PDB-6ewq: Putative sugar aminotransferase Spr1654 from Streptococcus pneumo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ewq

タイトル

Putative sugar aminotransferase Spr1654 from Streptococcus pneumoniae, PLP-form

要素

Putative capsular polysaccharide biosynthesis protein

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / teichoic acid / pneumococcus / sugar aminotransferase / PLP

機能・相同性

機能・相同性情報

catalytic activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae serotype 4 (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Achour, A. / Sun, R. / Sandalova, T. / Han, X.

引用

ジャーナル: Open Biol / 年: 2018
タイトル: Structural and functional studies of Spr1654: an essential aminotransferase in teichoic acid biosynthesis inStreptococcus pneumoniae.
著者: Han, X. / Sun, R. / Sandalova, T. / Achour, A.

履歴

登録	2017年11月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ewq.cif.gz	334 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ewq.ent.gz	267.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ewq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ewq_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ewq_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	6ewq_validation.xml.gz	65 KB	表示
CIF形式データ	6ewq_validation.cif.gz	92.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/6ewq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/6ewq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ewjC 6ewrC 4lc3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ewr-1 5vmb-2 6ewj-2 1asm-d 6ewj-1 3g7d-1 1ahg-d 1b5o-d 1cq6-1 1asl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative capsular polysaccharide biosynthesis protein

B: Putative capsular polysaccharide biosynthesis protein

C: Putative capsular polysaccharide biosynthesis protein

D: Putative capsular polysaccharide biosynthesis protein

ヘテロ分子

192 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative capsular polysaccharide biosynthesis protein

B: Putative capsular polysaccharide biosynthesis protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
96.1 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Putative capsular polysaccharide biosynthesis protein

D: Putative capsular polysaccharide biosynthesis protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
96.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	79.008, 99.324, 107.608
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.74, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: TYR / Beg label comp-ID: TYR / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	THR	THR	A	A	4 - 404	10 - 410
2	1	THR	THR	B	B	4 - 404	10 - 410
1	2	LEU	LEU	A	A	4 - 403	10 - 409
2	2	LEU	LEU	C	C	4 - 403	10 - 409
1	3	THR	THR	A	A	4 - 404	10 - 410
2	3	THR	THR	D	D	4 - 404	10 - 410
1	4	THR	THR	B	B	4 - 404	10 - 410
2	4	THR	THR	C	C	4 - 404	10 - 410
1	5	LEU	LEU	B	B	4 - 403	10 - 409
2	5	LEU	LEU	D	D	4 - 403	10 - 409
1	6	THR	THR	C	C	4 - 404	10 - 410
2	6	THR	THR	D	D	4 - 404	10 - 410

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Putative capsular polysaccharide biosynthesis protein 分子量: 47820.371 Da / 分子数: 4 / 変異: none / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PLP 由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain ATCC BAA-334 / TIGR4) (肺炎レンサ球菌) 株: ATCC BAA-334 / TIGR4 / 遺伝子: SP_1837 / プラスミド: pET23B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 Express / 参照: UniProt: A0A0H2URM1
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 817 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.76 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Sodium acetate trihydrate 0.1 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5 30% w/v Polyethylene glycol 8 000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→29.7 Å / Num. obs: 79389 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 6.4
反射シェル	解像度: 2.2→2.3 Å / R_merge(I) obs: 0.501 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 7743

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4LC3

4lc3

解像度: 2.2→29.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.89 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.834 / SU B: 10.072 / SU ML: 0.247 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.422 / ESU R Free: 0.277 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.288	3866	4.9 %	RANDOM
R_work	0.238	-	-	-
obs	0.241	79389	95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.36 Å²	-0 Å²	0.19 Å²
2-	-	-1.95 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.2→29.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12506	0	60	817	13383

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	12833
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	12180
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.614	1.97	17448
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.203	3	28117
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.689	5	1580
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.432	24.463	549
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.968	15	2197
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.953	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	2019
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	14250
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	2770
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.829	2.321	6347
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.828	2.321	6346
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.887	3.473	7918
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.887	3.473	7919
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.014	2.527	6486
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.014	2.527	6487
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.165	3.71	9531
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.212	19.1	15476
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.112	19.022	15233
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.03 Å / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数
1	1	A	51452
1	2	B	51452
2	1	A	52480
2	2	C	52480
3	1	A	51374
3	2	D	51374
4	1	B	51490
4	2	C	51490
5	1	B	51430
5	2	D	51430
6	1	C	51346
6	2	D	51346

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.344	257	-
R_work	0.314	5493	-
obs	-	-	92.8 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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