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- PDB-6epg: Structure of the epsilon_1 / zeta_1 antitoxin / toxin system from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6epg
タイトルStructure of the epsilon_1 / zeta_1 antitoxin / toxin system from Neisseria gonorrhoeae.
要素
  • Epsilon_1 antitoxin
  • Zeta_1 toxin
キーワードTOXIN / bacterial toxin antitoxin systems / small molecule kinases / antitoxin
機能・相同性KfrB domain / KfrB protein / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ATP binding / Epsilon_1 antitoxin / Zeta_1 toxin
機能・相同性情報
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Rocker, A. / Meinhart, A.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: The ng_ zeta 1 toxin of the gonococcal epsilon/zeta toxin/antitoxin system drains precursors for cell wall synthesis.
著者: Rocker, A. / Peschke, M. / Kittila, T. / Sakson, R. / Brieke, C. / Meinhart, A.
履歴
登録2017年10月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epsilon_1 antitoxin
B: Zeta_1 toxin
C: Epsilon_1 antitoxin
D: Zeta_1 toxin
E: Epsilon_1 antitoxin
F: Zeta_1 toxin
G: Epsilon_1 antitoxin
H: Zeta_1 toxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,02330
ポリマ－209,9108
非ポリマー2,11322
水1,982110
1
A: Epsilon_1 antitoxin
B: Zeta_1 toxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0548
ポリマ－52,4772
非ポリマー5766
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Epsilon_1 antitoxin
D: Zeta_1 toxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9587
ポリマ－52,4772
非ポリマー4805
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Epsilon_1 antitoxin
F: Zeta_1 toxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0548
ポリマ－52,4772
非ポリマー5766
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Epsilon_1 antitoxin
H: Zeta_1 toxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9587
ポリマ－52,4772
非ポリマー4805
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.760, 149.580, 125.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.82, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
31E
41G
12B
22D
32F
42H

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1115A1 - 60
2115C1 - 60
3115E1 - 60
4115G1 - 60
1125B1 - 401
2125D1 - 401
3125F1 - 401
4125H1 - 401

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.999655, -0.021362, -0.015287), (0.021233, -0.999738, 0.008528), (-0.015465, 0.0082, 0.999847)42.19691, 118.86759, -0.20918
3given(0.999687, -0.015654, 0.019492), (-0.014878, -0.999116, -0.039327), (0.02009, 0.039024, -0.999036)5.96319, 132.22984, 58.05952
4given(-0.999876, 0.002017, 0.015646), (0.001387, 0.999191, -0.040181), (-0.015714, -0.040155, -0.99907)33.68968, -7.75841, 63.72874

-
要素

#1: タンパク質
Epsilon_1 antitoxin


分子量: 7377.974 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D5K9E3
#2: タンパク質
Zeta_1 toxin


分子量: 45099.438 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: K115A Walker A lysine to alanine mutation / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D5K9G7
#3: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.27 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 100 mM sodium citrate pH 4.5, 1.8 M (NH4)2SO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 108038 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.9 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.8 Å / 冗長度: 13.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / CC1/2: 0.826 / Rrim(I) all: 0.152 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXCD位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→48.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 8.792 / SU ML: 0.199 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.292 / ESU R Free: 0.24 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26956 5687 5 %RANDOM
Rwork0.2258 ---
obs0.22799 108038 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.707 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å20 Å20.81 Å2
2---2.69 Å2-0 Å2
3---2.61 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→48.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14071 0 110 110 14291
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01914330
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0213455
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3831.97919240
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.921331307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.62551782
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.52725.08691
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.574152616
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.87715100
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.22151
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215843
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022765
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9414.8367158
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9354.8367157
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.5567.2458930
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.5577.2458931
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.615.4197172
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5955.4057085
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.887.86610179
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.66855.91914802
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.6655.91914788
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A321medium positional0.260.5
11C321medium positional0.260.5
11E321medium positional0.230.5
11G321medium positional0.190.5
22B2308medium positional0.160.5
22D2308medium positional0.150.5
22F2308medium positional0.130.5
22H2308medium positional0.160.5
11A566loose positional0.795
11C566loose positional0.565
11E566loose positional0.645
11G566loose positional0.575
22B3617loose positional0.445
22D3617loose positional0.445
22F3617loose positional0.455
22H3617loose positional0.445
11A321medium thermal3.922
11C321medium thermal4.452
11E321medium thermal8.822
11G321medium thermal6.322
22B2308medium thermal3.242
22D2308medium thermal2.492
22F2308medium thermal3.712
22H2308medium thermal2.942
11A566loose thermal4.6810
11C566loose thermal5.6210
11E566loose thermal10.4210
11G566loose thermal6.9710
22B3617loose thermal3.6510
22D3617loose thermal3.1510
22F3617loose thermal4.1710
22H3617loose thermal3.3110
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 420 -
Rwork0.331 7979 -
obs--99.72 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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