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- PDB-6etd: The Structure of the Mo-insertase domain Cnx1E from Arabidopsis t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6etd
タイトルThe Structure of the Mo-insertase domain Cnx1E from Arabidopsis thaliana in complex with AMP
要素Molybdopterin biosynthesis protein CNX1
キーワードPLANT PROTEIN / Arabidopsis / Arabidopsis Proteins / Coenzymes / Metalloproteins / Catalytic Domain / Nucleotide Binding / Entropic Enzyme / Adenosine Monophosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


molybdopterin adenylyltransferase / molybdopterin adenylyltransferase activity / molybdopterin molybdotransferase / molybdopterin molybdotransferase activity / nitrate reductase activity / auxin-activated signaling pathway / molybdenum ion binding / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / response to metal ion / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Molybdopterin biosynthesis moeA protein; domain 3 / Molybdopterin biosynthesis moea protein, domain 3. / Beta-clip / MoeA, C-terminal, domain IV / Molybdenum cofactor biosynthesis proteins signature 2. / Molybdopterin biosynthesis moea protein, domain 2 / Molybdenum cofactor biosynthesis proteins signature 1. / MoeA, N-terminal and linker domain / MoeA, C-terminal, domain IV / MoeA, N-terminal and linker domain superfamily ...Molybdopterin biosynthesis moeA protein; domain 3 / Molybdopterin biosynthesis moea protein, domain 3. / Beta-clip / MoeA, C-terminal, domain IV / Molybdenum cofactor biosynthesis proteins signature 2. / Molybdopterin biosynthesis moea protein, domain 2 / Molybdenum cofactor biosynthesis proteins signature 1. / MoeA, N-terminal and linker domain / MoeA, C-terminal, domain IV / MoeA, N-terminal and linker domain superfamily / MoeA, C-terminal, domain IV superfamily / Molybdopterin biosynthesis protein MoeA-like / MoeA N-terminal region (domain I and II) / MoeA C-terminal region (domain IV) / Molybdopterin biosynthesis moea protein, domain 2 / Molybdenum cofactor biosynthesis, conserved site / MoaB/Mog-like domain / Molybdenum Cofactor Biosythetic Enzyme; Chain A / MoaB/Mog domain / MoaB/Mog-like domain superfamily / Probable molybdopterin binding domain / Probable molybdopterin binding domain / Beta Complex / Alpha-Beta Complex / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL GROUP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Molybdopterin biosynthesis protein CNX1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.723 Å
データ登録者Krausze, J.
引用ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2018
タイトル: The functional principle of eukaryotic molybdenum insertases.
著者: Krausze, J. / Hercher, T.W. / Zwerschke, D. / Kirk, M.L. / Blankenfeldt, W. / Mendel, R.R. / Kruse, T.
履歴
登録2017年10月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Molybdopterin biosynthesis protein CNX1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,53110
ポリマ－49,7791
非ポリマー7529
水6,593366
1
A: Molybdopterin biosynthesis protein CNX1
ヘテロ分子

A: Molybdopterin biosynthesis protein CNX1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,06220
ポリマ－99,5582
非ポリマー1,50418
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
Buried area12780 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area31950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.130, 123.640, 132.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Molybdopterin biosynthesis protein CNX1 / Molybdenum cofactor biosynthesis enzyme CNX1


分子量: 49779.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Oxidation of Cys-161 due to radiation damge
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CNX1, At5g20990, F22D1.6, T10F18.20 / プラスミド: pGpus-Cnx1E / 詳細 (発現宿主): pQE80 derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RK5204
参照: UniProt: Q39054, molybdopterin molybdotransferase, molybdopterin adenylyltransferase

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非ポリマー , 5種, 375分子

#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-ACE / ACETYL GROUP / アセトアルデヒド


分子量: 44.053 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20 % (v/v) 1,2-Ehanediol; 10 % (w/v) PEG 8000; 0.3 M MgCl2; 0.3 M CaCl2; 0.1 M Tris/BICINE, 0.015 M MgxAMP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月3日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: SI111 double crystal with sagital bender
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.723→45.135 Å / Num. obs: 38415 / % possible obs: 66.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.43 % / Biso Wilson estimate: 29.06 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 1.723→1.958 Å / 冗長度: 4.28 % / Rmerge(I) obs: 0.659 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2744 / CC1/2: 0.674 / Rpim(I) all: 0.555 / Rrim(I) all: 0.865 / % possible all: 15.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
MxCuBEデータ収集
XDSJun 1, 2017データ削減
STARANISO1.0.5データスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5G2R

5g2r


解像度: 1.723→45.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU R Cruickshank DPI: 0.196 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.142 / SU Rfree Blow DPI: 0.129 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.125
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.209 2029 5.28 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs0.179 38413 66.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 31.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.459 Å20 Å20 Å2
2--1.809 Å20 Å2
3----1.35 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.723→45.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3093 0 56 366 3515
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016491HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0711821HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1428SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes976HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6491HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.62
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion13.83
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion443SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies4HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7029SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.723→1.77 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3921 -4.17 %
Rwork0.2658 115 -
obs--2.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.67940.00850.57570.3599-0.00951.35310.0548-0.23110.16140.1715-0.10340.0214-0.1684-0.21630.0486-0.0498-0.02430.0293-0.0274-0.0426-0.073529.544918.044826.7476
20.52370.0907-0.0820.75440.21091.13870.06210.0850.1021-0.139-0.03780.0909-0.2356-0.0514-0.0243-0.05590.04580.0013-0.04510.0339-0.05125.6120.5445-16.7968
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|16 - 192 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|193 - 442 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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