PDB-6ez1: Structure of h. salinarum RosR (vng0258) grown from NaBr

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ez1

タイトル

Structure of h. salinarum RosR (vng0258) grown from NaBr

要素

DNA binding protein

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Halophiles / wHTH DNA binding protein / RosR / High salt medium

機能・相同性

Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / metal ion binding / BROMIDE ION / PadR family transcription regulator RosR

機能・相同性情報

生物種

Halobacterium salinarum (好塩性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75004310292 Å

データ登録者

Shaanan, B. / Kutnowski, N.

資金援助

イスラエル, 1件

引用

ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2018
タイトル: The 3-D structure of VNG0258H/RosR - A haloarchaeal DNA-binding protein in its ionic shell.
著者: Kutnowski, N. / Shmuely, H. / Dahan, I. / Shmulevich, F. / Davidov, G. / Shahar, A. / Eichler, J. / Zarivach, R. / Shaanan, B.

履歴

登録	2017年11月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年8月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年8月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2018年10月10日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.3	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb6ez1.ent.gz	118.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/6ez1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/6ez1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6f5cC 6faqC 6fdhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2132 1nq2-d 4fbb-3 3m4u-1 1y0x-d 4fbb-2 3imy-d 3u5p-8 6s4t-d 4ngu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA binding protein

B: DNA binding protein

ヘテロ分子

31.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, SAXS supports the dimer in solution

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.884, 71.139, 41.719
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.334, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	DNA binding protein 分子量: 14554.919 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Halophilic winged-helix-turn-helix DNA binding protein from H. salinarum 由来: (組換発現) Halobacterium salinarum (strain ATCC 700922 / JCM 11081 / NRC-1) (好塩性) 遺伝子: VNG_0258H / Variant: NRC-1 / 発現宿主: Haloferax volcanii (古細菌) / 参照: UniProt: Q9HSF4
#2: 化合物	... ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.06 % / 解説: monoclinic
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.8 / 詳細: NaBr, MES, Ammonium sulfate / PH範囲: 6-7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.91908 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91908 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→39.12 Å / Num. obs: 43032 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 1.82 / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 17.4188078183 Å² / CC_1/2: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.112 / R_pim(I) all: 0.05 / R_rim(I) all: 0.123 / Net I/σ(I): 18.5
反射シェル	解像度: 1.75→1.79 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.577 / Mean I/σ(I) obs: 1.45 / R_pim(I) all: 0.327 / R_rim(I) all: 0.669 / % possible all: 80

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	refmac5 version 5.8.0158	精密化
PHENIX	dev-2947	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: SAD derived model in NaCl

解像度: 1.75004310292→34.2783354663 Å / SU ML: 0.169322950602 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.93612010501 / 位相誤差: 21.071803648
詳細: Residues 1-10 in both chains are predicted to be natively disrodered residues 70-76 in both chains belong to the wing domain which is notoriously flexible

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.209013814378	2186	5.07994050939 %
R_work	0.170094126367	-	-
obs	0.172098550035	43032	96.8600175569 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.8986593944 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75004310292→34.2783354663 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1764	0	38	267	2069

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00308713472184	1805
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.589561088126	2446
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0371181548246	274
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00278601810263	327
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.5634602151	1094

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.7881	0.293531574222	89	0.249112478466	2073	X-RAY DIFFRACTION	78.4470246734
1.7881-1.8297	0.293115674381	87	0.231677462849	2321	X-RAY DIFFRACTION	85.9386152748
1.8297-1.8754	0.280699341552	138	0.227793022589	2415	X-RAY DIFFRACTION	92.2659920492
1.8754-1.9261	0.208168689123	128	0.204402202336	2563	X-RAY DIFFRACTION	97.8901418698
1.9261-1.9828	0.233189847	141	0.186875075129	2653	X-RAY DIFFRACTION	99.8927422238
1.9828-2.0468	0.195697401136	152	0.170268104224	2647	X-RAY DIFFRACTION	99.6794871795
2.0468-2.12	0.205428168567	155	0.164763633026	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.2048	0.182638382286	135	0.163742947999	2645	X-RAY DIFFRACTION	99.892202659
2.2048-2.3051	0.219968189287	149	0.163318736401	2636	X-RAY DIFFRACTION	99.7850232891
2.3051-2.4266	0.219685202153	132	0.159811394443	2636	X-RAY DIFFRACTION	99.711815562
2.4266-2.5786	0.199427631281	141	0.172066472805	2644	X-RAY DIFFRACTION	99.7492836676
2.5786-2.7776	0.218287985737	124	0.168784609785	2635	X-RAY DIFFRACTION	99.7108782074
2.7776-3.057	0.218480313592	185	0.169142828955	2563	X-RAY DIFFRACTION	99.4931209269
3.057-3.499	0.20629975468	144	0.156194899358	2618	X-RAY DIFFRACTION	99.3167925207
3.499-4.4069	0.172311539079	152	0.141622963637	2602	X-RAY DIFFRACTION	99.2074927954
4.4069-34.2849	0.208532962489	134	0.182403373445	2621	X-RAY DIFFRACTION	98.7809250627

