PDB-6er7: CHEMOTAXIS PROTEIN CHEY FROM Pyrococcus horikoshiI

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6er7

タイトル

CHEMOTAXIS PROTEIN CHEY FROM Pyrococcus horikoshiI

要素

120aa long hypothetical chemotaxis protein (CheY)

キーワード

SIGNALING PROTEIN / SIGNAL TRANSDUCTION PROTEIN

機能・相同性

: / phosphorelay signal transduction system / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / 120aa long hypothetical chemotaxis protein (CheY)

機能・相同性情報

生物種

Pyrococcus horikoshii (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.62 Å

データ登録者

Paithankar, K.S. / Enderle, M.E. / Wirthensohn, D. / Grininger, M. / Oesterhelt, D.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2019
タイトル: Structure of the archaeal chemotaxis protein CheY in a domain-swapped dimeric conformation.
著者: Paithankar, K.S. / Enderle, M. / Wirthensohn, D.C. / Miller, A. / Schlesner, M. / Pfeiffer, F. / Rittner, A. / Grininger, M. / Oesterhelt, D.

履歴

登録	2017年10月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年10月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年9月11日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年10月16日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6er7.cif.gz	79.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6er7.ent.gz	59.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6er7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6er7_validation.pdf.gz	434.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6er7_full_validation.pdf.gz	435.8 KB	表示
XML形式データ	6er7_validation.xml.gz	13.2 KB	表示
CIF形式データ	6er7_validation.cif.gz	17.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/6er7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/6er7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6exrC 3tmyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3oo1-d 4bu1-1 1d5w-1 2a6q-1 2a6q-2 3d74-d 3pf6-d 1d5w-2 2b8e-2 1vlz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (5) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 120aa long hypothetical chemotaxis protein (CheY)

B: 120aa long hypothetical chemotaxis protein (CheY)

C: 120aa long hypothetical chemotaxis protein (CheY)

39.6 kDa, 3 ポリマー
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1

A: 120aa long hypothetical chemotaxis protein (CheY)

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 120aa long hypothetical chemotaxis protein (CheY)

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.4 kDa, 2 ポリマー
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3

C: 120aa long hypothetical chemotaxis protein (CheY)

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.160, 65.730, 72.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.940, 90.000
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	Chains A B
2	1	Chains A C
3	2	Chains B C

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	120aa long hypothetical chemotaxis protein (CheY) / CHEMOTAXIS PROTEIN CHEY 分子量: 13190.697 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 遺伝子: PH0482 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O58193

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.1 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl 1.2 M sodium malonate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→34 Å / Num. obs: 107515 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.6 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.03 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 38

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158 2016/10/03	精密化
xia2	0.3.8	データ削減
Aimless	0.5.32	データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3TMY

3tmy

解像度: 2.62→34.038 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / WR_factor R_free: 0.255 / WR_factor R_work: 0.203 / SU B: 16.383 / SU ML: 0.315 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.564 / ESU R Free: 0.319 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2675	708	-
R_work	0.212	13464	-
all	0.215	-	-
obs	-	14172	99.278 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 91.73 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.336 Å²	-0 Å²	1.269 Å²
2-	-	-5.291 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.921 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.62→34.038 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2688	0	0	0	2688

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	2712
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2820
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.652	1.997	3639
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.997	3	6555
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.174	5	348
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.021	26.563	96
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.2	15	570
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.755	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	441
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2889
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	432
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	1056
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.149	0.2	5106
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	2582
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	3010
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.049	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.175	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.2	158
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.103	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.804	8.832	1401
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.796	8.832	1400
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.568	13.253	1746
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.57	13.254	1747
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.209	9.579	1311
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.207	9.579	1312
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.774	14.058	1893
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.771	14.058	1894
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	12.981	104.894	2852
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	12.981	104.91	2853
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.103	0.05	6704
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.11	0.05	6696
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.113	0.05	6630

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.62-2.688	0.39	50	0.362	960	1026	98.4405	0.326
2.688-2.761	0.386	44	0.32	980	1030	99.4175	0.279
2.761-2.84	0.397	46	0.336	921	980	98.6735	0.297
2.84-2.927	0.411	42	0.319	915	963	99.3769	0.269
2.927-3.022	0.392	60	0.29	872	939	99.2545	0.252
3.022-3.128	0.385	36	0.274	855	899	99.1101	0.24
3.128-3.245	0.327	26	0.293	828	854	100	0.257
3.245-3.376	0.296	39	0.281	811	856	99.2991	0.254
3.376-3.524	0.344	38	0.255	759	805	99.0062	0.235
3.524-3.694	0.316	49	0.257	703	759	99.0777	0.242
3.694-3.892	0.267	41	0.234	694	740	99.3243	0.223
3.892-4.124	0.274	35	0.183	668	705	99.7163	0.177
4.124-4.405	0.195	37	0.164	620	659	99.6965	0.164
4.405-4.751	0.224	35	0.158	566	602	99.8339	0.164
4.751-5.194	0.196	44	0.163	529	574	99.8258	0.171
5.194-5.79	0.203	23	0.177	491	514	100	0.182
5.79-6.654	0.292	18	0.198	440	459	99.7821	0.209
6.654-8.073	0.221	20	0.165	367	389	99.4859	0.182
8.073-11.109	0.155	12	0.133	298	312	99.359	0.158
11.109-34.038	0.336	13	0.241	187	201	99.5025	0.281

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