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- PDB-6f27: NMR solution structure of non-bound [des-Arg10]-kallidin (DAKD) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f27
タイトルNMR solution structure of non-bound [des-Arg10]-kallidin (DAKD)
要素DAKD
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR G-protein-coupled receptor peptide bradykinin kallidin human kinin
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cell adhesion / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / negative regulation of blood coagulation / negative regulation of proteolysis / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Peptide ligand-binding receptors / platelet alpha granule lumen / Post-translational protein phosphorylation / hormone activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) ...negative regulation of cell adhesion / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / negative regulation of blood coagulation / negative regulation of proteolysis / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Peptide ligand-binding receptors / platelet alpha granule lumen / Post-translational protein phosphorylation / hormone activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood coagulation / vasodilation / Platelet degranulation / heparin binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / : / G alpha (i) signalling events / G alpha (q) signalling events / blood microparticle / positive regulation of apoptotic process / inflammatory response / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
HMW kininogen / Kininogen-type cystatin domain / Kininogen-type cystatin domain profile. / : / Proteinase inhibitor I25, cystatin, conserved site / Cysteine proteases inhibitors signature. / Cystatin domain / Cystatin-like domain / Cystatin domain / Cystatin superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics / simulated annealing
データ登録者Richter, C. / Jonker, H.R.A. / Schwalbe, H. / Joedicke, L. / Mao, J. / Kuenze, G. / Reinhart, C. / Kalavacherla, T. / Meiler, J. / Preu, J. ...Richter, C. / Jonker, H.R.A. / Schwalbe, H. / Joedicke, L. / Mao, J. / Kuenze, G. / Reinhart, C. / Kalavacherla, T. / Meiler, J. / Preu, J. / Michel, H. / Glaubitz, C.
資金援助 ドイツ, 米国, 3件
組織認可番号国
German Research FoundationG-NMR, SFB 807, GL 307/8-1, Macromolecular Complexes ドイツ
State of HesseBMRZ ドイツ
NIH and NSFR01 GM080403, R01 GM099842, R01 GM073151, CHE 1305874 米国
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: The molecular basis of subtype selectivity of human kinin G-protein-coupled receptors.
著者: Joedicke, L. / Mao, J. / Kuenze, G. / Reinhart, C. / Kalavacherla, T. / Jonker, H.R.A. / Richter, C. / Schwalbe, H. / Meiler, J. / Preu, J. / Michel, H. / Glaubitz, C.
履歴
登録2017年11月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32018年1月31日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.52019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.62023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.72024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DAKD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,0341
ポリマ－1,0341
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area1210 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド DAKD / Alpha-2-thiol proteinase inhibitor / Fitzgerald factor / High molecular weight kininogen / HMWK / ...Alpha-2-thiol proteinase inhibitor / Fitzgerald factor / High molecular weight kininogen / HMWK / Williams-Fitzgerald-Flaujeac factor / [des-Arg10]-kallidin [Lys-des-Arg9]-Bradykinin


分子量: 1034.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01042

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H ROESY
121isotropic12D 1H-1H TOCSY
131isotropic12D 1H-13C HSQC (edited)
141isotropic12D 1H-13C HMBC
151isotropic12D 1H-15N HMQC (SOFAST)

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 3 mM DAKD, 50 mM MES, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O
Label: sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
3 mMDAKDnatural abundance1
50 mMMESnatural abundance1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
試料状態イオン強度: 111 mM / Label: normal / pH: 5.6 / 圧: ambient mbar / 温度: 295 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III HD / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III HD / 磁場強度: 600 MHz / 詳細: prodigy cryogenic triple-resonance probe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.5Bruker Biospincollection
TopSpin3.5Bruker Biospin解析
Sparky3.114Goddard and Knellerchemical shift assignment
Sparky3.114Goddard and Knellerpeak picking
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
ARIA1.2 HJ webportal versionLinge, O'Donoghue and Nilges精密化
TALOSNShen and Baxデータ解析
精密化
手法ソフトェア番号詳細
torsion angle dynamics5structure determination
simulated annealing6refinement in water
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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