PDB-6eyx: Anti-CRISPR AcrIIa6 tetragonal form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6eyx

タイトル

Anti-CRISPR AcrIIa6 tetragonal form

要素

AcrIIa6

キーワード

VIRAL PROTEIN / Anti-CRISPR / HTH fold / DNA binding

機能・相同性

Acr-like protein

機能・相同性情報

生物種

Streptococcus phage DT1 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.96 Å

データ登録者

Cambillau, C. / Amigues, B. / Moineau, S.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Widespread anti-CRISPR proteins in virulent bacteriophages inhibit a range of Cas9 proteins.
著者: Hynes, A.P. / Rousseau, G.M. / Agudelo, D. / Goulet, A. / Amigues, B. / Loehr, J. / Romero, D.A. / Fremaux, C. / Horvath, P. / Doyon, Y. / Cambillau, C. / Moineau, S.

履歴

登録	2017年11月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年6月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年8月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6eyx.cif.gz	163.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6eyx.ent.gz	129.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6eyx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6eyx_validation.pdf.gz	430.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6eyx_full_validation.pdf.gz	433.7 KB	表示
XML形式データ	6eyx_validation.xml.gz	18.5 KB	表示
CIF形式データ	6eyx_validation.cif.gz	27.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/6eyx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/6eyx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6eyyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6eyy-d 2hih-2 2w22-d 2hih-1 1zcd-1 3o52-1 3ecn-1 1yey-1 5ce5-d 3pax-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: AcrIIa6

B: AcrIIa6

43.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.370, 71.370, 177.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	AcrIIa6 分子量: 21706.662 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus phage DT1 (ファージ) Variant: Streptococcus thermophilus phage D1176. / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9XJC1*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
由来についての詳細	Streptococcus thermophilus phage D1176

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M Magnesium chloride, 0.1M tris pH6.5-7.5, 5-15%(w/v) PEG 8000 PH範囲: 6,5 - 7,5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9789 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.96→50 Å / Num. obs: 33785 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 24 % / B_iso Wilson estimate: 37.54 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.139 / Net I/σ(I): 15.8
反射シェル	解像度: 1.96→2.1 Å / 冗長度: 24 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 5971 / CC_1/2: 0.88 / R_rim(I) all: 1.17 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.1	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.96→26.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9338 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9309 / SU R Cruickshank DPI: 0.164 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.181 / SU R_free Blow DPI: 0.146 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.138

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2261	1690	5 %	RANDOM
R_work	0.2086	-	-	-
obs	0.2095	33785	99.66 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.23 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.1081 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.1081 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.2163 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.28 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.96→26.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2952	0	0	356	3308

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.009	3014	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.01	4045	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1087	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		95	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		424	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		3014	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.98
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	20.79
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		367	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		3674	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.96→2.02 Å / Total num. of bins used: 17

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3351	144	5.01 %
R_work	0.2954	2731	-
all	0.2974	2875	-
obs	-	-	99.66 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3033	0.2485	0.2518	0.9404	-0.0399	1.318	-0.0126	0.0769	0.025	-0.0407	-0.0057	-0.0088	0.0214	0.0364	0.0184	-0.0318	0.0086	0.0062	-0.0727	0.0065	0.0019	39.4301	5.2078	8.4306
2	0.7681	-0.2936	-0.1711	0.16	-0.0458	0.8442	0.0197	-0.0953	-0.0292	0.047	-0.0054	0.0065	0.0592	-0.1134	-0.0142	-0.0198	-0.0376	-0.0014	-0.0195	0.0188	-0.021	29.0583	-2.298	29.0796

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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