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万見
- PDB-6f3w: Backbone structure of free bradykinin (BK) in DDM/CHS detergent m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f3w
タイトルBackbone structure of free bradykinin (BK) in DDM/CHS detergent micelle determined by MAS SSNMR
要素Kininogen-1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / DNP
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cell adhesion / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / negative regulation of blood coagulation / negative regulation of proteolysis / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Peptide ligand-binding receptors / platelet alpha granule lumen / Post-translational protein phosphorylation / hormone activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) ...negative regulation of cell adhesion / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / negative regulation of blood coagulation / negative regulation of proteolysis / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Peptide ligand-binding receptors / platelet alpha granule lumen / Post-translational protein phosphorylation / hormone activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood coagulation / vasodilation / Platelet degranulation / heparin binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / : / G alpha (i) signalling events / G alpha (q) signalling events / blood microparticle / positive regulation of apoptotic process / inflammatory response / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
HMW kininogen / Kininogen-type cystatin domain / Kininogen-type cystatin domain profile. / : / Proteinase inhibitor I25, cystatin, conserved site / Cysteine proteases inhibitors signature. / Cystatin domain / Cystatin-like domain / Cystatin domain / Cystatin superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法個体NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Mao, J. / Lopez, J.J. / Shukla, A.K. / Kuenze, G. / Meiler, J. / Schwalbe, H. / Michel, H. / Glaubitz, C.
資金援助 ドイツ, 米国, 4件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB 807 ドイツ
German Research FoundationCluster of Excellence Frankfurt Macromolecular Complexes ドイツ
German Research FoundationGL 307/8-1 ドイツ
National Institutes of HealthR01 GM080403, R01 GM099842, R01 GM073151 米国
引用
ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: The molecular basis of subtype selectivity of human kinin G-protein-coupled receptors.
著者: Joedicke, L. / Mao, J. / Kuenze, G. / Reinhart, C. / Kalavacherla, T. / Jonker, H.R.A. / Richter, C. / Schwalbe, H. / Meiler, J. / Preu, J. / Michel, H. / Glaubitz, C.
#1: ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2008
タイトル: The structure of the neuropeptide bradykinin bound to the human G-protein coupled receptor bradykinin B2 as determined by solid-state NMR spectroscopy.
著者: Lopez, J.J. / Shukla, A.K. / Reinhart, C. / Schwalbe, H. / Michel, H. / Glaubitz, C.
履歴
登録2017年11月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32018年1月31日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.52019年8月21日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.62023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.72024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kininogen-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,0621
ポリマ－1,0621
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area1380 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 500structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #5closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Kininogen-1 / Alpha-2-thiol proteinase inhibitor / Fitzgerald factor / High molecular weight kininogen / HMWK / ...Alpha-2-thiol proteinase inhibitor / Fitzgerald factor / High molecular weight kininogen / HMWK / Williams-Fitzgerald-Flaujeac factor


分子量: 1062.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01042

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 13C-13C DQ-SQ
122isotropic12D 13C-13C DQ-SQ

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solid10.36 ug/uL [U-13C, 15N]-F8R9 Bradykinin (BK), 50 mM not labeled HEPES, 100 mM not labeled NaCl, 2 mM not labeled EDTA, 4 % w/v not labeled DDM, 100% H2OFrozen solution of BK with DDM detergentBK2100% H2O
solid20.36 ug/uL [U-13C, 15N]-P2P3G4F5S6P7F8 Bradykinin (BK), 50 mM not labeled HEPES, 100 mM not labeled NaCl, 2 mM not labeled EDTA, 4 % w/v not labeled DDM, 100% H2OBK2100% H2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.36 ug/uLBradykinin (BK)[U-13C, 15N]-F8R91
50 mMHEPESnot labeled1
100 mMNaClnot labeled1
2 mMEDTAnot labeled1
4 % w/vDDMnot labeled1
0.36 ug/uLBradykinin (BK)[U-13C, 15N]-P2P3G4F5S6P7F82
50 mMHEPESnot labeled2
100 mMNaClnot labeled2
2 mMEDTAnot labeled2
4 % w/vDDMnot labeled2
試料状態イオン強度: 125 mM / Label: LT / pH: 7.4 / 圧: 1 atm / 温度: 200 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
TopSpinBruker Biospinchemical shift assignment
TALOS+Shen, Delaglio, Cornilescu, Baxデータ解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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