-0.2007	0.0001	1.0878	0.0451	0.1684	0.5659	-0.0612	0.591	-44.8357	-5.9675	-42.8326
7	0.1532	0.1756	-0.073	0.1579	-0.0811	0.037	0.2053	-0.0063	-0.3845	-0.0587	0.187	0.3647	-0.0086	0.0339	0.0003	1.1551	0.159	-0.0431	0.5742	-0.0694	0.8797	-47.0181	-12.7828	-32.7892
8	0.3054	0.207	0.3893	0.3805	0.0874	0.4146	0.1448	-0.3047	-0.1077	0.5964	-0.1828	0.0467	0.4958	0.066	-0.0001	0.7652	0.0052	0.1358	0.4903	0.0212	0.5586	-51.5535	4.1334	-10.2189
9	1.3882	1.7185	1.0188	2.1273	1.3714	1.4916	-0.2019	-0.3911	-0.3337	0.8322	0.0745	-0.4339	1.0299	0.3564	0.0701	0.5245	0.0679	0.0037	0.5871	0.1214	1.2966	-33.6694	26.3305	-12.8892
10	0.1964	0.3031	-0.0032	0.375	0.3965	0.9415	0.016	-0.0055	0.0018	0.0644	-0.1157	-0.0147	0.2852	0.0187	-0	0.4573	0.0228	0.0222	0.4046	0.0597	0.4965	-50.7791	16.952	-14.4379
11	0.2297	-0.2725	0.1123	0.3889	-0.0057	0.1354	-0.119	-0.295	-0.4165	0.4664	-0.0737	0.4605	0.3882	-0.8013	0	0.6604	0.0142	0.0556	0.6085	0.0577	0.5062	-60.4656	27.1871	8.2437
12	0.1424	0.1122	-0.0637	0.055	-0.0125	0.0234	0.0257	0.746	0.1482	-0.3584	-0.3409	-0.7477	0.0288	0.0706	-0.0002	1.5703	-0.0353	-0.0753	1.4276	-0.1512	1.0596	-50.1194	31.8903	38.4943

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 32 through 45 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 46 through 73 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 74 through 176 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 177 through 223 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 224 through 237 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 238 through 277 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 278 through 311 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 502 through 519 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 520 through 529 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 530 through 583 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 584 through 612 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 613 through 632 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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