PDB-6ewn: HspA from Thermosynechococcus vulcanus in the presence of 2M urea...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ewn

タイトル

HspA from Thermosynechococcus vulcanus in the presence of 2M urea with initial stages of denaturation

要素

HspA

キーワード

CHAPERONE / small Heat Shock Protein / cyanobacteria / denaturation / urea

機能・相同性

機能・相同性情報

: / Immunoglobulin-like - #790 / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.29 Å

データ登録者

Adir, N. / Ghosh, S. / Salama, F. / Dines, M.

資金援助

イスラエル, 1件

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / 年: 2019
タイトル: Biophysical and structural characterization of the small heat shock protein HspA from Thermosynechococcus vulcanus in 2 M urea.
著者: Ghosh, S. / Salama, F. / Dines, M. / Lahav, A. / Adir, N.

履歴

登録	2017年11月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月24日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ewn.cif.gz	61 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ewn.ent.gz	45.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ewn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/6ewn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/6ewn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1gmeS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5tgj-2 6mim-1 6a7k-d 2g64-d 5yyf-1 6xjf-7 5tp1-2 1r1m-d 6e8r-1 2dzm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (4) #108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1)

登録構造単位

A: HspA

B: HspA

ヘテロ分子

24.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HspA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
12.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: HspA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
12.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.650, 88.650, 114.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

#1: タンパク質	HspA 分子量: 11128.665 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 遺伝子: hspA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O82825
#2: 化合物	... ChemComp-URE / UREA 分子量: 60.055 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₄N₂O
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 10mg/ml protein, 30%PEG MME, Tris-HCl pH=8.0 / Temp details: 293

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.29→70.03 Å / Num. obs: 19883 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4 % / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.093 / R_pim(I) all: 0.051 / R_rim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 18.2
反射シェル	解像度: 2.29→2.41 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.247 / Mean I/σ(I) obs: 15.9 / Num. unique obs: 2887 / CC_1/2: 0.915 / R_pim(I) all: 0.124 / R_rim(I) all: 0.278 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
MOSFLM		データ収集
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
SCALA		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1GME

1gme

解像度: 2.29→70.03 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 4 / 詳細: twinning operators used -h,k,-l

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3419	1003	5 %	Random selection
R_work	0.2803	-	-	-
obs	-	19047	100 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 52.55 Å² / B_iso mean: 16.1473 Å² / B_iso min: 0.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.29→70.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1560	0	176	98	1834

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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