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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6f4j | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Drosophila melanogaster SNF/U2A' complex | ||||||
要素 |
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キーワード | SPLICING / SNF / U2A' / RRM / Evolution | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 primary sex determination, soma / snRNA stem-loop binding / pre-mRNA intronic pyrimidine-rich binding / mRNA Splicing - Major Pathway / female germ-line sex determination / small nuclear ribonucleoprotein complex / poly(U) RNA binding / U2 snRNP / U1 snRNP / oogenesis ...primary sex determination, soma / snRNA stem-loop binding / pre-mRNA intronic pyrimidine-rich binding / mRNA Splicing - Major Pathway / female germ-line sex determination / small nuclear ribonucleoprotein complex / poly(U) RNA binding / U2 snRNP / U1 snRNP / oogenesis / precatalytic spliceosome / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / U2 snRNA binding / U1 snRNA binding / catalytic step 2 spliceosome / RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / chromatin organization / mitotic cell cycle / spermatogenesis / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / protein-containing complex / identical protein binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.42 Å | ||||||
データ登録者 | Weber, G. / DeKoster, G. / Holton, N. / Hall, K.B. / Wahl, M.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: Molecular principles underlying dual RNA specificity in the Drosophila SNF protein. 著者: Weber, G. / DeKoster, G.T. / Holton, N. / Hall, K.B. / Wahl, M.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6f4j.cif.gz | 257 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6f4j.ent.gz | 202.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6f4j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6f4j_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6f4j_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6f4j_validation.xml.gz | 30 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6f4j_validation.cif.gz | 44.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/6f4j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/6f4j | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20473.631 Da / 分子数: 2 / 変異: C19V, C68T, C119S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: U2A, CG1406 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9V4Q8 #2: タンパク質 | 分子量: 11082.006 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: snf, D25, fs(1)1621, liz, CG4528 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43332 #3: 化合物 | ChemComp-15P / #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.75 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: batch mode 詳細: 0.2 M Li2SO4, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, 30 % (w/v) PEG 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.42→50 Å / Num. obs: 97210 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 10.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.42→1.5 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.42→19.905 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.18
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.42→19.905 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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