PDB-6f4j: Crystal structure of Drosophila melanogaster SNF/U2A' complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6f4j

タイトル

Crystal structure of Drosophila melanogaster SNF/U2A' complex

要素

Probable U2 small nuclear ribonucleoprotein A'
U1 small nuclear ribonucleoprotein A

キーワード

SPLICING / SNF / U2A' / RRM / Evolution

機能・相同性

機能・相同性情報

primary sex determination, soma / snRNA stem-loop binding / pre-mRNA intronic pyrimidine-rich binding / female germ-line sex determination / mRNA Splicing - Major Pathway / small nuclear ribonucleoprotein complex / U2 snRNP / U1 snRNP / poly(U) RNA binding / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.42 Å

データ登録者

Weber, G. / DeKoster, G. / Holton, N. / Hall, K.B. / Wahl, M.C.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Molecular principles underlying dual RNA specificity in the Drosophila SNF protein.
著者: Weber, G. / DeKoster, G.T. / Holton, N. / Hall, K.B. / Wahl, M.C.

履歴

登録	2017年11月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年6月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6f4j.cif.gz	257 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6f4j.ent.gz	202.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6f4j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/6f4j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/6f4j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6f4gC 6f4hC 6f4iC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4jk8-2 4jk9-2 5ewn-2 5aek-5 3qq8-d 5jsn-1 5lqm-d 3r2d-2 5mu8-17 6ora-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (2) #248 - 2020年8月フィトスルホカイン受容体 (Phytosulfokine Receptor) 類似性 (2) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (2)
#248 - 2020年8月
フィトスルホカイン受容体 (Phytosulfokine Receptor)
類似性 (2)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (2)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Probable U2 small nuclear ribonucleoprotein A'

B: Probable U2 small nuclear ribonucleoprotein A'

C: U1 small nuclear ribonucleoprotein A

D: U1 small nuclear ribonucleoprotein A

ヘテロ分子

69.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Probable U2 small nuclear ribonucleoprotein A'

C: U1 small nuclear ribonucleoprotein A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
33.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Probable U2 small nuclear ribonucleoprotein A'

D: U1 small nuclear ribonucleoprotein A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.978, 53.763, 75.839
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.09, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Probable U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / U2 snRNP A' 分子量: 20473.631 Da / 分子数: 2 / 変異: C19V, C68T, C119S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: U2A, CG1406 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9V4Q8
#2: タンパク質	U1 small nuclear ribonucleoprotein A / U1A / Sex determination protein snf 分子量: 11082.006 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: snf, D25, fs(1)1621, liz, CG4528 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43332
#3: 化合物	ChemComp-15P / POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) / PEG 1500 分子量: 1529.829 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆₉H₁₄₀O₃₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 661 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.75 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: batch mode 詳細: 0.2 M Li2SO4, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, 30 % (w/v) PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.42→50 Å / Num. obs: 97210 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.6 % / R_sym value: 0.07 / Net I/σ(I): 10.3
反射シェル	解像度: 1.42→1.5 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.42→19.905 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.18

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1932	4859	5 %
R_work	0.1458	-	-
obs	0.1482	97179	99.07 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.42→19.905 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4325	0	77	661	5063

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4674
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.183	6317
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.135	1910
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.084	716
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	807

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.418-1.4341	0.3328	138	0.2891	2622	X-RAY DIFFRACTION	85
1.4341-1.451	0.3174	158	0.2637	2991	X-RAY DIFFRACTION	97
1.451-1.4687	0.2918	162	0.2267	3087	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4687-1.4872	0.2611	160	0.2082	3043	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4872-1.5068	0.2375	161	0.1947	3060	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5068-1.5274	0.2543	165	0.1864	3130	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5274-1.5492	0.2378	164	0.1832	3105	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5492-1.5724	0.2205	161	0.1685	3089	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5724-1.5969	0.2297	161	0.1656	3053	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5969-1.6231	0.2129	165	0.1542	3125	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6231-1.6511	0.2349	161	0.1465	3061	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6511-1.6811	0.2127	163	0.1412	3103	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6811-1.7134	0.2095	161	0.1449	3064	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7134-1.7483	0.1993	164	0.1352	3103	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7483-1.7863	0.2119	164	0.1344	3123	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7863-1.8279	0.1791	162	0.1339	3076	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8279-1.8735	0.185	162	0.1289	3088	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8735-1.9242	0.184	164	0.1256	3113	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9242-1.9807	0.1774	165	0.1265	3121	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9807-2.0446	0.1835	160	0.124	3057	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0446-2.1176	0.1799	164	0.1318	3108	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1176-2.2023	0.1892	164	0.1283	3121	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2023-2.3024	0.1757	163	0.1331	3100	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3024-2.4236	0.1905	163	0.1395	3081	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4236-2.5751	0.2047	165	0.1425	3140	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5751-2.7734	0.1831	162	0.1522	3075	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7734-3.0517	0.1677	164	0.1498	3129	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0517-3.4912	0.1971	165	0.1502	3134	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4912-4.3907	0.1639	165	0.1285	3132	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3907-19.9069	0.1858	163	0.152	3086	X-RAY DIFFRACTION	96

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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