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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6et9 | ||||||
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タイトル | Structure of the acetoacetyl-CoA-thiolase/HMG-CoA-synthase complex from Methanothermococcus thermolithotrophicus at 2.75 A | ||||||
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![]() | TRANSFERASE / Isoprenoid synthesis / enzymatic channeling / mevalonate production / archaea / lipid biosynthesis / multi-enzymatic complex / scaffold protein / DUF35 family | ||||||
機能・相同性 | ![]() acetyl-CoA C-acetyltransferase / acetyl-CoA C-acetyltransferase activity / acyltransferase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Engilberge, S. / Voegeli, B. / Girard, E. / Riobe, F. / Maury, O. / Erb, T.J. / Shima, S. / Wagner, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Archaeal acetoacetyl-CoA thiolase/HMG-CoA synthase complex channels the intermediate via a fused CoA-binding site. 著者: Vogeli, B. / Engilberge, S. / Girard, E. / Riobe, F. / Maury, O. / Erb, T.J. / Shima, S. / Wagner, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 544 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 566.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 118.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 162.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 3種, 12分子 ABCDEFGHIJKL
#1: タンパク質 | 分子量: 41943.410 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 詳細: The side chain of Phe57 from chain A, B, C and D has been omitted in the model. The catalytic cysteine 85 is partially acetylated. 由来: (天然) ![]() 細胞株: / / 器官: / / Variant: wild-type / 株: DSM 2095, strain SN-1 / 組織: / 参照: UniProt: A0A384E138*PLUS, acetyl-CoA C-acetyltransferase #2: タンパク質 | 分子量: 14910.377 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 細胞株: / / 器官: / / Variant: / / 株: DSM 2095, strain SN-1 / 組織: / / 参照: UniProt: A0A384E139*PLUS #3: タンパク質 | 分子量: 37520.570 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: The catalytic cysteine 114 is partially acetylated. 由来: (天然) ![]() 細胞株: / / 器官: / / Variant: / / 株: DSM 2095, strain SN-1 / 組織: / 参照: UniProt: A0A384E143*PLUS, hydroxymethylglutaryl-CoA synthase |
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-非ポリマー , 8種, 507分子 ![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
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![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-TRS / #6: 化合物 | ChemComp-K / #7: 化合物 | ChemComp-CL / #8: 化合物 | ChemComp-MG / | #9: 化合物 | ChemComp-GOL / #10: 化合物 | ChemComp-ZN / #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.53 % 解説: Transparent square crystal of about 100 micron cube. |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Crystallization was done under air using the sitting drop method (in a 24-well junior clover plate from Jena Bioscience). The crystallization reservoir contained 100 mM Tris/HCl pH 8.0, 25- ...詳細: Crystallization was done under air using the sitting drop method (in a 24-well junior clover plate from Jena Bioscience). The crystallization reservoir contained 100 mM Tris/HCl pH 8.0, 25-28% v/v pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH, average Molecular weight, about 797 Da) and 50 mM MgCl2. Crystallization drop contained 1 to 2 ul of the purified fraction containing Thiolase/HMGCS complex at 50-60 mg/ml (pure at 60%) with 10 mM Tb-Xo4 mixed with 1 ul of precipitant. PH範囲: 8.0 - 9.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.38546 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.75→48.9 Å / Num. obs: 92965 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 56.34 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.279 / Rpim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 8.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.75→2.9 Å / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 1.249 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 13426 / CC1/2: 0.324 / Rpim(I) all: 0.354 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.75→48.387 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.98 詳細: Four molecules of Tb-Xo4 are present at low occupancy and might be replaced by Tris buffer molecule from the crystallization solution. That is why only Tris molecules have been modeled.
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52.62 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.75→48.387 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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