PDB-6f2c: Methylglyoxal synthase MgsA from Bacillus subtilis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6f2c

タイトル

Methylglyoxal synthase MgsA from Bacillus subtilis

要素

Methylglyoxal synthase

キーワード

LYASE / Methylglyoxal Synthase / PROTEIN BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

methylglyoxal biosynthetic process / methylglyoxal synthase / methylglyoxal synthase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.34 Å

データ登録者

Dickmanns, A. / Neumann, P. / Ficner, R.

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for the regulatory interaction of the methylglyoxal synthase MgsA with the carbon flux regulator Crh inBacillus subtilis.
著者: Dickmanns, A. / Zschiedrich, C.P. / Arens, J. / Parfentev, I. / Gundlach, J. / Hofele, R. / Neumann, P. / Urlaub, H. / Gorke, B. / Ficner, R. / Stulke, J.

履歴

登録	2017年11月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年3月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年3月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.3	2018年5月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.4	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

関連構造データ	2xw6S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1wo8-d 5yoq-2 1e78-1 3vic-2 4njp-3 4g03-1 6lpi-4 2ie2-1 3lu7-2 5ujb-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Methylglyoxal synthase

D: Methylglyoxal synthase

B: Methylglyoxal synthase

F: Methylglyoxal synthase

C: Methylglyoxal synthase

E: Methylglyoxal synthase

H: Methylglyoxal synthase

K: Methylglyoxal synthase

G: Methylglyoxal synthase

I: Methylglyoxal synthase

L: Methylglyoxal synthase

J: Methylglyoxal synthase

ヘテロ分子

212 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Methylglyoxal synthase

D: Methylglyoxal synthase

B: Methylglyoxal synthase

F: Methylglyoxal synthase

C: Methylglyoxal synthase

E: Methylglyoxal synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
106 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

H: Methylglyoxal synthase

K: Methylglyoxal synthase

G: Methylglyoxal synthase

I: Methylglyoxal synthase

L: Methylglyoxal synthase

J: Methylglyoxal synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
106 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.930, 109.710, 199.950
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Methylglyoxal synthase / MGS 分子量: 17576.963 Da / 分子数: 12 / 断片: residues 3- 610 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) 遺伝子: mgsA, ypjF, BSU22480 / プラスミド: pGP1301 / 詳細 (発現宿主): Strep-Tag / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P42980, methylglyoxal synthase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 520 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5, 10% w/v PEG 4000, 20% w/v glycerol 30 mM of (0.3 M magnesium chloride, 0.3 M calcium chloride)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.77318 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月6日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: GRAPHITE, / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.77318 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.339→48.993 Å / Num. obs: 101094 / % possible obs: 99.41 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.728 % / B_iso Wilson estimate: 46.98 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.054 / R_rim(I) all: 0.061 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I): 18.23

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	% possible all	R_rim(I) all
2.339-2.423	4.788	0.6581	2.41	10027	0.739	99.72
2.44-2.54	4.496	0.436	3.72	10027	0.864	99.5	0.494
2.54-2.74	4.977	0.288	5.83	15962	0.946	99.7	0.323
2.74-3.48	4.77	0.099	13.79	32132	0.994	99.6	0.111
3.48-3.85	4.801	0.044	29.14	8073	0.998	99.5	0.049
3.85-4.22	4.435	0.031	37.16	5472	0.999	98.6	0.035
4.22-4.59	4.879	0.028	44.71	3882	0.999	99.7	0.031
4.59-14	4.534	0.025	45.21	13246	0.999	98.7	0.028
14-17	4.254	0.019	58.15	232	0.999	99.6	0.021
17-50	2.675	0.021	42.64	305	0.999	94.7	0.026
48.993-50

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2XW6

2xw6

解像度: 2.34→48.993 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.62

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2068	5056	5 %	thin shells
R_work	0.1707	-	-	-
obs	0.1725	101068	99.38 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 139.1 Å² / B_iso mean: 54.6237 Å² / B_iso min: 15.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.34→48.993 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11250	0	77	529	11856
B_iso mean	-	-	72.98	53.58	-
残基数	-	-	-	-	1468

