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- PDB-6exm: The Transcriptional Regulator PrfA from Listeria Monocytogenes in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6exm
タイトルThe Transcriptional Regulator PrfA from Listeria Monocytogenes in complex with a ring-fused 2-pyridone (MK202)
要素Listeriolysin positive regulatory factor A
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Transcription regulator / DNA binding / 2-pyridone / drug design / Listeria monocytogenes
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of single-species biofilm formation on inanimate substrate / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / Crp-type HTH domain profile. / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A ...Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / Crp-type HTH domain profile. / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Jelly Rolls / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Chem-QQH / Listeriolysin regulatory protein / Positive regulatory factor A
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Grundstrom, C. / Begum, A. / Hall, M. / Kulen, M. / Lindgren, M. / Johansson, J. / Almqvist, F. / Sauer, U.H. / Sauer-Eriksson, A.E.
資金援助 スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
Swedish Research Council スウェーデン
引用
ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structure-Based Design of Inhibitors Targeting PrfA, the Master Virulence Regulator of Listeria monocytogenes.
著者: Kulen, M. / Lindgren, M. / Hansen, S. / Cairns, A.G. / Grundstrom, C. / Begum, A. / van der Lingen, I. / Brannstrom, K. / Hall, M. / Sauer, U.H. / Johansson, J. / Sauer-Eriksson, A.E. / Almqvist, F.
#1: ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2016
タイトル: Attenuating Listeria monocytogenes Virulence by Targeting the Regulatory Protein PrfA.
著者: Good, J.A. / Andersson, C. / Hansen, S. / Wall, J. / Krishnan, K.S. / Begum, A. / Grundstrom, C. / Niemiec, M.S. / Vaitkevicius, K. / Chorell, E. / Wittung-Stafshede, P. / Sauer, U.H. / Sauer- ...著者: Good, J.A. / Andersson, C. / Hansen, S. / Wall, J. / Krishnan, K.S. / Begum, A. / Grundstrom, C. / Niemiec, M.S. / Vaitkevicius, K. / Chorell, E. / Wittung-Stafshede, P. / Sauer, U.H. / Sauer-Eriksson, A.E. / Almqvist, F. / Johansson, J.
履歴
登録2017年11月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Listeriolysin positive regulatory factor A
B: Listeriolysin positive regulatory factor A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,94311
ポリマ－54,9152
非ポリマー1,0289
水5,873326
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5600 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area19790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.729, 88.647, 115.997
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Listeriolysin positive regulatory factor A / Listeriolysin positive regulatory protein / Listeriolysin regulatory protein / Pleitrophic ...Listeriolysin positive regulatory protein / Listeriolysin regulatory protein / Pleitrophic regulatory factor A / Positive regulatory factor A / PrfA / Transcriptional regulator


分子量: 27457.521 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
遺伝子: prfA, AJN46_04535, BWI22_01025 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4TVQ0, UniProt: P22262*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-QQH / [(3~{R})-3-carboxy-7-[(2,3-dimethylphenyl)methyl]-5-oxidanylidene-2,3-dihydro-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyridin-8-yl]-dimethyl-azanium


分子量: 359.463 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H23N2O3S
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.95 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: PrfA was co-crystallized with complex (5 mol excess) using the hanging-drop vapor-diffusion technique. Crystals grew in 5 days after 2 microL of the protein solution (3.2-3.5 mg per ml PrfA, ...詳細: PrfA was co-crystallized with complex (5 mol excess) using the hanging-drop vapor-diffusion technique. Crystals grew in 5 days after 2 microL of the protein solution (3.2-3.5 mg per ml PrfA, 200 mM NaCl, 20 mM NaP buffer, pH 6.5) was mixed with an equal volume of precipitant solution containing 20-24% PEG-4000, 17% isopropanol, 100 mM Na citrate pH 5.5 and allowed to equilibrate over a 1 ml solution of the precipitant in a Linbro plate (Hampton Research).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.992 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.992 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→48.534 Å / Num. obs: 65731 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.964 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5F1R

5f1r


解像度: 1.6→48.53 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 3187 4.85 %
Rwork0.182 --
obs0.184 65720 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→48.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3795 0 69 326 4190
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0123999
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3285412
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3991462
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059584
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006672
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.62390.2971420.2732653X-RAY DIFFRACTION100
1.6239-1.64930.27481610.27622691X-RAY DIFFRACTION100
1.6493-1.67630.29941290.26042654X-RAY DIFFRACTION100
1.6763-1.70520.29591540.25662719X-RAY DIFFRACTION100
1.7052-1.73620.30211160.24662659X-RAY DIFFRACTION100
1.7362-1.76960.271240.23552730X-RAY DIFFRACTION100
1.7696-1.80570.22581420.22782657X-RAY DIFFRACTION100
1.8057-1.8450.2381400.2192682X-RAY DIFFRACTION100
1.845-1.88790.26561150.21192698X-RAY DIFFRACTION100
1.8879-1.93510.27131270.20982737X-RAY DIFFRACTION100
1.9351-1.98750.26311360.21582691X-RAY DIFFRACTION100
1.9875-2.04590.24711270.20452707X-RAY DIFFRACTION100
2.0459-2.1120.23951600.19662688X-RAY DIFFRACTION100
2.112-2.18750.21661280.19082717X-RAY DIFFRACTION100
2.1875-2.2750.25241580.18152701X-RAY DIFFRACTION100
2.275-2.37860.19651530.17832684X-RAY DIFFRACTION100
2.3786-2.5040.21131280.18032744X-RAY DIFFRACTION100
2.504-2.66090.23181460.18542726X-RAY DIFFRACTION100
2.6609-2.86630.20991400.18532706X-RAY DIFFRACTION100
2.8663-3.15470.21841410.18062771X-RAY DIFFRACTION100
3.1547-3.6110.21481440.17252760X-RAY DIFFRACTION100
3.611-4.5490.18031340.14592812X-RAY DIFFRACTION100
4.549-48.5560.18531420.16492946X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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