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- PDB-6f1s: C-terminal domain of CglI restriction endonuclease H subunit -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f1s
タイトルC-terminal domain of CglI restriction endonuclease H subunit
要素CglIIR protein
キーワードHYDROLASE / restriction endonuclease / NTPase
機能・相同性Putative endonuclease, Z1 domain / Z1 domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / FORMIC ACID / CglIIR protein
機能・相同性情報
生物種Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Tamulaitiene, G. / Grigaitis, R. / Zaremba, M. / Silanskas, A.
資金援助リトアニア, 1件
組織認可番号国
Research Council of LithuaniaMIP-56/2015リトアニア
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: The H-subunit of the restriction endonuclease CglI contains a prototype DEAD-Z1 helicase-like motor.
著者: Toliusis, P. / Tamulaitiene, G. / Grigaitis, R. / Tuminauskaite, D. / Silanskas, A. / Manakova, E. / Venclovas, C. / Szczelkun, M.D. / Siksnys, V. / Zaremba, M.
履歴
登録2017年11月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_DOI
改定 1.22018年3月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / software
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _software.name
改定 1.42019年1月16日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_wavelength_list

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CglIIR protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0323
ポリマ－19,9241
非ポリマー1082
水1,22568
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, monomer (Zaremba et al., Nucleic Acids Res, 2014)
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area310 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area7540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.704, 75.704, 95.044
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 CglIIR protein


分子量: 19924.193 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal His-tag
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
遺伝子: cglIIR / プラスミド: pLATE31 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: H7C664
#2: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.81 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Crystallization buffer was 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 27% PEG3350, 7% Tacsimate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9802, 0.9803, 0.9779
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月9日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.98021
20.98031
30.97791
反射解像度: 2.4→53.967 Å / Num. all: 6654 / Num. obs: 6654 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 36.9 % / Rpim(I) all: 0.013 / Rrim(I) all: 0.082 / Rsym value: 0.066 / Net I/av σ(I): 9.2 / Net I/σ(I): 51.3 / Num. measured all: 245242
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
2.4-2.5335.10.2582.68740.0450.270.25891.5
2.53-2.6838.70.1843.88930.0310.1980.18499.8
2.68-2.8738.50.1285.38430.0230.1430.12899.8
2.87-3.138.80.0917.47950.0170.1070.09199.8
3.1-3.3937.60.065107440.0130.0790.065100
3.39-3.7936.90.05312.16840.0110.0660.05399.9
3.79-4.3836.30.04413.76000.0090.0570.044100
4.38-5.3736.60.0414.55270.0090.0560.04100
5.37-7.5934.40.04114.44250.0110.070.04199.8
7.59-53.96728.90.03813.72690.0090.0530.03899.5

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
SCALA3.3.20データスケーリング
SHELXDE位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→38.477 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.63 / 位相誤差: 20.17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2147 1105 9.38 %
Rwork0.1719 --
obs0.1759 6635 98.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 75.16 Å2 / Biso mean: 29.2845 Å2 / Biso min: 8.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→38.477 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1108 0 7 68 1183
Biso mean--36.16 31.04 -
残基数----146
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041135
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7941544
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032182
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003200
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.801412
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4001-2.50930.28971420.21991223136590
2.5093-2.64160.22791420.20413411483100
2.6416-2.8070.22911500.186913421492100
2.807-3.02370.2461260.188313541480100
3.0237-3.32780.27611250.184113651490100
3.3278-3.8090.20521420.165513501492100
3.809-4.79750.1611260.142113521478100
4.7975-38.48210.18681520.158713511503100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.64810.30030.01380.31650.05010.2971-0.22450.3918-0.1091-0.2782-0.0157-0.38930.03180.117-0.14490.22820.06740.00130.2442-0.08260.2706-18.902344.938513.2593
20.41740.4517-0.5430.59470.31961.7544-0.03040.0546-0.0542-0.0876-0.0143-0.01640.00520.1014-0.14480.1061-0.00670.03820.0963-0.04560.1219-20.470648.823618.0101
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 478:496)A478 - 496
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 497:623)A497 - 623

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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