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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6f00 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of human tRNA dihydrouridine synthase (20) dsRBD E423A mutant | ||||||
![]() | tRNA-dihydrouridine(20) synthase [NAD(P)+]-like | ||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN / double-stranded RNA binding domain | ||||||
機能・相同性 | ![]() tRNA-dihydrouridine20 synthase [NAD(P)+] / tRNA-dihydrouridine20 synthase activity / tRNA dihydrouridine synthesis / tRNA dihydrouridine synthase activity / tRNA modification in the nucleus and cytosol / protein kinase inhibitor activity / antiviral innate immune response / NADPH binding / PKR-mediated signaling / double-stranded RNA binding ...tRNA-dihydrouridine20 synthase [NAD(P)+] / tRNA-dihydrouridine20 synthase activity / tRNA dihydrouridine synthesis / tRNA dihydrouridine synthase activity / tRNA modification in the nucleus and cytosol / protein kinase inhibitor activity / antiviral innate immune response / NADPH binding / PKR-mediated signaling / double-stranded RNA binding / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / tRNA binding / endoplasmic reticulum / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Charles, B.N. / Djemel, H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of human tRNA-dihydrouridine(20) synthase dsRBD E423A mutant 著者: Charles, B.N. / Djemel, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 128.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 101.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 463.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 464.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4wftS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13670.661 Da / 分子数: 3 / 変異: E423A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9NX74, 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; NADまたはNADPを用いる #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.63 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.6 M ammonium sulfate 100 mM sodium chloride 100 mM HEPES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976254 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.163→44.7 Å / Num. obs: 41560 / % possible obs: 95.99 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.0725 / Net I/σ(I): 7.58 |
反射 シェル | 解像度: 2.163→2.24 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.6406 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2174 / CC1/2: 0.481 / % possible all: 92.16 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4WFT 解像度: 2.163→44.7 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.19 / 位相誤差: 25.83
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.163→44.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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