+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2qd0 | ||||||
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Title | Crystal structure of mitoNEET | ||||||
Components | Zinc finger CDGSH domain-containing protein 1 | ||||||
Keywords | METAL BINDING PROTEIN / iron-sulfur cluster / [2FE-2S] / HISTIDINE LIGATION | ||||||
Function / homology | Function and homology information protein maturation by [2Fe-2S] cluster transfer / cysteine transaminase / L-cysteine transaminase activity / regulation of cellular respiration / regulation of autophagy / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial outer membrane / protein homodimerization activity / mitochondrion ...protein maturation by [2Fe-2S] cluster transfer / cysteine transaminase / L-cysteine transaminase activity / regulation of cellular respiration / regulation of autophagy / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial outer membrane / protein homodimerization activity / mitochondrion / identical protein binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.81 Å | ||||||
Authors | Lin, J. / Zhou, T. / Ye, K. / Wang, J. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / Year: 2007 Title: Crystal structure of human mitoNEET reveals distinct groups of iron sulfur proteins. Authors: Lin, J. / Zhou, T. / Ye, K. / Wang, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2qd0.cif.gz | 48.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2qd0.ent.gz | 33.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2qd0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2qd0_validation.pdf.gz | 418.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 2qd0_full_validation.pdf.gz | 417.9 KB | Display | |
Data in XML | 2qd0_validation.xml.gz | 4.6 KB | Display | |
Data in CIF | 2qd0_validation.cif.gz | 6.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/2qd0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/2qd0 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | The asymmetric unit contains an intertwined homodimer which represents the biological assembly. |
-Components
#1: Protein | Mass: 9379.791 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: residues 32-108, soluble domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ZCD1, C10orf70 / Plasmid: PET28b / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q9NZ45 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal |
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Crystal grow |
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-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Redundancy: 9.6 % / Av σ(I) over netI: 17.3 / Number: 102047 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Χ2: 1.3 / D res high: 2 Å / D res low: 20 Å / Num. obs: 10656 / % possible obs: 88.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.8→50 Å / Num. obs: 15523 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Χ2: 0.882 / Net I/σ(I): 15.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: SAD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 2.29 Å / D res low: 19.65 Å / FOM : 0.311 / FOM acentric: 0.341 / FOM centric: 0 / Reflection: 13978 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set | R cullis: 0.628 / R cullis acentric: 0.599 / R cullis centric: 10 / R kraut: 0.033 / R kraut acentric: 0.033 / R kraut centric: 0.03 / Highest resolution: 2.29 Å / Lowest resolution: 19.65 Å / FOM : 0.318 / FOM acentric: 0.351 / FOM centric: 0 / Loc: 6.118 / Loc acentric: 6.131 / Loc centric: 6.071 / Power: 1.763 kW / Power acentric: 1.711 / Power centric: 2.222 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set | Wavelength: 1.5418 Å / Atom type: FE / F double prime refined: 3.44 / F prime refined: -1.18 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set shell | R cullis centric: 10 / FOM centric: 0
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Phasing MAD shell |
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Phasing dm | Delta phi final: 9.34 / Delta phi initial: 64.82 / FOM : 0.919 / Mask type: RMS / Method: FLIP / Reflection: 14612 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.81→21.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 5.695 / SU ML: 0.098 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.107 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 49.944 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.81→21.92 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.807→1.854 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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