PDB-6erw: Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6erw

タイトル

Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Criteculus Griseus in complex with compounds RKp013 and Fasudil

要素

UPF0418 protein FAM164A
cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

キーワード

TRANSFERASE / Complex / peptidic ligand

機能・相同性

機能・相同性情報

cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / regulation of protein processing / cAMP-dependent protein kinase activity / protein localization to lipid droplet / cAMP-dependent protein kinase complex / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / regulation of osteoblast differentiation / cellular response to cold ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Mueller, J.M. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Acs Omega / 年: 2019
タイトル: Conceptional Design of Self-Assembling Bisubstrate-like Inhibitors of Protein Kinase A Resulting in a Boronic Acid Glutamate Linkage
著者: Mueller, J.M. / Kirschner, R. / Geyer, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2017年10月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年10月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月15日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6erw.cif.gz	166.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6erw.ent.gz	128.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6erw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6erw_validation.pdf.gz	795.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6erw_full_validation.pdf.gz	796.6 KB	表示
XML形式データ	6erw_validation.xml.gz	19.8 KB	表示
CIF形式データ	6erw_validation.cif.gz	26.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/6erw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/6erw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5nw8C 5o0eC 5o5mC 5ol3C 5ot3C 5ouaC 5ousC 6egwC 6eh0C 6eh2C 6em2C 6em6C 6em7C 6emaC 6ertC 6eruC 6ervC 6esaC 6i2aC 6i2bC 6i2cC 6i2dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5lcp-d 5lcr-d 5oua-d 5m6y-d 5n1d-d 1xha-1 4wih-d 5otg-d 3e8c-2 6yot-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (7) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (7) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (3)

登録構造単位

A: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

D: UPF0418 protein FAM164A

ヘテロ分子

43.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.622, 71.704, 109.783
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / PKA C-alpha 分子量: 41193.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 組織: Ovary / 遺伝子: PRKACA / 器官: Ovary 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P25321, cAMP-dependent protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド	UPF0418 protein FAM164A 分子量: 1973.177 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: G3HK48
#3: 化合物	ChemComp-M77 / 5-(1,4-DIAZEPAN-1-SULFONYL)ISOQUINOLINE / Fasudil / (5-ISOQUINOLINESULFONYL)HOMOPIPERAZINE 分子量: 291.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₇N₃O₂S
#4: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL 分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.25 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: 100 mM Mes-Bis-Tris, 75 mM lithium chloride, 1 mM DTT, 0.1 mM sodium EDTA, 0.25 mM Mega 8, 0.7 mM peptidic ligand, 5 mM Fasudil, 20% v/v methanol/water in reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→45.385 Å / Num. obs: 37721 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.1 % / CC_1/2: 0.992 / R_sym value: 0.098 / Net I/σ(I): 10.44
反射シェル	解像度: 1.89→2 Å / 冗長度: 5.03 % / Mean I/σ(I) obs: 3.45 / Num. unique obs: 5901 / CC_1/2: 0.869 / R_sym value: 0.496 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.89→45.385 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.33

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2292	1883	4.99 %	Random selection
R_work	0.1928	-	-	-
obs	0.1946	37701	99.25 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.89→45.385 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2899	0	28	178	3105

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3025
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.792	4114
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.118	1773
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	440
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	540

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8864-1.9374	0.3451	138	0.273	2620	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9374-1.9944	0.3291	144	0.2529	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9944-2.0588	0.2771	142	0.2434	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0588-2.1324	0.2893	142	0.2298	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1324-2.2178	0.2522	144	0.2146	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2178-2.3187	0.2373	146	0.1985	2758	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3187-2.441	0.2459	145	0.2004	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
2.441-2.5939	0.2559	141	0.2016	2702	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5939-2.7941	0.267	147	0.2072	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7941-3.0752	0.2455	145	0.2072	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0752-3.5201	0.2237	147	0.1913	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5201-4.4344	0.1932	148	0.1597	2815	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4344-45.398	0.1799	154	0.1664	2938	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4774	-0.2365	0.3378	0.6686	0.4554	0.6472	0.0039	-0.0558	0.4753	0.0636	0.0808	0.2239	-0.2683	-0.0934	-0.0055	0.2703	-0.0738	-0.0779	0.2945	0.0559	0.2531	9.6834	-8.3681	-0.6802
2	0.0827	0.4083	-0.3546	1.5514	-1.3292	1.1763	-0.2722	0.4907	0.0881	-0.7023	-0.1647	-0.8831	0.557	0.6035	-0.3022	0.1144	0.0094	0.0491	0.437	0.056	0.4213	26.7159	-21.3317	-29.58
3	0.174	0.2498	-0.111	0.5873	-0.1833	0.0218	0.031	0.0913	0.0872	-0.623	0.1881	0.1709	-0.0841	0.1321	0.0507	0.2749	-0.0119	0.0196	0.2914	0.0607	0.2016	17.1478	-10.8246	-31.7452
4	0.2452	0.0967	-0.3229	0.9776	0.3652	0.291	-0.0025	-0.0169	-0.0559	-0.0372	-0.0317	-0.1081	0.0779	0.1748	-0.0147	0.1438	0.0467	0.0068	0.1766	0.0313	0.1534	11.5045	-20.8466	-19.0221
5	0.6175	-0.0327	0.1678	1.1355	0.0451	0.9559	-0.0281	0.1815	0.101	-0.1131	-0.0557	0.0144	-0.0737	0.1122	-0.0092	0.1429	0.0135	0.0066	0.1269	0.0337	0.1477	-0.8811	-14.3587	-22.4214
6	1.1356	0.177	-0.3964	0.548	0.4571	0.939	-0.035	-0.1547	0.0674	0.1358	-0.0363	0.0996	0.0706	-0.0476	-0.0096	0.174	-0.0059	0.0237	0.1099	0.0142	0.1379	-3.4815	-19.1399	-8.2922
7	0.454	-0.1391	-0.3418	0.2711	-0.2064	0.1589	-0.0819	0.1854	0.0025	-0.7216	0.1324	-0.1492	0.2493	-0.0097	0.0001	0.4221	-0.0106	0.0389	0.3514	0.0302	0.3166	20.7417	-19.9069	-34.6209
8	0.4267	0.2272	-0.2521	0.285	-0.1098	0.1736	-0.0259	0.6014	-0.0625	-0.2923	0.224	0.3466	-0.0236	-0.0096	0.0135	0.3304	-0.0173	0.0325	0.2844	-0.1169	0.2771	-12.2925	-30.4483	-28.6135
9	0.1262	-0.0749	-0.0019	0.0754	0.0297	-0.0007	0.3722	0.4841	0.1604	-0.3084	-0.2859	0.3326	-0.228	0.0305	0.0056	0.3832	0.0297	0.032	0.2221	0.0164	0.2145	-0.9643	-22.0906	-32.0262

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -2 through 31 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 32 through 67 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 68 through 95 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 96 through 160 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 161 through 252 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 253 through 316 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 317 through 350 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 9 through 17 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 18 through 26 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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