PDB-6f13: GLIC mutant E75A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6f13

タイトル

GLIC mutant E75A

要素

Proton-gated ion channel

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

sodium channel activity / potassium channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Gloeobacter violaceus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Hu, H.D. / Delarue, M.

引用

ジャーナル: PLoS Biol. / 年: 2017
タイトル: Full mutational mapping of titratable residues helps to identify proton-sensors involved in the control of channel gating in the Gloeobacter violaceus pentameric ligand-gated ion channel.
著者: Nemecz, A. / Hu, H. / Fourati, Z. / Van Renterghem, C. / Delarue, M. / Corringer, P.J.

履歴

登録	2017年11月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6f13.cif.gz	673.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6f13.ent.gz	562.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6f13.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/6f13 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/6f13	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6f0iC 6f0jC 6f0mC 6f0nC 6f0rC 6f0uC 6f0vC 6f0zC 6f10C 6f11C 6f12C 6f15C 6f16C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5mzq-d 6hyz-d 5mzt-d 5mzr-d 6hja-d 3p50-d 4ilb-d 6f0i-d 6hyw-d 2xq4-d 5heh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (8) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Proton-gated ion channel

B: Proton-gated ion channel

C: Proton-gated ion channel

D: Proton-gated ion channel

E: Proton-gated ion channel

ヘテロ分子

194 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	179.948, 132.450, 159.234
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.95, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 11分子 ABCDE

#1: タンパク質	Proton-gated ion channel / GLIC / Ligand-gated ion channel / LGIC 分子量: 36219.688 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Gloeobacter violaceus (strain PCC 7421) (バクテリア) 株: PCC 7421 / 遺伝子: glvI, glr4197 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7NDN8
#6: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 5種, 335分子

#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-PLC / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / O-(1-O,2-O-ジドデカノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン分子量: 622.834 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₆₅NO₈P / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 76.42 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: 100 mM NaAcetate pH 4 200mM NaSCN 12-15% PEG4000 15% glycerol 3%DMSO

-
データ収集

回折	平均測定温度: 190 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→49.1 Å / Num. obs: 100065 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 69.64 Å² / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 2.7→2.75 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.11.4	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.7→49.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9005 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9056 / SU R Cruickshank DPI: 0.295 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.278 / SU R_free Blow DPI: 0.212 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.22

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2227	5000	5 %	RANDOM
R_work	0.2027	-	-	-
obs	0.2037	100065	99.78 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 67.96 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.7158 Å²	0 Å²	13.7312 Å²
2-	-	2.5042 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.2116 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.359 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.7→49.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12700	0	463	298	13461

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.009	13471	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.11	18305	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		4672	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		265	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1922	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		13471	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.21
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	18.74
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1781	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		15684	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2852	358	4.87 %
R_work	0.2511	6993	-
all	0.2528	7351	-
obs	-	-	99.78 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5835	-0.1829	0.4322	0.7631	-0.2587	1.307	-0.0476	-0.0741	0.1087	-0.0556	0.0196	0.1034	-0.1886	-0.1457	0.0281	0.1181	0.0374	-0.2047	-0.1173	-0.0023	-0.123	40.2181	-6.581	30.4368
2	1.8946	0.1151	1.861	0.7445	0.2299	2.6987	0.1104	-0.0589	-0.1222	-0.0316	-0.0122	0.1756	0.114	-0.1888	-0.0981	-0.0579	0.0128	-0.1171	-0.0544	0.0152	-0.1555	28.2076	-27.7711	36.3412
3	0.8066	0.1721	0.6793	0.8099	0.4633	1.6166	0.0974	-0.0136	-0.1662	-0.0655	-0.0589	0.1029	0.2009	-0.0677	-0.0385	0.1042	0.009	-0.2488	-0.1413	-0.0117	-0.0745	42.2115	-47.3304	29.3637
4	0.655	0.0457	0.6025	0.7726	0.3384	2.2161	0.0037	0.058	-0.0401	-0.2123	-0.0106	-0.0611	-0.113	0.1848	0.0069	0.0765	0.0389	-0.1952	-0.1278	-0.0224	-0.1185	63.0967	-38.0843	18.4724
5	0.6446	-0.1765	0.6243	0.7428	-0.5121	2.608	-0.0101	0.0288	0.1251	-0.1577	-0.0438	-0.1058	-0.0987	0.0673	0.0539	0.1077	-0.0254	-0.1927	-0.1608	0.0096	-0.1223	61.7486	-12.8665	19.2906

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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