PDB-6f5c: Structure of h. salinarum RosR (vng0258) grown from NaCl

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6f5c

タイトル

Structure of h. salinarum RosR (vng0258) grown from NaCl

要素

HALOPHILIC WINGED-HELIX-TURN-HELIX DNA BINDING PROTEIN

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / HALOPHILES / WHTH DNA BINDING PROTEIN / ROSR / HIGH SALT MEDIUM

機能・相同性

Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / metal ion binding / PadR family transcription regulator RosR

機能・相同性情報

生物種

Halobacterium salinarum NRC-1 (好塩性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Shaanan, B. / Kutnowski, N. / Shmuely, H.

資金援助

イスラエル, 1件

引用

ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2018
タイトル: The 3-D structure of VNG0258H/RosR - A haloarchaeal DNA-binding protein in its ionic shell.
著者: Kutnowski, N. / Shmuely, H. / Dahan, I. / Shmulevich, F. / Davidov, G. / Shahar, A. / Eichler, J. / Zarivach, R. / Shaanan, B.

履歴

登録	2017年12月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年8月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年8月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2018年10月10日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.3	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6f5c.cif.gz	175.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6f5c.ent.gz	116.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6f5c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/6f5c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/6f5c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ez1C 6faqC 6fdhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6fdh-d 6faq-d 2132 5hx9-d 6ni1-1 6jw9-2 1y0x-d 3u5p-1 2epf-3 4znl-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HALOPHILIC WINGED-HELIX-TURN-HELIX DNA BINDING PROTEIN

B: HALOPHILIC WINGED-HELIX-TURN-HELIX DNA BINDING PROTEIN

ヘテロ分子

30.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Dimer in solution according to gel filtration and SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.824, 71.350, 41.879
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.749, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	HALOPHILIC WINGED-HELIX-TURN-HELIX DNA BINDING PROTEIN 分子量: 14554.919 Da / 分子数: 2 断片: RESIDUES 1-10 IN BOTH CHAINS ARE PREDICTED TO BE NATIVELY DISORDERED. RESIDUES 70-76 IN BOTH CHAINS BELONG TO THE WING DOMAIN WHICH IS NOTORIOUSLY FLEXIBLE. 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Halobacterium salinarum NRC-1 (好塩性) 遺伝子: VNG_0258H / 発現宿主: Haloferax volcanii (古細菌) / 参照: UniProt: Q9HSF4
#2: 化合物	... ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.06 % / 解説: Monoclinic
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: NaCl, MES, Ammonium sulfate / PH範囲: 6-7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.953 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→39.16 Å / Num. obs: 60536 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 5.8 % / B_iso Wilson estimate: 20.66 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.083 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1023 / CC_1/2: 0.53 / R_pim(I) all: 0.728 / R_rim(I) all: 0.941 / % possible all: 61.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	versio 5.8	精密化
PHENIX	1.13rc1_2958	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: SAD DERIVED MODEL IN NACL

解像度: 1.55→39.16 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 23.63
詳細: RESIDUES 1-10 IN BOTH CHAINS ARE PREDICTED TO BE NATIVELYDISRODERED. RESIDUES 70-76 IN BOTH CHAINS BELONG TO THE WING DOMAIN WHICH IS NOTORIOUSLY FLEXIBLE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.204	3050	5.04 %	random
R_work	0.179	-	-	-
obs	0.18	60536	94.42 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→39.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1764	0	30	197	1991

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	1809
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.679	2452
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	275
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0034	327
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.8005	1102

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.574	0.284	89	0.329	1655	X-RAY DIFFRACTION	61.21
1.574-1.599	0.339	124	0.303	1903	X-RAY DIFFRACTION	70
1.599-1.627	0.348	116	0.294	2095	X-RAY DIFFRACTION	76
1.627-1.657	0.321	108	0.287	2317	X-RAY DIFFRACTION	83.05
1.657-1.689	0.313	123	0.271	2560	X-RAY DIFFRACTION	90.25
1.689-1.723	0.281	132	0.254	2656	X-RAY DIFFRACTION	97.45
1.723-1.761	0.296	154	0.247	2794	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.761-1.802	0.274	152	0.231	2742	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.802-1.847	0.215	147	0.229	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
1.847-1.897	0.253	145	0.222	2797	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.897-1.953	0.243	145	0.206	2752	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.953-2.016	0.197	148	0.189	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
2.016-2.088	0.184	150	0.181	2766	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.088-2.171	0.2	159	0.173	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
2.171-2.27	0.217	133	0.17	2791	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.39	0.2	135	0.162	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.539	0.212	128	0.17	2788	X-RAY DIFFRACTION	100
2.539-2.735	0.18	170	0.167	2771	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.735-3.011	0.178	153	0.171	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
3.011-3.446	0.198	152	0.168	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
3.446-4.341	0.149	165	0.136	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
4.341-39.16	0.231	122	0.169	2774	X-RAY DIFFRACTION	99.04

