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- PDB-6et3: Crystal structure of PqsBC (C129S) mutant from Pseudomonas aerugi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6et3
タイトルCrystal structure of PqsBC (C129S) mutant from Pseudomonas aeruginosa (crystal form 4)
要素
  • PqsB
  • PqsC
キーワードTRANSFERASE / Pseudomonas Quinolone Signal / FabH / HHQ
機能・相同性
機能・相同性情報


2-heptyl-4(1H)-quinolone synthase / secondary metabolite biosynthetic process / acyltransferase activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III, C-terminal / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C terminal / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(R,R)-2,3-BUTANEDIOL / 2-heptyl-4(1H)-quinolone synthase subunit PqsC / 2-heptyl-4(1H)-quinolone synthase subunit PqsB
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Witzgall, F. / Blankenfeldt, W.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2018
タイトル: The Alkylquinolone Repertoire of Pseudomonas aeruginosa is Linked to Structural Flexibility of the FabH-like 2-Heptyl-3-hydroxy-4(1H)-quinolone (PQS) Biosynthesis Enzyme PqsBC.
著者: Witzgall, F. / Depke, T. / Hoffmann, M. / Empting, M. / Bronstrup, M. / Muller, R. / Blankenfeldt, W.
履歴
登録2017年10月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PqsC
B: PqsB
C: PqsC
D: PqsB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,91812
ポリマ－138,1674
非ポリマー7518
水9,224512
1
A: PqsC
B: PqsB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,6428
ポリマ－69,0842
非ポリマー5596
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3960 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area21980 Å2
手法PISA
2
C: PqsC
D: PqsB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,2764
ポリマ－69,0842
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4790 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area22250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)205.184, 63.775, 119.131
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 120.780, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 15 or resid 17...
21(chain C and (resid 1 through 2 or (resid 3...
12(chain B and (resid 1 through 15 or resid 17...
22(chain D and (resid 1 through 15 or resid 17...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111METMETALAALA(chain A and (resid 1 through 15 or resid 17...AA1 - 154 - 18
121SERSERPROPRO(chain A and (resid 1 through 15 or resid 17...AA17 - 2920 - 32
131ASPASPASPASP(chain A and (resid 1 through 15 or resid 17...AA3033
141METMETCYSCYS(chain A and (resid 1 through 15 or resid 17...AA1 - 3484 - 351
151METMETCYSCYS(chain A and (resid 1 through 15 or resid 17...AA1 - 3484 - 351
161METMETCYSCYS(chain A and (resid 1 through 15 or resid 17...AA1 - 3484 - 351
171METMETCYSCYS(chain A and (resid 1 through 15 or resid 17...AA1 - 3484 - 351
211METMETHISHIS(chain C and (resid 1 through 2 or (resid 3...CC1 - 24 - 5
221LYSLYSLYSLYS(chain C and (resid 1 through 2 or (resid 3...CC36
231GLYGLYCYSCYS(chain C and (resid 1 through 2 or (resid 3...CC-2 - 3481 - 351
241GLYGLYCYSCYS(chain C and (resid 1 through 2 or (resid 3...CC-2 - 3481 - 351
251GLYGLYCYSCYS(chain C and (resid 1 through 2 or (resid 3...CC-2 - 3481 - 351
261GLYGLYCYSCYS(chain C and (resid 1 through 2 or (resid 3...CC-2 - 3481 - 351
271GLYGLYCYSCYS(chain C and (resid 1 through 2 or (resid 3...CC-2 - 3481 - 351
281GLYGLYCYSCYS(chain C and (resid 1 through 2 or (resid 3...CC-2 - 3481 - 351
112METMETVALVAL(chain B and (resid 1 through 15 or resid 17...BB1 - 151 - 15
122LEULEULEULEU(chain B and (resid 1 through 15 or resid 17...BB1717
132GLYGLYASPASP(chain B and (resid 1 through 15 or resid 17...BB19 - 3119 - 31
142METMETVALVAL(chain B and (resid 1 through 15 or resid 17...BB33 - 22333 - 223
152GLUGLUGLNGLN(chain B and (resid 1 through 15 or resid 17...BB225 - 251225 - 251
162ARGARGARGARG(chain B and (resid 1 through 15 or resid 17...BB252252
172METMETGLYGLY(chain B and (resid 1 through 15 or resid 17...BB1 - 2791 - 279
182METMETGLYGLY(chain B and (resid 1 through 15 or resid 17...BB1 - 2791 - 279
192METMETGLYGLY(chain B and (resid 1 through 15 or resid 17...BB1 - 2791 - 279
1102METMETGLYGLY(chain B and (resid 1 through 15 or resid 17...BB1 - 2791 - 279
1112METMETGLYGLY(chain B and (resid 1 through 15 or resid 17...BB1 - 2791 - 279
212METMETVALVAL(chain D and (resid 1 through 15 or resid 17...DD1 - 151 - 15
222LEULEULEULEU(chain D and (resid 1 through 15 or resid 17...DD1717
232GLYGLYASPASP(chain D and (resid 1 through 15 or resid 17...DD19 - 3119 - 31
242METMETVALVAL(chain D and (resid 1 through 15 or resid 17...DD33 - 5133 - 51
252LYSLYSLYSLYS(chain D and (resid 1 through 15 or resid 17...DD5252
262METMETALAALA(chain D and (resid 1 through 15 or resid 17...DD1 - 2811 - 281
272METMETALAALA(chain D and (resid 1 through 15 or resid 17...DD1 - 2811 - 281
282METMETALAALA(chain D and (resid 1 through 15 or resid 17...DD1 - 2811 - 281
292METMETALAALA(chain D and (resid 1 through 15 or resid 17...DD1 - 2811 - 281
2102METMETALAALA(chain D and (resid 1 through 15 or resid 17...DD1 - 2811 - 281

