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- PDB-6erk: Crystal structure of diaminopelargonic acid aminotransferase from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6erk
タイトルCrystal structure of diaminopelargonic acid aminotransferase from Psychrobacter cryohalolentis
要素Aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / diaminopelargonic acid / aminotransferase / PLP / transaminase / psychrophilic / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase / adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase activity / biotin biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenosylmethionine--8-amino-7-oxononanoate aminotransferase BioA / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...Adenosylmethionine--8-amino-7-oxononanoate aminotransferase BioA / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Psychrobacter cryohalolentis K5 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Boyko, K.M. / Nikolaeva, A.Y. / Bezsudnova, E.Y. / Stekhanova, T.N. / Rakitina, T.V. / Popov, V.O.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Science Foundation Grant14-24-00172 ロシア
引用ジャーナル: Appl. Microbiol. Biotechnol. / 年: 2018
タイトル: Diaminopelargonic acid transaminase from Psychrobacter cryohalolentis is active towards (S)-(-)-1-phenylethylamine, aldehydes and alpha-diketones.
著者: Bezsudnova, E.Y. / Stekhanova, T.N. / Popinako, A.V. / Rakitina, T.V. / Nikolaeva, A.Y. / Boyko, K.M. / Popov, V.O.
履歴
登録2017年10月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminotransferase
B: Aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,4057
ポリマ－99,6602
非ポリマー7455
水13,367742
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10220 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area27200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)182.069, 67.910, 118.070
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 128.810, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 429 / Label seq-ID: 21 - 449

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Aminotransferase


分子量: 49830.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Psychrobacter cryohalolentis K5 (バクテリア)
遺伝子: Pcryo_0361 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q1QDV8, 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; H2N-アミノ基を移すもの

-
非ポリマー , 5種, 747分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H10NO6P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 742 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: liquid diffusion / pH: 6.1
詳細: Sodium Citrate 0.1M pH 6.1; Potassium Sodium Tartrate 0.2M; Ammonium sulfate 1.6M

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→70.94 Å / Num. obs: 143372 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.115 / Net I/σ(I): 10.6 / Num. measured all: 911100 / Scaling rejects: 2273
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.6-1.636.50.8364670472240.7520.350.9082.698.6
8.76-70.947.10.05968779680.9950.0230.06428.299.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
HKL-2000データ収集
BALBES位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QJ5

1qj5


解像度: 1.6→70.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / WRfactor Rfree: 0.1851 / WRfactor Rwork: 0.1452 / FOM work R set: 0.92 / SU B: 1.743 / SU ML: 0.029 / SU R Cruickshank DPI: 0.0164 / SU Rfree: 0.0152 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.016 / ESU R Free: 0.015 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1883 7082 4.9 %RANDOM
Rwork0.1469 ---
obs0.1489 136275 96.84 %-
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL
原子変位パラメータBiso max: 258.58 Å2 / Biso mean: 17.872 Å2 / Biso min: 5.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.72 Å20 Å25.28 Å2
2---4.94 Å2-0 Å2
3---0.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→70.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6402 0 45 742 7189
Biso mean--23.79 32.15 -
残基数----838
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0196683
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026135
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9741.9669087
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.131314261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4185839
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.66424.44277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.123151092
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1321528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.21033
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0217394
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021311
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.449312818
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free34.9115437
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded12.95512979
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 26098 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 543 -
Rwork0.163 10210 -
all-10753 -
obs--98.29 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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