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- PDB-6ery: The crystal structure of mouse chloride intracellular channel pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ery
タイトルThe crystal structure of mouse chloride intracellular channel protein 6
要素Chloride intracellular channel protein 6
キーワードTRANSPORT PROTEIN / CLIC / GST / Glutathione Transferase / Ion channel / CHLORIDE CHANNEL
機能・相同性
機能・相同性情報


D3 dopamine receptor binding / D4 dopamine receptor binding / : / voltage-gated monoatomic ion channel activity / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / chloride channel activity / chloride channel complex / D2 dopamine receptor binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chloride intracellular channel protein 4/6 / Intracellular chloride channel / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin ...Chloride intracellular channel protein 4/6 / Intracellular chloride channel / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chloride intracellular channel protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.795 Å
データ登録者Ferofontov, A. / Giladi, M. / Haitin, Y.
資金援助 イスラエル, 1件
組織認可番号国
イスラエル
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Inherent flexibility of CLIC6 revealed by crystallographic and solution studies.
著者: Ferofontov, A. / Strulovich, R. / Marom, M. / Giladi, M. / Haitin, Y.
履歴
登録2017年10月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Chloride intracellular channel protein 6
A: Chloride intracellular channel protein 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2945
ポリマ－54,0052
非ポリマー2883
水5,549308
1
B: Chloride intracellular channel protein 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1953
ポリマ－27,0031
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Chloride intracellular channel protein 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0992
ポリマ－27,0031
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.623, 68.989, 80.980
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.140, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 361 through 367 or (resid 368...
21(chain B and ((resid 361 and (name N or name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETVALVAL(chain A and (resid 361 through 367 or (resid 368...AB361 - 3673 - 9
12LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 361 through 367 or (resid 368...AB36810
13METMETARGARG(chain A and (resid 361 through 367 or (resid 368...AB361 - 5943 - 236
14METMETARGARG(chain A and (resid 361 through 367 or (resid 368...AB361 - 5943 - 236
15METMETARGARG(chain A and (resid 361 through 367 or (resid 368...AB361 - 5943 - 236
16METMETARGARG(chain A and (resid 361 through 367 or (resid 368...AB361 - 5943 - 236
17METMETARGARG(chain A and (resid 361 through 367 or (resid 368...AB361 - 5943 - 236
21METMETMETMET(chain B and ((resid 361 and (name N or name...BA3613
22GLYGLYLYSLYS(chain B and ((resid 361 and (name N or name...BA359 - 5961 - 238
23GLYGLYLYSLYS(chain B and ((resid 361 and (name N or name...BA359 - 5961 - 238
24GLYGLYLYSLYS(chain B and ((resid 361 and (name N or name...BA359 - 5961 - 238
25GLYGLYLYSLYS(chain B and ((resid 361 and (name N or name...BA359 - 5961 - 238

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要素

#1: タンパク質 Chloride intracellular channel protein 6


分子量: 27002.738 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 363-596 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Clic6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8BHB9
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.98 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, LiSO4, Bis-Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→40.327 Å / Num. obs: 50630 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5.23 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 12.82
反射 シェル解像度: 1.7→1.75 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 2.955 / Mean I/σ(I) obs: 0.42 / Num. unique all: 3274 / % possible all: 87.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XSCALEデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AHE

2ahe


解像度: 1.795→40.327 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.45
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2196 1884 5 %
Rwork0.1813 --
obs0.1832 37676 86.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 159.29 Å2 / Biso mean: 38.9645 Å2 / Biso min: 15.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.795→40.327 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3545 0 15 308 3868
Biso mean--133.51 43.47 -
残基数----464
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083643
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9064962
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054557
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007649
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.6072586
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1960X-RAY DIFFRACTION12.124TORSIONAL
12B1960X-RAY DIFFRACTION12.124TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.795-1.84350.2896160.320930331910
1.8435-1.89780.2975570.26881085114234
1.8978-1.9590.32561300.26742463259377
1.959-2.02910.31680.254231883356100
2.0291-2.11030.26491650.238131473312100
2.1103-2.20630.27381670.23131653332100
2.2063-2.32260.25931680.199831973365100
2.3226-2.46810.23961670.186831783345100
2.4681-2.65870.25031690.188732073376100
2.6587-2.92610.26351670.183931723339100
2.9261-3.34940.20981690.186132173386100
3.3494-4.21920.17631690.148832113380100
4.2192-40.33710.1751720.15263259343199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8657-1.1311-0.58054.6538-0.01915.6246-0.00240.58390.2559-0.459-0.0399-0.616-0.19220.8344-0.0220.31460.01270.12850.33140.06620.3159-13.63118.248-24.7614
25.1508-0.15540.62193.02890.65993.4366-0.12090.31640.5406-0.35160.067-0.1599-0.57570.21890.03850.2446-0.01430.00930.22090.0350.2169-18.39257.5833-21.147
39.0045-1.0605-0.83828.15846.99286.624-0.38430.97820.218-0.0442-0.61781.0217-0.5656-0.940.56030.39590.0208-0.02560.3150.02210.2664-26.012711.0828-25.8225
44.35735.3704-2.07336.7922-1.20748.56060.1132-0.64950.87420.3905-0.12420.9852-0.635-0.31970.14160.24630.08590.00320.309-0.03440.3051-29.62348.584-17.0368
52.45242.49292.62114.20553.31693.7266-0.0753-0.27430.198-0.0221-0.17050.0296-0.3018-0.24710.25460.21420.0284-0.01430.18480.02420.2066-21.02679.368-5.8324
69.00036.68110.29845.46261.34623.50990.4417-0.42630.41350.7934-0.3743-0.0757-0.2890.1808-0.07590.3815-0.0526-0.06950.26890.00260.2848-12.04315.18166.7938
75.8078-3.02162.05164.0436-4.11814.89060.11450.6621-0.58330.35950.34761.301-0.35940.4294-0.41890.4212-0.14670.01260.5058-0.0460.3704-26.9762-6.77178.2497
81.4851-0.0748-1.19391.86640.14372.14890.125-0.2874-0.10710.4403-0.2879-0.25770.16590.21990.13360.2627-0.0785-0.05680.2990.03490.1933-15.6252.4512-0.8901
91.43670.27250.35972.96770.98492.728-0.0070.09280.08070.18930.0132-0.4392-0.1080.46190.00110.1841-0.0272-0.03470.29490.04710.2936-7.29315.8699-4.6673
103.36190.4421-1.12783.9216-0.44872.71750.0369-0.17010.0778-0.0629-0.01-0.5383-0.01920.5225-0.02040.1441-0.0196-0.01410.2649-0.00810.18821.016524.718725.5443
111.49180.384-0.49172.9462-0.11382.19310.0054-0.0645-0.15360.3727-0.03960.13820.42090.04940.01620.29370.0205-0.00450.21050.02570.1597-10.30597.234431.0863
122.6968-0.3153-0.33364.71730.2432.5760.06520.2881-0.1886-0.3915-0.0402-0.10280.36590.0627-0.01080.29810.0144-0.02740.2789-0.04360.1586-8.02076.447518.9411
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 359 through 379 )B359 - 379
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 380 through 420 )B380 - 420
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 421 through 431 )B421 - 431
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 432 through 442 )B432 - 442
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 443 through 477 )B443 - 477
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 478 through 500 )B478 - 500
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 501 through 510 )B501 - 510
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 511 through 550 )B511 - 550
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 551 through 596 )B551 - 596
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 361 through 424 )A361 - 424
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 425 through 550 )A425 - 550
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 551 through 594 )A551 - 594

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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