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 PqsC


分子量: 38551.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: pqsC, PA0998 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I4X1
#2: タンパク質 PqsB


分子量: 30531.760 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: pqsB, PA0997 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I4X2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-BU3 / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL


分子量: 90.121 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 512 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris (pH 6.5), 2 M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→48.211 Å / Num. obs: 63167 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 38.53 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.127 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.25-2.316.41.04144100.70.4451.134100
10.31-48.216.60.0297050.9990.0120.03299.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2875精密化
Aimless0.5.25データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
Cootモデル構築
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ET0

6et0


解像度: 2.25→48.211 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.37
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2008 3061 4.85 %
Rwork0.1692 --
obs0.1708 63144 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 155.29 Å2 / Biso mean: 55.3049 Å2 / Biso min: 23.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→48.211 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9220 0 73 512 9805
Biso mean--85.44 45.65 -
残基数----1216
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0029560
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54613022
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431463
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031724
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3645796
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3373X-RAY DIFFRACTION8.196TORSIONAL
12C3373X-RAY DIFFRACTION8.196TORSIONAL
21B3030X-RAY DIFFRACTION8.196TORSIONAL
22D3030X-RAY DIFFRACTION8.196TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.25-2.28520.28751550.260227142869
2.2852-2.32260.25011320.24526892821
2.3226-2.36270.26681560.249227092865
2.3627-2.40560.27771280.238526672795
2.4056-2.45190.32991380.248927742912
2.4519-2.5020.27631550.240226882843
2.502-2.55640.27531520.223127022854
2.5564-2.61580.23261270.205126902817
2.6158-2.68120.21371310.193227402871
2.6812-2.75370.23351410.201827442885
2.7537-2.83470.21451300.187826952825
2.8347-2.92620.21721510.193527202871
2.9262-3.03080.27941140.192727462860
3.0308-3.15210.22211320.189827282860
3.1521-3.29550.22761200.166927382858
3.2955-3.46930.17351500.155627382888
3.4693-3.68650.14081480.144627252873
3.6865-3.97110.16541370.134227542891
3.9711-4.37040.1641310.120927342865
4.3704-5.00230.14891570.120427652922
5.0023-6.30010.19991470.15727662913
6.3001-48.22160.20011290.178928572986
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.615-0.48820.83772.54540.70732.62210.3493-0.2018-0.03090.6985-0.1115-0.39570.7281-0.129-0.27910.648-0.1312-0.05170.34870.10080.3308184.8718-21.96847.2104
24.48440.34410.66462.94110.44862.27640.29510.0519-0.5320.1948-0.2776-0.09310.7831-0.08560.0140.5425-0.0718-0.03360.270.00310.3346180.8302-29.377-12.8107
