PDB-6f11: GLIC mutant D86A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6f11

タイトル

GLIC mutant D86A

要素

Proton-gated ion channel

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

sodium channel activity / potassium channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Gloeobacter violaceus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Hu, H.D. / Delarue, M.

引用

ジャーナル: PLoS Biol. / 年: 2017
タイトル: Full mutational mapping of titratable residues helps to identify proton-sensors involved in the control of channel gating in the Gloeobacter violaceus pentameric ligand-gated ion channel.
著者: Nemecz, A. / Hu, H. / Fourati, Z. / Van Renterghem, C. / Delarue, M. / Corringer, P.J.

履歴

登録	2017年11月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6f11.cif.gz	648.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6f11.ent.gz	541.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6f11.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/6f11 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/6f11	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6f0iC 6f0jC 6f0mC 6f0nC 6f0rC 6f0uC 6f0vC 6f0zC 6f10C 6f12C 6f13C 6f15C 6f16C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6f16-d 6hjb-d 6hyv-d 6f0j-d 5njy-d 3lsv-d 6f12-d 6hy9-d 6f0r-d 4hfh-d 3tlv-d 3uu8-d 6f15-d 5mvm-d 6hyr-d 4hfb-d 5j0z-d 5muo-d 5hcj-d 4zzc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (8) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Proton-gated ion channel

B: Proton-gated ion channel

C: Proton-gated ion channel

D: Proton-gated ion channel

E: Proton-gated ion channel

ヘテロ分子

186 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	181.820, 133.790, 160.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.29, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 11分子 ABCDE

#1: タンパク質	Proton-gated ion channel / GLIC / Ligand-gated ion channel / LGIC 分子量: 36233.711 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Gloeobacter violaceus (strain PCC 7421) (バクテリア) 株: PCC 7421 / 遺伝子: glvI, glr4197 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7NDN8
#5: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 5種, 61分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 化合物	ChemComp-PLC / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / O-(1-O,2-O-ジドデカノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン分子量: 622.834 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₆₅NO₈P / コメント: リン脂質*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 76.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: 100 mM NaAcetate pH4 400 mM NaSCN 12-15% PEG 4000 15% glycerol 3%DMSO

-
データ収集

回折	平均測定温度: 190 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→49.44 Å / Num. obs: 77611 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 90.75 Å² / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 2.95→3.01 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.95→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9251 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9132 / SU R Cruickshank DPI: 0.408 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.366 / SU R_free Blow DPI: 0.248 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.261

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2155	3890	5.03 %	RANDOM
R_work	0.1951	-	-	-
obs	0.1961	77362	98.33 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 80.69 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.9787 Å²	0 Å²	22.0138 Å²
2-	-	0.6413 Å²	0 Å²
3-	-	-	7.3374 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.4 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.95→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12665	0	183	36	12884

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	13165	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.06	17953	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		4432	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		260	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1901	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		13165	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.79
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	17.94
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1771	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		14665	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.95→3.03 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2761	277	4.91 %
R_work	0.2502	5367	-
all	0.2515	5644	-
obs	-	-	96.75 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1037	-0.1885	0.6774	0.8731	-0.2979	2.2451	-0.0077	-0.0628	0.0785	-0.0987	0.0413	0.1097	-0.2359	-0.2885	-0.0336	0.0537	0.0667	-0.1348	-0.1211	-0.0037	-0.1711	40.3592	-6.7947	29.8923
2	1.8974	0.0904	1.8625	0.5792	0.2083	3.1048	0.0992	-0.0375	-0.0711	-0.0078	-0.0545	0.1746	0.0761	-0.2356	-0.0447	-0.0657	0.0343	-0.11	0.0093	0.0001	-0.1194	28.4545	-27.9061	36.242
3	1.2841	0.1924	1.2285	0.8526	0.4886	2.8908	0.1203	0.0932	-0.1889	-0.1082	-0.0502	0.1255	0.2597	-0.0042	-0.0701	0.0166	0.0297	-0.183	-0.1132	-0.0287	-0.1201	42.1453	-47.5372	29.0474
4	0.9985	0.1385	0.8174	0.7924	0.4719	3.1243	-0.0171	0.1823	-0.0619	-0.2541	-0.0188	-0.023	-0.1197	0.2425	0.0359	0.0271	0.0767	-0.1389	-0.1002	-0.0474	-0.151	62.7962	-38.4663	17.811
5	0.9356	-0.1631	0.9053	0.7785	-0.528	3.4863	-0.0389	0.0561	0.1579	-0.1825	-0.0416	-0.0765	-0.1209	-0.0389	0.0805	0.0689	-0.0157	-0.125	-0.1215	0.0125	-0.1527	61.6894	-13.3814	18.5548

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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