+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6esd | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of L-tryptophan oxidase VioA from Chromobacterium violaceum | ||||||
要素 | Flavin-dependent L-tryptophan oxidase VioA | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Violacein biosynthesis / L-tryptophan oxidase | ||||||
機能・相同性 | 7-chloro-L-tryptophan oxidase / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / antibiotic biosynthetic process / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / oxidoreductase activity / metal ion binding / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Flavin-dependent L-tryptophan oxidase VioA 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Chromobacterium violaceum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Lai, H.E. / Morgan, M. / Moore, S. / Freemont, P. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Biorxiv / 年: 2017 タイトル: A semi-synthetic strategy for derivatization of the violacein natural product scaffold 著者: Lai, H.E. / Chee, S.M. / Morgan, M. / Moore, S. / Polizzi, K. / Freemont, P. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6esd.cif.gz | 172.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6esd.ent.gz | 133.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6esd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6esd_validation.pdf.gz | 934.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6esd_full_validation.pdf.gz | 948.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6esd_validation.xml.gz | 32.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6esd_validation.cif.gz | 43.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/6esd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/6esd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46609.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chromobacterium violaceum (strain ATCC 12472 / DSM 30191 / JCM 1249 / NBRC 12614 / NCIMB 9131 / NCTC 9757) (バクテリア) 株: ATCC 12472 / DSM 30191 / JCM 1249 / NBRC 12614 / NCIMB 9131 / NCTC 9757 遺伝子: vioA, CV_3274 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9S3V1, 7-chloro-L-tryptophan oxidase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.27 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM HEPES pH 7.5, 9% PEG 8000 and 9% ethylene glycol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9282 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→63.78 Å / Num. obs: 38134 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.55 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04776 / Rrim(I) all: 0.05391 / Net I/σ(I): 24.35 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.693 Å / 冗長度: 4.02 % / Rmerge(I) obs: 0.302 / Mean I/σ(I) obs: 4.34 / Num. unique obs: 3731 / CC1/2: 0.907 / Rrim(I) all: 0.3465 / % possible all: 96 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3X0V 解像度: 2.6→63.778 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.59
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→63.778 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|