36.3844-1.62710.61077.815839.4902-0.004-0.0450.0994-0.0188-0.10730.19230.0375-0.51910.07570.3307-0.12190.03530.3153-0.00660.238168.2795-20.7385-10.9217
45.2915-1.06883.04240.42820.04513.96720.1655-0.00790.12150.1229-0.1969-0.00740.393-0.16020.04250.4453-0.12220.0040.31020.02080.3011178.863-22.0452-4.332
55.84151.58694.57681.98911.6556.8239-0.0683-0.54490.42020.0026-0.54840.0779-0.2224-1.38830.55440.40470.00060.09581.0162-0.13110.4865163.2603-14.03690.7365
63.645-0.74890.55582.76971.02723.1378-0.0605-0.63080.2080.6042-0.29530.25590.4035-1.16350.31980.6252-0.2710.03210.781-0.09640.3571168.9361-17.2059.6666
71.7367-2.36351.30854.2278-0.77211.9262-0.0912-0.6354-0.32160.6593-0.28970.3990.6082-1.83530.00140.7495-0.43350.18771.0081-0.06470.4175164.59-23.04834.5942
82.92360.579-1.28382.0617-0.09852.9030.2357-0.19560.42650.3487-0.17730.2465-0.4927-0.2759-0.05980.39010.0230.00830.3841-0.10350.3247174.3272-3.6723-20.575
94.81340.55230.05212.02420.01582.46740.02230.2684-0.1277-0.0668-0.06870.1042-0.0211-0.36620.04920.2641-0.0115-0.01080.3186-0.0550.2208174.3995-13.8427-31.634
101.8680.8158-2.28441.343-1.4864.9064-0.06560.10340.1015-0.26460.06730.1-0.1297-0.1874-0.08910.3780.059-0.0710.42570.07960.4102179.729319.468724.5974
114.80683.7122-3.91744.2637-2.58633.6363-0.74571.681-0.0397-0.40510.50570.13120.3531-0.8480.19860.572-0.0603-0.01490.69670.00610.3923186.061816.34794.8189
121.78260.9981-0.7240.7298-0.74783.03970.1365-0.03940.2720.0315-0.03360.0756-0.5378-0.0932-0.1150.36760.0475-0.00560.2074-0.01090.2973187.68318.660835.34
133.25611.5065-2.90980.6571-1.84835.9425-0.175-0.0853-0.1728-0.3193-0.1107-0.01470.07410.17560.38130.33230.03980.00310.21560.02540.3263187.991215.072524.2075
142.64960.5182-0.70311.2009-0.11481.94470.02470.12620.0336-0.1002-0.01990.1503-0.0942-0.2477-0.01520.32440.0395-0.08390.27540.03830.2475181.6666.391628.4493
156.79120.0662.70296.93963.78067.5592-0.24850.7722-0.0719-0.44480.0007-0.2811-0.279-0.15510.20110.55560.00360.06340.46230.05470.2897201.536811.235411.2442
168.33-3.8516-7.45642.78983.45398.40350.3030.5085-0.5169-0.4142-0.4484-0.1744-0.4176-0.00490.11840.4401-0.0607-0.13280.59790.02290.4277176.3866-1.883518.6282
172.46890.3665-1.43662.1762-0.61143.65650.15950.42390.043-0.23670.08160.293-0.0399-0.8345-0.22290.43110.0975-0.12240.54630.0710.3933171.403211.170718.2498
183.5694-1.1837-0.11012.88210.02311.81580.22120.09180.0817-0.1877-0.04480.5671-0.31-0.7677-0.16320.34990.0998-0.05470.54260.06380.372170.220611.436227.1394
194.43172.9653-4.13852.8469-2.19714.70410.3924-0.3569-0.7065-0.0573-0.3358-0.18670.08150.3025-0.04530.35040.04-0.03010.31790.02430.3939204.8181-6.971741.2894
202.7686-2.6103-3.12856.95622.77813.59070.029-0.31930.0315-0.13130.0432-0.28310.01650.7274-0.00230.22870.0247-0.00920.36630.02360.3054214.30771.279337.6215
215.13236.9173-5.21469.3309-7.01495.3091-0.1988-0.1027-1.0425-0.1584-0.055-0.46540.89760.310.3440.46150.0341-0.02340.299-0.00250.4656199.1854-12.80233.675
225.23231.9443-1.2071.1871-1.4153.91680.06050.3292-0.388-0.14360.0162-0.05990.31590.0373-0.05890.32090.0452-0.06290.2288-0.00660.33195.7669-4.014927.5098
233.6962-2.2897-1.36251.8284-0.2285.9208-0.1019-0.0971-0.1129-0.0882-0.05280.3542-0.0527-0.23570.1140.2052-0.0059-0.05650.16540.04340.2434186.3739-0.368237.5901