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.37765479671	-1.66241495953	5.915984031	5.13185021699	-0.906757175043	4.65276885746	-0.129295036896	0.818635117433	0.963576860664	-0.00916141704138	-0.312233494698	-0.249368319714	-1.59264915351	0.849266663846	0.613177809706	0.227879146587	-0.0128842889448	-0.00371927808051	0.198474538788	0.0684549735362	0.186527429058	8.26056768344	28.2506174205	5.02838919821
2	2.70001847158	-3.36159303844	1.35227629294	6.5048372001	0.931204929159	5.41822519289	-0.0368159645139	0.148445949243	0.189912199414	0.159433964854	-0.0350047376949	0.0724894858978	-0.309062746098	0.0309991254897	0.10225562712	0.103742650109	-0.0173310589197	-0.0117976464595	0.0686185450693	0.00228612793915	0.0475601540679	1.34935955734	25.536862714	14.3038708497
3	1.54804215512	-2.08697723048	-0.924743687987	5.20702957716	2.47494731018	5.73218500792	0.0379864790297	0.0889960137663	0.0205670668427	-0.0228177635036	0.0822925798645	0.410624949709	-0.17030250776	-0.283458395447	-0.0811493586496	0.0984659408511	0.00405472465011	0.0332324344808	0.111080509355	0.027836267112	0.109665234483	-1.1420398665	23.4708394496	22.6938032005
4	2.1544023402	0.77834014058	0.143014444332	3.0271425039	-3.95305534197	5.89262817263	-0.100639296511	-0.0407075221511	0.0850616720265	0.445126857851	-0.267200899129	-0.564853682984	-0.584930555654	0.599021815853	0.2782738854	0.145492122717	-0.05298191473	-0.048613080555	0.185185645904	-0.0097383904771	0.150966435987	8.66454981029	27.6931686893	21.6219354401
5	5.8141230771	0.266698638748	-2.93801794922	1.58462478023	1.81517737791	4.94471009784	-0.0408920413614	-0.911993392577	0.661050189228	1.11529998088	-0.252461275872	0.0831357079657	-0.285745895946	0.167680023069	-0.0853073922364	0.684088382575	0.0015898313777	-0.0476453798951	0.158803014964	-0.0839157692983	0.242014644207	1.0790019614	37.822488128	23.8856616881
6	0.503084391005	1.04089967432	0.707506333574	6.55386552956	5.48957824702	5.19972081297	0.000789105455787	0.0534603236586	0.0180572743526	-0.147569167149	-0.0341102856021	0.0683141854161	-0.318632647682	0.036168713599	-0.0123154007271	0.0866449992793	0.0405291152739	-0.0391301860196	0.0873360216295	-0.00431790692417	0.152242826413	-1.5541066576	27.2590102972	5.57107895157
7	3.21534609184	-0.371549079897	0.0229203370068	2.83728559374	0.77991201105	2.85536062421	0.0407031924459	-0.0939007144341	-0.319433762223	0.470004003073	-0.0600468811698	0.208678742652	0.0378758735559	-0.747104685598	0.0146956573966	-0.117910834745	-0.0627819501273	-0.0612619876965	0.1630966387	1.31923899407E-5	0.178750402791	-12.1322167484	12.7510897359	3.05840281645
8	4.64281729041	-0.448500680966	-5.83328794395	3.23792754612	1.15129816438	7.45292731812	-0.41442771389	-1.20806050415	-1.20729556052	0.6766890112	-0.440229886525	-0.264439784259	0.644620100948	0.519546806371	0.495266970777	0.13544544901	-0.0300600746589	0.0401038294464	0.272733400194	0.066428485718	0.2041774253	7.3320912359	12.8438279587	13.4009199113
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10	4.19695509164	1.49774625328	-1.79705133952	6.76300346809	0.433983080329	3.48825641985	-0.0156040345159	0.111089887872	-0.133087608768	-0.515682527808	0.0959233633663	0.0742459449818	-0.138236289151	-0.0832741574928	-0.0722259878465	0.050500303486	-0.00666618452984	-0.0214634884209	0.123968878725	0.011590710877	0.0753854344027	10.5007534325	16.6875461682	-6.7434417249
11	6.92375527919	-4.490145682	5.41461108255	7.52541443591	-2.16874731507	7.7269590804	-0.142926503187	-0.507744156491	0.730113313643	0.4846849775	0.13467058714	-0.94351822707	-0.952798737413	0.360230645501	0.127361348462	0.136275304899	-0.0774736332164	-0.00926618742794	0.240848146118	-0.041173966078	0.184066631386	17.4068878908	24.6635660877	-3.76162243372
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15	8.9739680391	4.23320041423	0.616748428328	7.0719537731	-2.16758203505	8.5454495757	-0.261489063603	0.661650219784	-0.509118337388	-0.488918081346	0.102611737148	-0.466259621212	0.668405988196	0.249204595938	0.281512874484	0.0837613642824	0.0514127728656	0.0258640012492	0.0843514633927	-0.0011516412375	0.190900812682	10.7797633861	5.04255542849	-3.53923078007
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17	2.49304462294	0.128750924276	-1.40400796133	1.79830578859	0.14074368456	2.71411896482	-0.448662061024	0.182624394961	0.236732025511	-0.283771587648	-0.049991886087	0.428623712707	-0.336313507467	-0.780579226357	-0.0424335517438	0.0423663083475	0.140683645154	-0.0861910040478	0.192510913834	-0.0389529987419	0.226823371117	-12.6742696671	22.7750584578	0.448135748227

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and (resid 11 through 16 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and (resid 17 through 28 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and (resid 29 through 44 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A and (resid 45 through 62 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain A and (resid 63 through 76 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain A and (resid 77 through 99 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain A and (resid 100 through 120 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain B and (resid 11 through 16 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain B and (resid 17 through 28 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain B and (resid 29 through 44 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain B and (resid 45 through 49 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain B and (resid 50 through 62 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain B and (resid 63 through 70 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain B and (resid 71 through 75 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain B and (resid 76 through 81 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain B and (resid 82 through 99 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain B and (resid 100 through 120 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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