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- PDB-6f3z: Complex of E. coli LolA and periplasmic domain of LolC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f3z
タイトルComplex of E. coli LolA and periplasmic domain of LolC
要素
  • Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolC
  • Outer-membrane lipoprotein carrier protein
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Lipoprotein trafficking
機能・相同性
機能・相同性情報


lipoprotein releasing activity / protein localization to outer membrane / lipoprotein localization to outer membrane / plasma membrane protein complex / lipoprotein transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / outer membrane-bounded periplasmic space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA, Proteobacteria / Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA / Lipoprotein localisation LolA/LolB/LppX / Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA-like / Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolC/E / : / outer membrane lipoprotein receptor (LolB), chain A / Lipoprotein localisation LolA/LolB/LppX / Clam / MacB-like periplasmic core domain ...Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA, Proteobacteria / Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA / Lipoprotein localisation LolA/LolB/LppX / Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA-like / Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolC/E / : / outer membrane lipoprotein receptor (LolB), chain A / Lipoprotein localisation LolA/LolB/LppX / Clam / MacB-like periplasmic core domain / MacB-like periplasmic core domain / ABC3 transporter permease protein domain / FtsX-like permease C-terminal / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolC / Outer-membrane lipoprotein carrier protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kaplan, E.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/N000994/1 英国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Insights into bacterial lipoprotein trafficking from a structure of LolA bound to the LolC periplasmic domain.
著者: Kaplan, E. / Greene, N.P. / Crow, A. / Koronakis, V.
履歴
登録2017年11月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolC
B: Outer-membrane lipoprotein carrier protein
C: Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolC
D: Outer-membrane lipoprotein carrier protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,1174
ポリマ－97,1174
非ポリマー00
水2,738152
1
A: Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolC
B: Outer-membrane lipoprotein carrier protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5582
ポリマ－48,5582
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1950 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area20520 Å2
手法PISA
2
C: Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolC
D: Outer-membrane lipoprotein carrier protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5582
ポリマ－48,5582
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2030 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area20670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.010, 68.230, 94.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETGLUGLUAA48 - 2711 - 224
21METMETGLUGLUCC48 - 2711 - 224
12SERSERLYSLYSBB-5 - 18219 - 206
22SERSERLYSLYSDD-5 - 18219 - 206

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolC


分子量: 25623.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: lolC, ycfU, b1116, JW5161 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADC3
#2: タンパク質 Outer-membrane lipoprotein carrier protein / P20


分子量: 22935.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: lolA, lplA, yzzV, b0891, JW0874 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61316
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.6 %
結晶化温度: 288.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 45% w/v Poly(acrylic acid sodium salt) 2100, 100 mM HEPES pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→73.01 Å / Num. obs: 61745 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 9.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 4379 / CC1/2: 0.883 / Rsym value: 0.844 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NAA, 1IWL

5naa

1iwl


解像度: 2→73.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 4.715 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.174 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2492 3123 5.1 %RANDOM
Rwork0.20222 ---
obs0.2046 58544 95.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 45.619 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.21 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.07 Å2-0 Å2
3---3.14 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→73.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6506 0 0 152 6658
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0196677
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026004
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8541.9389058
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.061314002
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2165835
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.06325.271332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.245151131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4771538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.2983
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0217539
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021303
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.3374.4053340
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.3364.4053339
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.1916.5774175
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.1916.5774176
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.3194.8893336
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.3164.893336
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.9377.084883
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.94751.2357147
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.95351.227132
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11A13848
12C13848
21B12088
22D12088
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 243 -
Rwork0.299 4328 -
obs--96.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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