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- PDB-6f2f: Crystal structure of Protease 1 from Pyrococcus Horikoshii co-cys... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f2f
タイトルCrystal structure of Protease 1 from Pyrococcus Horikoshii co-cystallized in presence of 10 mM Tb-Xo4 and ammonium sulfate.
要素Deglycase PH1704
キーワードCELL CYCLE / Lanthanide complexes / Tb-Xo4 / Crystallophore / Phasing / nucleation
機能・相同性
機能・相同性情報


protein deglycase / protein deglycase activity / peptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / proteolysis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Deglycase PfpI / PfpI endopeptidase domain profile. / DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dihydroxyacetone / Tb-Xo4 / TERBIUM(III) ION / Deglycase PH1704
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Engilberge, S. / Riobe, F. / Di Pietro, S. / Franzetti, B. / Girard, E. / Dumont, E. / Maury, O.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-13-BS07-0007-01 フランス
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2018
タイトル: Unveiling the Binding Modes of the Crystallophore, a Terbium-based Nucleating and Phasing Molecular Agent for Protein Crystallography.
著者: Engilberge, S. / Riobe, F. / Wagner, T. / Di Pietro, S. / Breyton, C. / Franzetti, B. / Shima, S. / Girard, E. / Dumont, E. / Maury, O.
履歴
登録2017年11月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.32020年7月8日Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deglycase PH1704
B: Deglycase PH1704
C: Deglycase PH1704
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,63816
ポリマ－55,9513
非ポリマー2,68713
水11,061614
1
A: Deglycase PH1704
B: Deglycase PH1704
C: Deglycase PH1704
ヘテロ分子

A: Deglycase PH1704
B: Deglycase PH1704
C: Deglycase PH1704
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,27632
ポリマ－111,9036
非ポリマー5,37326
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)124.588, 124.588, 128.866
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 ABC

#1: タンパク質 Deglycase PH1704 / Intracellular protease PH1704 / Protease 1


分子量: 18650.418 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 遺伝子: PH1704 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: O59413, protein deglycase, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#5: 糖 ChemComp-2HA / Dihydroxyacetone / ジヒドロキシアセトン


タイプ: saccharide / 分子量: 90.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C3H6O3

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非ポリマー , 4種, 626分子

#2: 化合物 ChemComp-7MT / Tb-Xo4


分子量: 556.353 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H23N5O4Tb
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-TB / TERBIUM(III) ION


分子量: 158.925 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Tb
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 614 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.9 to 2.4 ammonium sulfate, 0.2 M sodium potassium tartrate, 100 mM trisodium citrate dehydrate pH 5.6. 10 mM Tb-Xo4 were solubilized with the protein solution prior to perform crystallization drops.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.97974 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97974 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→44.77 Å / Num. obs: 121190 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.5 % / Biso Wilson estimate: 25.59 Å2 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 14.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1G2I

1g2i


解像度: 1.65→44.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU R Cruickshank DPI: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.061 / SU Rfree Blow DPI: 0.058 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.055
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17 6066 5.01 %RANDOM
Rwork0.161 ---
obs0.161 121190 99.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.2668 Å20 Å20 Å2
2--2.2668 Å20 Å2
3----4.5335 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.19 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.65→44.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3942 0 137 623 4702
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018261HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0514969HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1800SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes97HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1173HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8261HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.57
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion12.51
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion505SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9694SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2293 432 5.05 %
Rwork0.2233 8116 -
all0.2236 8548 -
obs--96.23 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.39060.1752-0.36950.64780.12740.8081-0.03750.2478-0.0321-0.05790.0334-0.0290.0276-0.0130.004-0.087-0.0214-0.00160.0031-0.0206-0.075633.866226.6453-14.5275
21.7920.5855-0.25350.77910.04380.3718-0.05670.0839-0.2702-0.00240.013-0.10820.0635-0.02280.0437-0.11750.0060.02670.0075-0.028-0.064263.371429.8469-14.9588
30.9164-0.1233-0.42041.26860.6741.12710.07520.07830.1672-0.13570.0128-0.0513-0.2334-0.0444-0.088-0.06150.03470.0399-0.02930.005-0.089667.853960.5357-13.8118
41.1157-0.59930.01650.4496-0.59940-0.00560.01410.04660.20480.02070.2318-0.08570.1819-0.0151-0.07780.0061-0.07030.0969-0.0796-0.04848.825145.1621-9.7708
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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