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- PDB-6euv: Structure of the midlink and cap-binding domains of influenza A p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6euv
タイトルStructure of the midlink and cap-binding domains of influenza A polymerase PB2 subunit with a bound azaindole cap-binding inhibitor (VX-787)
要素Polymerase basic protein 2
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Influenza A polymerase / PB2 subunit / cap-binding domain / cap-binding inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / virion component / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription ...cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / virion component / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / Influenza RNA polymerase PB2 C-terminal domain ...Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / Influenza RNA polymerase PB2 C-terminal domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 6th domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 CAP binding domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 helical domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-21G / NICKEL (II) ION / Polymerase basic protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Cusack, S. / Lethier, M.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
European Research Council322586 フランス
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Capped RNA primer binding to influenza polymerase and implications for the mechanism of cap-binding inhibitors.
著者: Pflug, A. / Gaudon, S. / Resa-Infante, P. / Lethier, M. / Reich, S. / Schulze, W.M. / Cusack, S.
履歴
登録2017年10月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月7日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase basic protein 2
C: Polymerase basic protein 2
F: Polymerase basic protein 2
I: Polymerase basic protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,72814
ポリマ－130,0974
非ポリマー2,63110
水1,838102
1
A: Polymerase basic protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3824
ポリマ－32,5241
非ポリマー8573
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Polymerase basic protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3824
ポリマ－32,5241
非ポリマー8573
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
F: Polymerase basic protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9823
ポリマ－32,5241
非ポリマー4582
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
I: Polymerase basic protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9823
ポリマ－32,5241
非ポリマー4582
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.490, 80.320, 92.320
Angle α, β, γ (deg.)89.54, 107.12, 99.11
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12A
22F
13A
23I
14C
24F
15C
25I
16F
26I

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11TYRTYRAA252 - 5316 - 285
21TYRTYRCB252 - 5316 - 285
12SERSERAA252 - 5326 - 286
22SERSERFC252 - 5326 - 286
13TYRTYRAA252 - 5316 - 285
23TYRTYRID252 - 5316 - 285
14TYRTYRCB252 - 5316 - 285
24TYRTYRFC252 - 5316 - 285
15SERSERCB252 - 5336 - 287
25SERSERID252 - 5336 - 287
16TYRTYRFC252 - 5316 - 285
26TYRTYRID252 - 5316 - 285

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase subunit P3


分子量: 32524.322 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cap-midlink double domain residues 247-536
由来: (組換発現) Influenza A virus (strain A/Victoria/3/1975 H3N2) (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: PB2 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): star / 参照: UniProt: P31345
#2: 化合物
ChemComp-21G / (2S,3S)-3-[[5-fluoranyl-2-(5-fluoranyl-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)pyrimidin-4-yl]amino]bicyclo[2.2.2]octane-2-carboxylic acid / 3-[[5-fluoro-2-(5-fluoro-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)pyrimidin-4-yl]amino]bicyclo[2.2.2]octane-2-carboxylic acid / VX787 / (2S,3S)-3-((5-fluoro-2-(5-fluoro-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)pyrimidin-4-yl)amino)bicyclo[2.2.2]octane-2-carboxylic acid


分子量: 399.394 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H19F2N5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: Crystals were obtained by mixing protein at 16 mg per mL mixed with 2 mM VX-787 in 0.1 M MES pH6, 0.7 M sodium formate pH 6.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 38468 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 1.69 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 5.99
反射 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 1.55 % / Rmerge(I) obs: 0.698 / Mean I/σ(I) obs: 1.02 / CC1/2: 0.508 / % possible all: 94.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6EUX

6eux


解像度: 2.7→43.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 16.915 / SU ML: 0.336 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 3.957 / ESU R Free: 0.392 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28168 1837 4.8 %RANDOM
Rwork0.2428 ---
obs0.24469 36631 94.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 49.627 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.24 Å20.95 Å2-1.09 Å2
2--3.2 Å20.72 Å2
3----2.4 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.7→43.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8713 0 178 102 8993
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0199121
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.028642
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4911.98812304
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.953319963
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.37751113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.8922.995414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.121151688
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.99215105
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.21416
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0210008
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021853
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0624.8864464
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0534.8864463
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.937.3165573
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.937.3175574
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1055.2114657
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.1055.2124658
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.0627.6776732
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.62354.7689693
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.62254.7779684
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A172120.04
12C172120.04
21A172860.03
22F172860.03
31A172480.04
32I172480.04
41C171560.04
42F171560.04
51C173400.04
52I173400.04
61F172140.04
62I172140.04
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 135 -
Rwork0.355 2688 -
obs--93.76 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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