PDB-6es1: Crystal structure of the binding domain from botulinum neurotoxin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6es1

タイトル

Crystal structure of the binding domain from botulinum neurotoxin A2 bound to extracellular domain of human receptor SV2C

要素

Botulinum neurotoxin type A
Synaptic vesicle glycoprotein 2C

キーワード

PROTEIN BINDING / Receptor / Human / Clostridium botulinum / Binding domain / SV2C

機能・相同性

機能・相同性情報

Toxicity of botulinum toxin type F (botF) / Toxicity of botulinum toxin type D (botD) / Toxicity of botulinum toxin type A (botA) / bontoxilysin / dopaminergic synapse / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / neurotransmitter transport / regulation of synaptic vesicle exocytosis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Gustafsson, R. / Masuyer, G. / Stenmark, P.

資金援助

スウェーデン,

米国, 4件

組織	認可番号	国
Swedish Research Council	2014-5667	スウェーデン
Wenner-Gren Foundation		スウェーデン
Swedish Cancer Society		スウェーデン
National Institutes of Health	1R01NS080833	米国

引用

ジャーナル: Toxins (Basel) / 年: 2018
タイトル: Crystal Structure of Botulinum Neurotoxin A2 in Complex with the Human Protein Receptor SV2C Reveals Plasticity in Receptor Binding.
著者: Gustafsson, R. / Zhang, S. / Masuyer, G. / Dong, M. / Stenmark, P.

履歴

登録	2017年10月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年4月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6es1.cif.gz	234.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6es1.ent.gz	186 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6es1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/6es1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/6es1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3btaS 4jraS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5jmc-2 4jra-1 5jlv-2 4bu2-d 5jmc-4 5jlv-1 5jmc-3 2eax-d 4jra-2 5jmc-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (8) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (6) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Botulinum neurotoxin type A

B: Synaptic vesicle glycoprotein 2C

ヘテロ分子

65.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.714, 122.108, 47.657
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Botulinum neurotoxin type A / BoNT/A / Bontoxilysin-A / BOTOX 分子量: 51643.477 Da / 分子数: 1 / 断片: Binding domain, UNP residues 874-1296 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) 遺伝子: botA, atx, bna / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q45894, bontoxilysin
#2: タンパク質	Synaptic vesicle glycoprotein 2C 分子量: 13878.354 Da / 分子数: 1 / 断片: luminal domain 4, UNP residues 474-567 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SV2C, KIAA1054 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): T1R / 参照: UniProt: Q496J9
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 359 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.160 mM HcA2 (8.27 mg/mL), 0.160 mM SV2CL4 (2.24 mg/mL), 2 mM Sialylated Thomsen-Friedenreich carbohydrate antigen (Sialyl-T). Reservoir solution: 200 mM CaCl2, 100 mM MES pH 6.0, 20 % PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.919908 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.919908 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→47.66 Å / Num. obs: 40692 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.2 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.242 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 13.4 % / R_merge(I) obs: 1.237 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2897 / CC_1/2: 0.481 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4JRA chain C; 3BTA

4jra

3bta

解像度: 2→47.66 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 10.605 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.162 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22967	2010	4.9 %	RANDOM
R_work	0.18139	-	-	-
obs	0.18387	38627	99.81 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.539 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.86 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.7 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2→47.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4234	0	4	359	4597

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.02	4383
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3961
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.663	1.934	5924
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.96	3	9221
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.947	5	525
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.602	25.044	228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.658	15	794
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.271	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	634
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4897
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	930
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.962	1.707	2089
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.959	1.704	2087
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.666	2.549	2617
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.665	2.551	2618
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.979	1.803	2294
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.979	1.804	2295
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.633	2.656	3308
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.758	20.237	5028
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.758	20.244	5029
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.998→2.05 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.296	114	-
R_work	0.29	2776	-
obs	-	-	97.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5773	1.1988	0.1149	2.3437	0.1848	0.9665	-0.0445	0.0768	0.0479	0.0777	0.0316	0.2336	-0.0201	-0.0438	0.0129	0.0329	0.0073	-0.0043	0.0138	0	0.0808	-24.9914	4.8469	-9.125
2	1.3551	-0.1156	0.1209	1.321	-0.6499	1.1298	0.0785	-0.015	0.173	0.0708	-0.0323	-0.127	-0.1414	0.0408	-0.0462	0.0529	-0.0084	0.0192	0.0221	-0.0311	0.0883	-5.7734	33.1336	-16.646
3	1.5047	-0.3934	0.1246	1.4537	-0.4858	2.3109	0.0926	0.1997	0.1011	-0.1804	-0.0721	-0.0362	0.1637	0.0358	-0.0205	0.049	0.019	0.0029	0.0367	-0.01	0.0649	-5.0597	27.9557	-25.7905
4	2.9429	-2.5493	0.4356	5.479	1.7162	2.4856	-0.0225	-0.3604	-0.0135	0.7895	0.0618	0.5076	0.1677	0.3121	-0.0393	0.3469	-0.1847	0.1912	0.3533	-0.1851	0.2219	11.1784	18.7596	19.2101
5	5.6904	-0.1264	-1.7808	5.309	-0.3343	0.8149	-0.0902	-0.1409	0.1443	0.0963	0.2042	-0.1636	0.0119	0.1696	-0.114	0.0793	-0.0316	-0.0291	0.1143	-0.0462	0.0455	16.9853	19.6607	13.8374
6	4.5226	-0.6826	-0.1649	4.8889	0.1716	0.5546	0.0237	-0.0313	0.1562	-0.0869	0.0998	-0.2971	-0.0488	0.0835	-0.1234	0.0534	-0.0078	-0.002	0.0203	-0.0244	0.0491	16.4179	19.6079	7.4459
7	1.4043	0.9308	-0.5227	4.5496	-1.063	2.4494	-0.027	0.0164	-0.0397	-0.3251	0.1201	0.0059	0.1245	0.0341	-0.0931	0.0381	-0.0204	-0.0073	0.0261	-0.0091	0.0209	10.3245	17.0245	4.2642
8	0.9942	-0.9431	-0.0391	4.6056	-0.4919	2.1701	-0.0215	0.124	-0.0793	-0.2074	0.0636	-0.0205	0.0299	0.0475	-0.0421	0.0603	-0.0185	-0.0181	0.0277	-0.0142	0.025	10.2603	16.0443	0.0108

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	876 - 1093
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1094 - 1223
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	1224 - 1295
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	473 - 484
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	485 - 501
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	502 - 532
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	533 - 548
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	549 - 567

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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