244.1445-0.41190.82260.0148-0.13213.8406-0.09670.0972-0.0751-0.02640.0592-0.05950.02790.57260.04430.27410.04250.01530.23050.00470.2968202.64931.954436.98
255.00781.615-0.07942.97161.14574.63610.1217-0.50860.26380.1707-0.12660.1744-0.1813-0.00040.0170.16260.0563-0.04260.23140.05640.1734195.04316.013348.9306
262.9973-0.02521.61942.36710.53026.08440.34730.05420.2484-0.29880.0699-0.1441-0.83671.0444-0.3870.3236-0.11480.03480.3651-0.01140.3483210.523114.256431.4758
273.45480.5248-2.57352.31720.4512.66320.0621-0.8009-0.18430.31840.0315-0.30750.20230.5936-0.0850.3896-0.0103-0.07890.55690.03980.3122203.29922.160954.5275
285.34871.212-2.84675.1483-4.66788.4631-0.2586-0.34-0.6564-0.0210.0624-0.1810.56910.23750.1930.2405-0.0336-0.05240.30380.04910.2998198.1409-6.822150.7611
295.91284.2636-1.18185.09340.57666.26880.0524-0.1927-0.15480.219-0.00850.05680.34180.1673-0.08090.16920.0506-0.04660.32060.02120.2337194.2471-0.886748.9548
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 45 )A1 - 45
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 46 through 115 )A46 - 115
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 116 through 144 )A116 - 144
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 145 through 184 )A145 - 184
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 185 through 242 )A185 - 242
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 243 through 314 )A243 - 314
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 315 through 348 )A315 - 348
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 132 )B1 - 132
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 133 through 279 )B133 - 279
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid -2 through 25 )C-2 - 25
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 26 through 45 )C26 - 45
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 46 through 144 )C46 - 144
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 145 through 175 )C145 - 175
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 176 through 212 )C176 - 212
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 213 through 232 )C213 - 232
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 233 through 256 )C233 - 256
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 257 through 314 )C257 - 314
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 315 through 348 )C315 - 348
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 1 through 17 )D1 - 17
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 18 through 33 )D18 - 33
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 34 through 49 )D34 - 49
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 50 through 88 )D50 - 88
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 89 through 117 )D89 - 117
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 118 through 145 )D118 - 145
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 146 through 176 )D146 - 176
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 177 through 201 )D177 - 201
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 202 through 238 )D202 - 238
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 239 through 264 )D239 - 264
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 265 through 281 )D265 - 281

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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