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.69748992371	1.47641468576	5.8519491325	1.53587673122	1.01235047612	7.98597164532	-0.434460846134	0.724915055056	0.766512819804	-0.260285201389	-0.407916186387	-0.341792144134	-2.87376352771	0.780077816451	0.97036020842	0.465130846587	0.0492790314325	-0.0535607271924	0.318865269125	0.0398627976036	0.253404136352	8.09084897787	28.2984238691	4.94292936701
2	3.42543519274	-0.0303795842976	0.496385030095	7.08041629789	-0.971698263845	5.88789006552	-0.104396790544	-0.0857903050827	0.0514467676034	0.139102048154	-0.011522368056	-0.0352196456564	-0.185501339344	-0.0229740966899	0.115302555133	0.0990520627845	0.00895869904464	-0.0161406062893	0.127698038186	-0.0110188208951	0.106336494577	2.9213367846	25.7500989881	20.3770762574
3	4.02283299579	1.05345294693	-2.37046056083	1.98360851134	0.0607848152328	3.76593774431	0.669880327477	-0.81583900191	0.16961706113	1.22407452043	-0.534378551259	0.424862958534	-1.31347994058	0.00944373486688	-0.0425022754926	0.792465146038	-0.122633660129	0.0231911527248	0.363245846785	-0.0195306967604	0.367188059612	1.17609016643	37.8313889024	23.5372052434
4	1.66664306781	0.435669014826	0.244693231163	3.02729658861	1.9614869933	3.67582549815	-0.0513756427469	-0.0175178549096	-0.0502932063918	0.0354167411935	-0.00572423809718	-0.0418042251046	-0.0816653873083	-0.191488444483	0.0440234036079	0.0917916007607	0.0546190860168	-0.0709770676172	0.156191189901	0.0202593095229	0.170577738223	-6.2572338412	21.0978665075	4.90574574535
5	9.79771120593	6.08024806395	-7.30095764586	5.48668994185	-3.20578038265	6.74671789408	-0.401962609492	-2.24460860265	-1.27584826323	0.512118281031	-0.501883078601	-0.183815152433	0.630968518545	0.741298874453	0.749476594078	0.289572615157	0.0262489112296	0.0603988841041	0.37330498806	0.0947327118465	0.289161178463	7.49446792287	13.0569747708	13.4922063829
6	4.17419766514	1.58999804066	-1.36078457153	7.16515049087	0.305027134999	4.34686140009	-0.0433200304651	0.0918974992093	0.0038274160021	-0.197181055619	0.113296275398	0.143489632379	-0.211909813941	0.0243053766482	-0.0568476709947	0.0600556966069	0.0133767933301	-0.0420350766345	0.14228938753	0.0116580703381	0.113553595353	10.5012053501	17.0725030299	-3.46992552151
7	6.69037553093	7.28524621581	-5.50548392943	8.40039899122	-5.83690417571	8.68842481329	0.100088549191	-0.242199913038	-0.189480016773	0.205831762336	-0.338552659818	-0.27737512387	-0.079607725892	0.878233570017	0.19602942156	0.106042767062	0.013422203985	-0.0367330750023	0.241939585828	0.00423379816989	0.200250170099	18.0583873549	11.2557752816	2.23617676734
8	4.62964590519	-0.0972667113872	-2.5397073788	4.66925878483	1.87148422522	8.86539905269	-0.0490785874835	0.830839179773	-0.634029209322	-0.437806843571	-0.00834018255568	-0.415095285435	1.22148531056	0.057498180496	0.0484776107094	0.305539201289	0.0490055119478	0.0228862037047	0.300636064352	-0.0671696942221	0.325696028796	11.0313802759	1.6831493387	-4.90904645564
9	2.22937432979	-0.808189309768	-1.19530642442	3.08261690467	1.64315598302	4.01696245932	-0.132798078223	-0.0364563283068	0.0905178374736	0.0280958446197	-0.0100057414862	-0.0100319041835	-0.263878979674	-0.322913687763	0.117146157706	0.073649675547	-0.0338468655034	-0.0346434897423	0.159404858849	-0.018224004393	0.192810810695	-7.60164159033	18.0575873087	4.58131844482

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 11 through 16 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 17 through 62 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 63 through 75 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 76 through 120 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 11 through 16 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 17 through 49 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 50 through 62 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 63 through 81 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 82 through 120 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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