[日本語] English
万見
- PDB-6ewv: Solution Structure of Docking Domain Complex of RXP NRPS: Kj12C N... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ewv
タイトルSolution Structure of Docking Domain Complex of RXP NRPS: Kj12C NDD - Kj12B CDD
要素NRPS Kj12C-NDD, NRPS Kj12B-CDD
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / PROTEIN / Solution Structure / Rhabdopeptide / Docking Domains
機能・相同性
機能・相同性情報


: / catalytic activity
類似検索 - 分子機能
TubC, N-terminal docking domain superfamily / TubC, N-terminal docking domain / TubC N-terminal docking domain / Methyltransferase domain 25 / Methyltransferase domain / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / AMP-binding, conserved site ...TubC, N-terminal docking domain superfamily / TubC, N-terminal docking domain / TubC N-terminal docking domain / Methyltransferase domain 25 / Methyltransferase domain / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / AMP-binding enzyme / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Nonribosomal peptide synthetase StoB / Nonribosomal peptide synthetase StoC
類似検索 - 構成要素
生物種Xenorhabdus stockiae (バクテリア)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Hacker, C. / Cai, X. / Kegler, C. / Zhao, L. / Weickhmann, A.K. / Bode, H.B. / Woehnert, J.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structure-based redesign of docking domain interactions modulates the product spectrum of a rhabdopeptide-synthesizing NRPS.
著者: Hacker, C. / Cai, X. / Kegler, C. / Zhao, L. / Weickhmann, A.K. / Wurm, J.P. / Bode, H.B. / Wohnert, J.
履歴
登録2017年11月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22021年6月23日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_nmr_spectrometer.field_strength / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NRPS Kj12C-NDD, NRPS Kj12B-CDD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1071
ポリマ－11,1071
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7730 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1minimized average structure

-
要素

#1: タンパク質 NRPS Kj12C-NDD, NRPS Kj12B-CDD


分子量: 11107.151 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenorhabdus stockiae (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A173DW42, UniProt: A0A173DW12

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic23D 1H-15N NOESY
191isotropic22D 1H-15N b-tr-HSQC
122isotropic13D 1H-13C NOESY
1112isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
1102isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
132isotropic63D (H)CCH-TOCSY
142isotropic53D (H)CCH-TOCSY
152isotropic53D HBHA(CO)NH
182isotropic23D b-tr-HNCO
172isotropic23D b-tr-HN(CA)CB
162isotropic23D b-tr-HN(CO)CA

-
試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1700 uM [U-99% 15N] KJ12C Ndd 12xGS KJ12B Cdd, 90% H2O/10% D2O15N_sample90% H2O/10% D2O
solution2850 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] KJ12C Ndd 12xGS KJ12B Cdd, 90% H2O/10% D2O13C15N_sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
700 uMKJ12C Ndd 12xGS KJ12B Cdd[U-99% 15N]1
850 uMKJ12C Ndd 12xGS KJ12B Cdd[U-99% 13C; U-99% 15N]2
試料状態詳細: 50 mM sodium phosphate buffer at pH 6.5 150 mM sodium chloride
イオン強度: 150 mM / Label: NMR buffer / pH: 6.5 / 圧: AMBIENT Pa / 温度: 293 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8005
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6006ww

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
OPALp3.97Guentert Peter精密化
CARA1.8.4.2Keller, R. (2004) The Computer Aided Resonance Tutorial, CANTINA Verlag, Goldauchemical shift assignment
TopSpin3.5Bruker Biospincollection
CcpNmr AnalysisCCPNデータ解析
UNIO10Herrmann, Thorsten, Guentert, Peter and Wuethrich, Kurtpeak picking
CYANA3.97Guentert Peterstructure calculation
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る