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- PDB-6f0d: Crystal structure of a llama VHH antibody BCD090-M2 against human... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f0d
タイトルCrystal structure of a llama VHH antibody BCD090-M2 against human ErbB3 in space group P1 with cadmium ions
要素VHH antibody BCD090-M2
キーワードIMMUNE SYSTEM / VHH / llama antibody / single-domain antibody / nanobody / ErbB3 / Her3 / receptor tyrosine kinase
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.90000753152 Å
データ登録者Eliseev, I.E. / Yudenko, A.N. / Vysochinskaya, V.V. / Svirina, A.A. / Evstratyeva, A.V. / Drozhzhachih, M.S. / Krendeleva, E.A. / Vladimirova, A.K. / Nemankin, T.A. / Ekimova, V.M. ...Eliseev, I.E. / Yudenko, A.N. / Vysochinskaya, V.V. / Svirina, A.A. / Evstratyeva, A.V. / Drozhzhachih, M.S. / Krendeleva, E.A. / Vladimirova, A.K. / Nemankin, T.A. / Ekimova, V.M. / Ulitin, A.B. / Lomovskaya, M.I. / Yakovlev, P.A. / Moiseenko, F.V. / Chakchir, O.B.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education and ScienceRFMEFI57716X0217 ロシア
引用ジャーナル: F1000Res / 年: 2018
タイトル: Crystal structures of a llama VHH antibody BCD090-M2 targeting human ErbB3 receptor.
著者: Eliseev, I.E. / Yudenko, A.N. / Vysochinskaya, V.V. / Svirina, A.A. / Evstratyeva, A.V. / Drozhzhachih, M.S. / Krendeleva, E.A. / Vladimirova, A.K. / Nemankin, T.A. / Ekimova, V.M. / Ulitin, ...著者: Eliseev, I.E. / Yudenko, A.N. / Vysochinskaya, V.V. / Svirina, A.A. / Evstratyeva, A.V. / Drozhzhachih, M.S. / Krendeleva, E.A. / Vladimirova, A.K. / Nemankin, T.A. / Ekimova, V.M. / Ulitin, A.B. / Lomovskaya, M.I. / Yakovlev, P.A. / Bukatin, A.S. / Knyazev, N.A. / Moiseenko, F.V. / Chakchir, O.B.
履歴
登録2017年11月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: VHH antibody BCD090-M2
A: VHH antibody BCD090-M2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1604
ポリマ－27,9352
非ポリマー2252
水2,792155
1
B: VHH antibody BCD090-M2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9671
ポリマ－13,9671
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: VHH antibody BCD090-M2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1923
ポリマ－13,9671
非ポリマー2252
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)35.766, 41.526, 46.487
Angle α, β, γ (deg.)89.992, 67.921, 76.062
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: 抗体 VHH antibody BCD090-M2


分子量: 13967.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.39 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein solution: 17 mg/ml in 20 mM HEPES pH 7.5, 50 mM NaCl Reservoir solution: 0.1 M MES pH 6.5, 12% w/v PEG 3350, 5 mM CdSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 293.15 K
Ambient temp details: Room temperature data collection in a sealed quartz capillary tube
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER IMUS MICROFOCUS / 波長: 1.54184 Å
検出器タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.90000753152→32.3416437838 Å / Num. obs: 18859 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.0920515404 % / Biso Wilson estimate: 15.2376005709 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.144282201545 / Rpim(I) all: 0.0395 / Rrim(I) all: 0.15 / Net I/σ(I): 12.9301230207
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsDiffraction-ID
5.15080833411-32.346314013120.0171673820.073619492476346.92361547139321
4.09095425893-5.1508083341120.59770114940.075466775903947.82354113549571
3.57458139652-4.0909542589320.47216274090.098182148064738.79228207969341
3.24808807264-3.5745813965218.71762208070.11760753955930.88752321869421
3.01546142965-3.2480880726417.47639034630.14565953668123.82133772459531
2.83778558507-3.0154614296516.91693290730.19213821380917.29843098769391
2.69573965383-2.8377855850716.52990556140.21671300264414.90920604549531
2.57844441163-2.6957396538316.73729729730.24787489916513.33449054839251
2.47922007445-2.5784444116315.85088633990.28653215514110.82267958659591
2.39369659134-2.4792200744515.36836518050.31274330386510.17607884659421
2.31887251552-2.3936965913413.60021208910.3624895122547.846160872249431
2.25260545186-2.3188725155211.96529968450.3866092803887.023047328359511
2.19331759784-2.2526054518610.47983014860.3936596240866.181689803449421
2.13981643674-2.193317597849.446921443740.4432158436585.258552337599421
2.0911807483-2.139816436748.19176598050.5110577402814.096708631419231
2.04668548244-2.09118074837.070466321240.5513419964273.486906225939651
2.00575070422-2.046685482446.364705882350.6013925370082.911024807429351
1.96790596897-2.005750704225.80683030950.6551033195542.521144571529371
1.93276488574-1.967905968975.360416666670.7824349126191.800643322189601
1.90000753152-1.932764885744.791351351350.8333872062631.564741696359251

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
APEX 22014.11-0データ収集
SAINTV8.18Cデータ削減
SADABS2008/1データスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
PHENIX1.11.1_2575モデル構築
Coot0.8.6.1モデル構築
PHENIX1.11.1_2575精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6EZW

6ezw


解像度: 1.90000753152→32.3416437838 Å / SU ML: 0.2149427553 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.119369942261 / 位相誤差: 22.3042350655
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217608275476 1829 10.023016221 %
Rwork0.17376345673 --
obs0.178155788177 18248 96.765298547 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 19.8620885272 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.90000753152→32.3416437838 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1962 0 2 155 2119
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01391470742032006
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.530855361852714
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072200302117280
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082941237946358
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.0180771652722
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.95140.3136031984281360.2573796532681202X-RAY DIFFRACTION91.9587628866
1.9514-2.00880.3003728494561350.2385550248621201X-RAY DIFFRACTION93.2960893855
2.0088-2.07360.233652896661410.2211785605341267X-RAY DIFFRACTION95.3283683142
2.0736-2.14770.245518931011360.1951863130131213X-RAY DIFFRACTION95
2.1477-2.23370.2418804567221440.1881344661791265X-RAY DIFFRACTION95.460704607
2.2337-2.33530.2204472903941380.1849194955051242X-RAY DIFFRACTION96.2343096234
2.3353-2.45840.2650870814811410.1913013761011283X-RAY DIFFRACTION97.4674880219
2.4584-2.61240.2203325420391390.1875101911731277X-RAY DIFFRACTION98.0609418283
2.6124-2.8140.2427163070021410.1788498945271281X-RAY DIFFRACTION98.4764542936
2.814-3.09690.2210612131641430.1776553366491291X-RAY DIFFRACTION98.5567010309
3.0969-3.54460.2018728100511460.1642785077231298X-RAY DIFFRACTION98.904109589
3.5446-4.46390.1786955891181440.1390908123371296X-RAY DIFFRACTION99.6539792388
4.4639-32.34630.1686279524331450.1301908391451303X-RAY DIFFRACTION99.7932460372

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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