PDB-6ewj: Putative sugar aminotransferase Spr1654 from Streptococcus pneumo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ewj

タイトル

Putative sugar aminotransferase Spr1654 from Streptococcus pneumoniae, apo-form

要素

Putative capsular polysaccharide biosynthesis protein

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / teichoic acid / pneumococcus / sugar aminotransferase / PLP

機能・相同性

機能・相同性情報

polysaccharide biosynthetic process / transaminase activity / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae serotype 4 (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Achour, A. / Sun, R. / Sandalova, T. / Han, X.

引用

ジャーナル: Open Biol / 年: 2018
タイトル: Structural and functional studies of Spr1654: an essential aminotransferase in teichoic acid biosynthesis inStreptococcus pneumoniae.
著者: Han, X. / Sun, R. / Sandalova, T. / Achour, A.

履歴

登録	2017年11月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ewj.cif.gz	633.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ewj.ent.gz	526.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ewj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ewj_validation.pdf.gz	457.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ewj_full_validation.pdf.gz	467.4 KB	表示
XML形式データ	6ewj_validation.xml.gz	60.5 KB	表示
CIF形式データ	6ewj_validation.cif.gz	86.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/6ewj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/6ewj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ewqC 6ewrC 4lc3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ewr-1 4o6z-1 6ewq-1 7bxz-d 6ewr-2 6ti3-2 3jtx-d 4r5f-1 3b1d-1 5xms-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative capsular polysaccharide biosynthesis protein

D: Putative capsular polysaccharide biosynthesis protein

C: Putative capsular polysaccharide biosynthesis protein

B: Putative capsular polysaccharide biosynthesis protein

191 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative capsular polysaccharide biosynthesis protein

B: Putative capsular polysaccharide biosynthesis protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
95.6 kDa, 2 ポリマー
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2

D: Putative capsular polysaccharide biosynthesis protein

C: Putative capsular polysaccharide biosynthesis protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
95.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	79.330, 99.982, 110.422
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.66, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	A	6 - 403
2	1	B	6 - 403
1	2	A	6 - 404
2	2	C	6 - 404
1	3	A	6 - 404
2	3	D	6 - 404
1	4	B	4 - 404
2	4	C	4 - 404
1	5	B	4 - 404
2	5	D	4 - 404
1	6	C	4 - 408
2	6	D	4 - 408

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Putative capsular polysaccharide biosynthesis protein 分子量: 47820.371 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain ATCC BAA-334 / TIGR4) (肺炎レンサ球菌) 遺伝子: SP_1837, Spr1654 / プラスミド: pET23B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 Express / 参照: UniProt: A0A0H2URM1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 713 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Putative capsular polysaccharide biosynthesis protein

分子量: 47820.371 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain ATCC BAA-334 / TIGR4) (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: SP_1837, Spr1654 / プラスミド: pET23B / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 Express / 参照: UniProt: A0A0H2URM1

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 713 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.79 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Sodium acetate trihydrate 0.1 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5 30% w/v Polyethylene glycol 8 000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 130980 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / R_merge(I) obs: 0.444 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 13145

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4LC3

4lc3

解像度: 1.9→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.915 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.892 / SU B: 10.034 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.168 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.265	6467	4.9 %	RANDOM
R_work	0.236	-	-	-
obs	0.238	130980	97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.09 Å²	-0 Å²	0.04 Å²
2-	-	-0.06 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.9→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12564	0	0	713	13277

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	12829
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.02	12231
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.572	1.965	17431
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.371	3	28255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.335	5	1590
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.034	24.481	549
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.769	15	2223
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.404	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	2027
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	14266
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	2766
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.646	1.386	6378
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.646	1.386	6377
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.081	2.073	7962
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.081	2.073	7963
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.7	1.494	6451
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.7	1.495	6452
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.146	2.203	9470
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.887	11.86	15188
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.794	11.608	14930
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	51110	0.07
1	2	B	51110	0.07
2	1	A	50802	0.06
2	2	C	50802	0.06
3	1	A	50374	0.07
3	2	D	50374	0.07
4	1	B	50572	0.07
4	2	C	50572	0.07
5	1	B	50670	0.07
5	2	D	50670	0.07
6	1	C	50854	0.07
6	2	D	50854	0.07

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.343	507	-
R_work	0.318	9221	-
obs	-	-	98.11 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5755	-0.5162	0.0588	1.1191	0.0898	0.4231	-0.0216	0.0338	0.0708	-0.023	0.017	-0.1425	-0.0564	0.0816	0.0046	0.0261	-0.0145	0.058	0.0168	-0.0088	0.2036	11.746	80.274	3.57
2	1.9774	0.5626	-0.311	0.9591	0.0887	0.746	-0.0343	-0.2186	-0.0577	0.0656	-0.0237	-0.1611	0.0861	0.1836	0.058	0.0261	0.0267	-0.0463	0.0608	0.0047	0.2019	4.677	107.852	50.924
3	1.9073	0.3947	0.2227	1.1151	-0.0392	0.5919	-0.0822	-0.1425	0.2279	0.0254	0.0538	0.1875	-0.1306	-0.0918	0.0283	0.039	0.0335	-0.0284	0.0363	-0.0245	0.181	-29.591	109.564	49.749
4	1.2454	-0.3354	-0.1583	1.3482	-0.0004	0.4426	-0.0643	0.0767	-0.1479	-0.0045	0.0086	0.3356	0.1423	-0.0752	0.0557	0.0597	-0.0301	0.0689	0.0172	-0.0288	0.2855	-22.668	78.559	4.498

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 404
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	4 - 404
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	4 - 408
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	4 - 404

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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