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- PDB-6f5h: Crystal structure of USP7 in complex with a 4-hydroxypiperidine b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f5h
タイトルCrystal structure of USP7 in complex with a 4-hydroxypiperidine based inhibitor
要素Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7
キーワードHYDROLASE / USP7 / reversible / inhibitor / selective
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of telomere capping / monoubiquitinated protein deubiquitination / regulation of retrograde transport, endosome to Golgi / deubiquitinase activity / DNA alkylation repair / regulation of DNA-binding transcription factor activity / K48-linked deubiquitinase activity / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity ...regulation of telomere capping / monoubiquitinated protein deubiquitination / regulation of retrograde transport, endosome to Golgi / deubiquitinase activity / DNA alkylation repair / regulation of DNA-binding transcription factor activity / K48-linked deubiquitinase activity / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / protein deubiquitination / transcription-coupled nucleotide-excision repair / negative regulation of gluconeogenesis / negative regulation of TORC1 signaling / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Regulation of PTEN localization / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / regulation of signal transduction by p53 class mediator / regulation of circadian rhythm / regulation of protein stability / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / PML body / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / rhythmic process / p53 binding / Regulation of TP53 Degradation / chromosome / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / nuclear body / protein stabilization / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / cysteine-type endopeptidase activity / protein-containing complex / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
ubp-family deubiquitinating enzyme superfamily / ubp-family deubiquitinating enzyme fold / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7, ICP0-binding domain / ICP0-binding domain of Ubiquitin-specific protease 7 / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase, C-terminal / Ubiquitin-specific protease C-terminal / : / MATH domain / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. ...ubp-family deubiquitinating enzyme superfamily / ubp-family deubiquitinating enzyme fold / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7, ICP0-binding domain / ICP0-binding domain of Ubiquitin-specific protease 7 / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase, C-terminal / Ubiquitin-specific protease C-terminal / : / MATH domain / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. / Ubiquitin specific protease, conserved site / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / Single Sheet / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CQ5 / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Harrison, T. / Gavory, G. / O'Dowd, C. / Helm, M. / Flasz, J. / Dossang, A. / Hughes, C. / Cassidy, E. / McClelland, K. / Odrzywol, E. ...Harrison, T. / Gavory, G. / O'Dowd, C. / Helm, M. / Flasz, J. / Dossang, A. / Hughes, C. / Cassidy, E. / McClelland, K. / Odrzywol, E. / Page, N. / Barker, O. / Miel, H. / Feutron-Burton, S. / Rountree, J.S.S.
引用ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2018
タイトル: Identification and Structure-Guided Development of Pyrimidinone Based USP7 Inhibitors.
著者: O'Dowd, C.R. / Helm, M.D. / Rountree, J.S.S. / Flasz, J.T. / Arkoudis, E. / Miel, H. / Hewitt, P.R. / Jordan, L. / Barker, O. / Hughes, C. / Rozycka, E. / Cassidy, E. / McClelland, K. / ...著者: O'Dowd, C.R. / Helm, M.D. / Rountree, J.S.S. / Flasz, J.T. / Arkoudis, E. / Miel, H. / Hewitt, P.R. / Jordan, L. / Barker, O. / Hughes, C. / Rozycka, E. / Cassidy, E. / McClelland, K. / Odrzywol, E. / Page, N. / Feutren-Burton, S. / Dvorkin, S. / Gavory, G. / Harrison, T.
履歴
登録2017年12月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7
B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,3278
ポリマ－83,0122
非ポリマー1,3156
水7,278404
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2150 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area32240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.865, 67.328, 80.686
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.060, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7 / Deubiquitinating enzyme 7 / Herpesvirus-associated ubiquitin-specific protease / Ubiquitin ...Deubiquitinating enzyme 7 / Herpesvirus-associated ubiquitin-specific protease / Ubiquitin thioesterase 7 / Ubiquitin-specific-processing protease 7


分子量: 41505.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: USP7, HAUSP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93009, ubiquitinyl hydrolase 1
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CQ5 / 3-[[4-oxidanyl-1-[(3~{R})-3-phenylbutanoyl]piperidin-4-yl]methyl]-6-(2-pyrrolidin-1-ylethylamino)pyrimidin-4-one


分子量: 467.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H37N5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 404 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 4000, Tris, Li2-Sulfate, pH 7.75

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.965 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.965 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→29.95 Å / Num. obs: 39952 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 2.4 % / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 2.16→2.28 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 5872 / Rrim(I) all: 0.67 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.16→29.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 17.096 / SU ML: 0.221 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.304 / ESU R Free: 0.235
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2624 1958 4.9 %RANDOM
Rwork0.2021 ---
obs0.205 37973 95.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 127.29 Å2 / Biso mean: 55.33 Å2 / Biso min: 32.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.46 Å2-0 Å20.78 Å2
2---2.49 Å2-0 Å2
3----0.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.16→29.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5600 0 89 404 6093
Biso mean--54.46 57.54 -
残基数----687
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0195811
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025278
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.371.9747834
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.961312325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7615683
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.84624.916299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.826151054
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1681529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2829
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026386
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021147
LS精密化 シェル解像度: 2.16→2.216 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 151 -
Rwork0.303 2771 -
all-2922 -
obs--95.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.24670.47680.00621.5462-0.02340.8216-0.00280.0503-0.13020.07150.001-0.1005-0.0301-0.05220.00190.1306-0.00980.09320.32190.00490.086226.613.2851.246
22.29480.43630.38111.8392-0.06461.69760.05920.00820.00010.0514-0.00210.1621-0.0333-0.0675-0.0570.1504-0.01390.10880.3778-0.00630.0898-1.69412.04235.798
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A207 - 555
2X-RAY DIFFRACTION2B208 - 551

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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