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3391-2.3657	0.293	167	0.2556	3154	3321	100
2.3657-2.3935	0.3003	167	0.2512	3177	3344	100
2.3935-2.4227	0.2951	168	0.2565	3192	3360	100
2.4227-2.4534	0.3461	168	0.2502	3186	3354	100
2.4534-2.4856	0.2709	166	0.228	3142	3308	100
2.4856-2.5197	0.2258	166	0.2145	3151	3317	99
2.5197-2.5557	0.2515	168	0.2086	3197	3365	100
2.5557-2.5938	0.2618	167	0.2094	3181	3348	99
2.5938-2.6344	0.2632	166	0.2023	3146	3312	99
2.6344-2.6776	0.2468	167	0.1989	3190	3357	100
2.6776-2.7237	0.2092	168	0.198	3196	3364	100
2.7237-2.7732	0.2612	168	0.1874	3194	3362	100
2.7732-2.8266	0.2476	167	0.1921	3162	3329	100
2.8266-2.8843	0.2371	169	0.1982	3213	3382	100
2.8843-2.947	0.2517	167	0.1944	3175	3342	99
2.947-3.0155	0.2663	168	0.1967	3185	3353	100
3.0155-3.0909	0.237	165	0.2047	3160	3325	99
3.0909-3.1745	0.22	169	0.1853	3207	3376	100
3.1745-3.2679	0.2487	169	0.1893	3195	3364	100
3.2679-3.3733	0.1936	170	0.1803	3234	3404	100
3.3733-3.4939	0.2221	166	0.1747	3165	3331	99
3.4939-3.6337	0.2112	171	0.169	3229	3400	100
3.6337-3.799	0.2	169	0.1606	3213	3382	99
3.799-3.9992	0.1779	167	0.1471	3173	3340	98
3.9992-4.2497	0.1831	169	0.1259	3206	3375	99
4.2497-4.5776	0.1481	171	0.1227	3253	3424	100
4.5776-5.0378	0.149	171	0.1337	3242	3413	100
5.0378-5.7658	0.15	169	0.1422	3236	3405	98
5.7658-7.2605	0.2215	173	0.1779	3282	3455	99
7.2605-49.0042	0.2062	180	0.1775	3376	3556	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5526	0.6068	-0.076	2.5626	0.1779	2.9451	0.1237	0.2901	0.0823	-0.1372	-0.1196	0.326	-0.1583	-0.3581	0.0001	0.4295	0.087	0.0606	0.3831	-0.0654	0.4283	-12.9395	-1.2532	-71.4953
2	2.3497	-1.0948	0.235	3.2986	0.1216	2.796	0.0772	-0.2509	0.0493	0.452	-0.1036	0.5576	-0.2988	-0.4593	0.025	0.4994	-0.0071	0.1778	0.3653	-0.0468	0.4255	-13.7477	-0.2513	-47.9555
3	1.7895	0.3788	-0.5186	3.5356	-0.6248	1.7191	-0.0095	-0.1882	-0.1982	0.3554	-0.0513	0.0297	0.0224	-0.0687	0.0604	0.4972	-0.05	0.0868	0.3379	-0.0014	0.4178	5.3886	-21.9243	-45.2948
4	2.9476	0.7396	0.3371	2.2096	0.6789	3.7997	0.1296	-0.3759	0.0922	0.474	-0.1033	-0.3085	-0.1183	0.3542	-0.0088	0.5315	-0.0904	0.0116	0.4077	-0.0048	0.421	23.0464	-6.3669	-42.8648
5	2.7547	-1.097	-1.4845	1.3898	0.4559	3.0434	0.2032	0.139	0.0072	-0.1144	-0.0932	-0.1331	-0.142	0.1796	-0.1251	0.4104	-0.039	0.0779	0.3261	-0.0326	0.3874	25.5709	-3.6637	-71.5904
6	2.1954	-0.2098	0.112	3.6273	-0.013	1.8384	0.1945	0.1551	0.4101	-0.2467	-0.0772	-0.1417	-0.576	0.1253	-0.1274	0.5957	0.0021	0.17	0.327	-0.0052	0.4197	11.3556	15.2388	-71.6234
7	1.7776	1.1502	0.1689	1.397	0.5111	3.2222	0.018	-0.0893	0.1064	0.0002	0.0149	0.063	-0.264	-0.0384	-0.0621	0.3032	0.078	0.0189	0.3749	-0.0224	0.3728	0.2111	-13.9491	-94.7389
8	3.2945	-0.691	0.2476	2.7284	0.2031	3.4372	0.0794	0.4293	0.3923	-0.3711	-0.0286	0.0643	-0.6786	-0.1144	-0.0653	0.4912	0.0975	0.0227	0.4781	0.0675	0.3741	0.0841	-9.6387	-117.9651
9	2.9681	-0.0735	-0.0809	2.5041	0.1677	1.5634	0.0063	0.4343	-0.1904	-0.4263	-0.0269	-0.375	0.0329	0.3226	0.022	0.4357	0.0919	0.0736	0.612	-0.0564	0.3949	18.3998	-31.5958	-123.4358
10	2.5371	0.8396	0.3592	1.2737	-0.3736	3.678	0.0989	0.5629	-0.447	-0.4105	0.0119	-0.0613	0.3345	-0.0325	-0.1106	0.4468	0.1185	-0.0404	0.5453	-0.1617	0.4537	0.3737	-46.3447	-127.7939
11	2.6397	-0.707	0.2281	2.9906	-0.1294	3.4785	0.104	-0.185	-0.5475	0.0969	0.0158	-0.1478	0.5794	0.0804	-0.1075	0.4061	0.0476	-0.0895	0.4102	0.0188	0.5218	-3.1871	-51.5256	-99.5841
12	2.9064	0.151	-0.6051	1.7097	0.6589	1.6485	0.0712	-0.0393	-0.1151	0.0138	-0.0932	0.1967	0.0784	-0.4278	0.0042	0.2708	0.0112	-0.0456	0.4938	-0.0056	0.3565	-19.7416	-34.7645	-97.6762

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A'	A	-2 - 121
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B'	B	-1 - 120
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C'	C	-1 - 120
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D'	D	-1 - 120
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E'	E	-1 - 120
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'F'	F	-1 - 120
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'G'	G	-1 - 121
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'H'	H	-1 - 120
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'I'	I	-2 - 120
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'J'	J	-1 - 120
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'K'	K	-1 - 120
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'L'	L	-1 - 120

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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+
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+
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