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- PDB-6f0a: Crystal structure of human indoleamine 2,3-dioxygenase bound to a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f0a
タイトルCrystal structure of human indoleamine 2,3-dioxygenase bound to a triazole inhibitor and alanine molecule.
要素Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / Tryptophan 2 3 Dioxygenase Activity Electron Transfer Activity Oxidoreductase Activity Heme Binding Indoleamine 2 3 Dioxygenase Activity Metal Ion Binding Dioxygenase Activity
機能・相同性
機能・相同性情報


indoleamine 2,3-dioxygenase / positive regulation of chronic inflammatory response / kynurenic acid biosynthetic process / smooth muscle contractile fiber / indoleamine 2,3-dioxygenase activity / 'de novo' NAD+ biosynthetic process from L-tryptophan / L-tryptophan 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of T cell tolerance induction / : / stereocilium bundle ... indoleamine 2,3-dioxygenase / positive regulation of chronic inflammatory response / kynurenic acid biosynthetic process / smooth muscle contractile fiber / indoleamine 2,3-dioxygenase activity / 'de novo' NAD+ biosynthetic process from L-tryptophan / L-tryptophan 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of T cell tolerance induction / : / stereocilium bundle / positive regulation of type 2 immune response / L-tryptophan catabolic process / Tryptophan catabolism / negative regulation of T cell apoptotic process / positive regulation of T cell apoptotic process / quinolinate biosynthetic process / negative regulation of interleukin-10 production / T cell proliferation / multicellular organismal response to stress / negative regulation of T cell proliferation / swimming behavior / positive regulation of interleukin-12 production / female pregnancy / response to lipopolysaccharide / electron transfer activity / inflammatory response / heme binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #480 / Indoleamine 2,3-dioxygenase signature 1. / Indoleamine 2,3-dioxygenase signature 2. / Indoleamine 2,3-dioxygenase / Indoleamine 2,3-dioxygenase / Tryptophan/Indoleamine 2,3-dioxygenase-like / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ALANINE / ~{N}-(4-chlorophenyl)-1~{H}-1,2,3-triazol-5-amine / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Swan, M.K. / Latchem, M.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2018
タイトル: New 4-Amino-1,2,3-Triazole Inhibitors of Indoleamine 2,3-Dioxygenase Form a Long-Lived Complex with the Enzyme and Display Exquisite Cellular Potency.
著者: Alexandre, J.A.C. / Swan, M.K. / Latchem, M.J. / Boyall, D. / Pollard, J.R. / Hughes, S.W. / Westcott, J.
履歴
登録2017年11月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年4月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell / Item: _reflns.pdbx_CC_half / _reflns_shell.pdbx_CC_half
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
C: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,2488
ポリマ－88,4482
非ポリマー1,8006
水3,909217
1
A: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1244
ポリマ－44,2241
非ポリマー9003
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1244
ポリマ－44,2241
非ポリマー9003
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.480, 96.890, 132.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Indoleamine 2,3-dioxygenase 1 / IDO-1 / Indoleamine-pyrrole 2 / 3-dioxygenase


分子量: 44223.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDO1, IDO, INDO / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14902, indoleamine 2,3-dioxygenase
#2: 化合物 ChemComp-C82 / ~{N}-(4-chlorophenyl)-1~{H}-1,2,3-triazol-5-amine


分子量: 194.621 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H7ClN4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ALA / ALANINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2
#4: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.3 % / 解説: Orange coloured trapezoids
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 27-33% PEG 8000/Ethylene glycol mix 100mM Tris/Bicine mix pH 8.5 20-40mM L-alanine
PH範囲: 8.5-9.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→71.78 Å / Num. obs: 51328 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 52.54 Å2 / Rrim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.26→2.32 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 3741 / Rrim(I) all: 0.714 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
BUSTER精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
xia2データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2D0T

2d0t


解像度: 2.26→71.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9266 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9078 / SU R Cruickshank DPI: 0.215 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.215 / SU Rfree Blow DPI: 0.178 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.18
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 2600 5.07 %RANDOM
Rwork0.1908 ---
obs0.1925 51268 98.38 %-
原子変位パラメータBiso max: 140.86 Å2 / Biso mean: 56.12 Å2 / Biso min: 32.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-17.8263 Å20 Å20 Å2
2---3.0646 Å20 Å2
3----14.7617 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.304 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.26→71.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6023 0 138 217 6378
Biso mean--45.27 57.39 -
残基数----764
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2147SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes150HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes958HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6313HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion776SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7472SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6313HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg8575HARMONIC21.04
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.69
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.24
LS精密化 シェル解像度: 2.26→2.32 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 182 4.88 %
Rwork0.2309 3551 -
all0.232 3733 -
obs--98.15 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.97420.2504-1.1050.8040.13781.2043-0.0134-0.0019-0.12520.00970.0030.0628-0.08450.0490.0104-0.1375-0.02580.0093-0.1904-0.0437-0.1127-31.546330.074426.9472
21.8701-0.67751.04281.3019-0.57871.56590.0060.18850.0887-0.0586-0.2348-0.17140.00990.3360.2288-0.15090.02950.0332-0.0570.0629-0.0536-15.29620.721316.5676
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A11 - 403
2X-RAY DIFFRACTION2{ C|* }C11 - 402

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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